← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tools/EUtilities/espell.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tools/EUtilities/espell.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: espell.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
#
 
4
 
 
5
use strict;
 
6
use warnings;
 
7
 
 
8
BEGIN {
 
9
    use lib '.';
 
10
        use Bio::Root::Test;
 
11
        
 
12
        test_begin(-tests => 22,
 
13
                           -requires_module => 'XML::Simple');
 
14
        
 
15
    use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
 
16
    use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
 
17
}
 
18
 
 
19
# Normal esearch
 
20
my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
 
21
    -eutil      => 'espell',
 
22
    -file       => test_input_file('eutils','espell.xml'));
 
23
 
 
24
is($eutil->get_db, 'pubmed', 'get_db');
 
25
is(($eutil->get_dbs)[0], 'pubmed', 'get_dbs');
 
26
is($eutil->get_database, 'pubmed', 'get_database');
 
27
is(($eutil->get_databases)[0], 'pubmed', 'get_databases');
 
28
is($eutil->get_term, 'Netch AND Mus musclus','get_term');
 
29
is($eutil->get_corrected_query, 'notch AND mus musculus' ,'get_corrected_query');
 
30
is(scalar($eutil->get_replaced_terms), 2,'get_replaced_terms');
 
31
is(join(',',$eutil->get_replaced_terms), 'notch,musculus','get_replaced_terms');
 
32
 
 
33
# eveything else undef or 0
 
34
is ($eutil->get_count, undef, 'get_count');
 
35
my $history = $eutil->next_History;
 
36
is($history, undef);
 
37
my @ids2 = $eutil->get_ids;
 
38
is(scalar(@ids2), 0, 'get_ids');
 
39
is($eutil->get_retstart, undef,'get_retstart');
 
40
is($eutil->get_retmax, undef,'get_retmax');
 
41
is($eutil->get_translation_from, undef,'get_translation_from');
 
42
is($eutil->get_translation_to, undef,'get_translation_to');
 
43
 
 
44
# add Parameters
 
45
my $pb = Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters->new(-eutil => 'espell',
 
46
                                                                           -db => 'protein',
 
47
                                                                           -term => 'Notch AND Mus musculus');
 
48
 
 
49
is($eutil->get_db, 'pubmed', 'get_db');
 
50
is(($eutil->get_dbs)[0], 'pubmed', 'get_dbs');
 
51
is($eutil->get_database, 'pubmed', 'get_database');
 
52
is(($eutil->get_databases)[0], 'pubmed', 'get_databases');
 
53
is($eutil->get_term, 'Netch AND Mus musclus','get_term');
 
 
b'\\ No newline at end of file'