← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SeqIO/strider.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SeqIO/strider.pm
1
 
# $Id: strider.pm,v 1.6.4.2 2006/10/02 23:10:30 sendu Exp $
 
1
# $Id: strider.pm 11147 2007-01-24 16:10:16Z mcook $
2
2
# BioPerl module for Bio::SeqIO::strider
3
3
#
4
4
# Cared for by Malcolm Cook <mec@stowers-institute.org>
141
141
  my( $self ) = @_;
142
142
  my $fh =  $self->_fh;
143
143
  my ($header,$sequence,$fulldesc);
144
 
  read $fh,$header,$size_F_HEADER or return ; #don't die here with "could not read header: $@" !!!;
 
144
  eval {read $fh,$header,$size_F_HEADER};
 
145
  $self->throw ("$@  while attempting to reading strider header from " . $self->{'_file'}) if $@; 
145
146
  $self->throw("required $size_F_HEADER bytes while reading strider header in " . $self->{'_file'} . " but found: " . length($header))  
146
147
    unless $size_F_HEADER == length($header);
147
148
  my $headerdata = $c->unpack('F_HEADER',$header) or return;