← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Phenotype/OMIMparser.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Phenotype/OMIMparser.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: OMIMparser.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {
 
7
    use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 175);
 
11
    
 
12
    use_ok('Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser');
 
13
}
 
14
 
 
15
 
 
16
my $omim_parser = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser->new( -genemap  => test_input_file('omim_genemap_test'),
 
17
                                                         -omimtext => test_input_file('omim_text_test'));
 
18
 
 
19
isa_ok( $omim_parser, "Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser");
 
20
 
 
21
my $omim_entry = $omim_parser->next_phenotype();
 
22
 
 
23
isa_ok($omim_entry, "Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry");
 
24
 
 
25
is( $omim_entry->MIM_number(), "100500" );
 
26
is( $omim_entry->title(), "*100500 title" );
 
27
is( $omim_entry->alternative_titles_and_symbols(), ";;title1;;\ntitle2;;\ntitle3" );
 
28
is( $omim_entry->more_than_two_genes(), 0 );
 
29
is( $omim_entry->is_separate(), 1 );
 
30
is( $omim_entry->description(), undef); # "DESCRIPTION1\nDESCRIPTION2" );
 
31
is( $omim_entry->mapping_method(), "M method 1" );
 
32
is( $omim_entry->gene_status(), "C" );
 
33
is( $omim_entry->comment(), "comment1" );
 
34
is( $omim_entry->edited(), undef); # "ed1\ned2\ned3" );
 
35
is( $omim_entry->created(), undef); # "cd1\ncd2\ncd3" );
 
36
is( $omim_entry->contributors, undef); # "cn1\ncn2\ncn3" );
 
37
is( $omim_entry->additional_references(), "sa" );
 
38
is( ref($omim_entry->clinical_symptoms()), 'HASH' );
 
39
is( $omim_entry->species()->binomial(), "Homo sapiens" );
 
40
 
 
41
 
 
42
my $mini_mim = $omim_entry->miniMIM();
 
43
 
 
44
isa_ok( $mini_mim,"Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry" );
 
45
is( $mini_mim->description(), "Mini MIM text" );
 
46
is( $mini_mim->created(), "Mini MIM - cd" );
 
47
is( $mini_mim->contributors(), "Mini MIM - cn" );
 
48
is( $mini_mim->edited(), "Mini MIM - ed" );
 
49
 
 
50
 
 
51
my @corrs      = $omim_entry->each_Correlate();
 
52
 
 
53
is( $corrs[ 0 ]->name(), "mousecorrelate1" );
 
54
is( $corrs[ 0 ]->type(), "OMIM mouse correlate" );
 
55
is( $corrs[ 0 ]->species()->binomial(), "Mus musculus" );
 
56
 
 
57
 
 
58
my @cps        = $omim_entry->each_CytoPosition();
 
59
 
 
60
is( $cps[ 0 ]->value(), "1pter-p36.14" );
 
61
 
 
62
 
 
63
my @gss        = $omim_entry->each_gene_symbol();
 
64
 
 
65
is( $gss[ 0 ], "gene-symbol1" );
 
66
 
 
67
 
 
68
my @refs       = $omim_entry->each_Reference();
 
69
 
 
70
is( $refs[ 0 ]->authors(), "Author11, A. A.; Author12, A. A." );
 
71
is( $refs[ 0 ]->title(), "Title 1." );
 
72
is( $refs[ 0 ]->location(), "Am. J. Med. Genet1. 11 11-111 \(1981\)" );
 
73
 
 
74
is( $refs[ 1 ]->authors(), "Author21, A. A.; Author22, A. A." );
 
75
is( $refs[ 1 ]->title(), "Title 2." );
 
76
is( $refs[ 1 ]->location(), "Am. J. Med. Genet2. 12 22-222 \(1982\)" );
 
77
 
 
78
is( $refs[ 2 ]->authors(), "Author31, A. A.; Author32, A. A." );
 
79
is( $refs[ 2 ]->title(), "Title 3." );
 
80
is( $refs[ 2 ]->location(), "Am. J. Med. Genet3. 13 33-333 \(1983\)" );
 
81
 
 
82
is( $refs[ 3 ]->authors(), "" );
 
83
is( $refs[ 3 ]->title(), "other reference undef format" );
 
84
is( $refs[ 3 ]->location(), "" );
 
85
 
 
86
 
 
87
 
 
88
my @avs        = $omim_entry->each_AllelicVariant();
 
89
 
 
90
is( $avs[ 0 ]->number(), ".0001" );
 
91
is( $avs[ 0 ]->title(), "ALCOHOL INTOLERANCE, ACUTE" );
 
92
is( $avs[ 0 ]->symbol(), "ALDH2" );
 
93
is( $avs[ 0 ]->description(), "AV1-text" );
 
94
is( $avs[ 0 ]->aa_ori(), "GLU" );
 
95
is( $avs[ 0 ]->aa_mut(), "LYS" );
 
96
is( $avs[ 0 ]->position(), "487" );
 
97
is( $avs[ 0 ]->additional_mutations(), "" );
 
98
 
 
99
 
 
100
is( $avs[ 1 ]->number(), ".0002" );
 
101
is( $avs[ 1 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
102
is( $avs[ 1 ]->symbol(), "CHRNA1" );
 
103
is( $avs[ 1 ]->description(), "AV2-text" );
 
104
is( $avs[ 1 ]->aa_ori(), "VAL" );
 
105
is( $avs[ 1 ]->aa_mut(), "MET" );
 
106
is( $avs[ 1 ]->position(), "156" );
 
107
is( $avs[ 1 ]->additional_mutations(), "" );
 
108
 
 
109
 
 
110
is( $avs[ 2 ]->number(), ".0003" );
 
111
is( $avs[ 2 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
112
is( $avs[ 2 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
113
is( $avs[ 2 ]->description(), "AV2-text a\nAV2-text b" );
 
114
is( $avs[ 2 ]->aa_ori(), "ARG" );
 
115
is( $avs[ 2 ]->aa_mut(), "LEU" );
 
116
is( $avs[ 2 ]->position(), "147" );
 
117
is( $avs[ 2 ]->additional_mutations(), "" );
 
118
 
 
119
 
 
120
is( $avs[ 3 ]->number(), ".0004" );
 
121
is( $avs[ 3 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
122
is( $avs[ 3 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
123
is( $avs[ 3 ]->description(), "Sieb et al. (2000) found that a brother and sister with congenital\nmyasthenic syndrome (601462) were compound heterozygotes for a deletion\nof 911T and a splicing mutation (IVS4+1G-A; 100725.0007)." );
 
124
is( $avs[ 3 ]->aa_ori(), "" );
 
125
is( $avs[ 3 ]->aa_mut(), "" );
 
126
is( $avs[ 3 ]->position(), "" );
 
127
is( $avs[ 3 ]->additional_mutations(), "1-BP DEL, 911T" );
 
128
 
 
129
 
 
130
is( $avs[ 4 ]->number(), ".0005" );
 
131
is( $avs[ 4 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
132
is( $avs[ 4 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
133
is( $avs[ 4 ]->description(), "See 100725.0006 and Sieb et al. (2000)." );
 
134
is( $avs[ 4 ]->aa_ori(), "" );
 
135
is( $avs[ 4 ]->aa_mut(), "" );
 
136
is( $avs[ 4 ]->position(), "" );
 
137
is( $avs[ 4 ]->additional_mutations(), "IVS4DS, G-A, +1" );
 
138
 
 
139
 
 
140
 
 
141
is( $avs[ 5 ]->number(), ".0006" );
 
142
is( $avs[ 5 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
143
is( $avs[ 5 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
144
is( $avs[ 5 ]->description(), "AV6-text" );
 
145
is( $avs[ 5 ]->aa_ori(), "" );
 
146
is( $avs[ 5 ]->aa_mut(), "" );
 
147
is( $avs[ 5 ]->position(), "" );
 
148
is( $avs[ 5 ]->additional_mutations(), "1-BP DEL, 1030C" );
 
149
 
 
150
 
 
151
 
 
152
 
 
153
 
 
154
my $omim_entry2 = $omim_parser->next_phenotype();
 
155
 
 
156
 
 
157
isa_ok( $omim_entry2, "Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry" );
 
158
 
 
159
is( $omim_entry2->MIM_number(), "100501" );
 
160
is( $omim_entry2->title(), "#100501 second entry" );
 
161
is( $omim_entry2->alternative_titles_and_symbols(), ";;title1;;\ntitle2;;\ntitle3" );
 
162
is( $omim_entry2->more_than_two_genes(), 1 );
 
163
is( $omim_entry2->is_separate(), 0 );
 
164
is( $omim_entry2->description(), undef); # "DESCRIPTION1\nDESCRIPTION2" );
 
165
is( $omim_entry2->mapping_method(), "M method 2" );
 
166
is( $omim_entry2->gene_status(), "C" );
 
167
is( $omim_entry2->comment(), "comment2" );
 
168
is( $omim_entry2->edited(), undef); # "ed1\ned2\ned3" );
 
169
is( $omim_entry2->created(), undef); # "cd1\ncd2\ncd3" );
 
170
is( $omim_entry2->contributors(), undef); # "cn1\ncn2\ncn3" );
 
171
is( $omim_entry2->additional_references(), "sa" );
 
172
 
 
173
my $cs = $omim_entry2->clinical_symptoms();
 
174
is( ref($cs), 'HASH' );
 
175
is( $omim_entry2->species()->binomial(), "Homo sapiens" );
 
176
 
 
177
 
 
178
$mini_mim   = $omim_entry2->miniMIM();
 
179
 
 
180
isa_ok( $mini_mim, "Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry" );
 
181
is( $mini_mim->description(), "Mini MIM text" );
 
182
is( $mini_mim->created(), "Mini MIM - cd" );
 
183
is( $mini_mim->contributors(), "Mini MIM - cn" );
 
184
is( $mini_mim->edited(), "Mini MIM - ed" );
 
185
 
 
186
 
 
187
@corrs      = $omim_entry2->each_Correlate();
 
188
 
 
189
is( $corrs[ 0 ]->name(), "mousecorrelate2" );
 
190
is( $corrs[ 0 ]->type(), "OMIM mouse correlate" );
 
191
is( $corrs[ 0 ]->species()->binomial(), "Mus musculus" );
 
192
 
 
193
 
 
194
@cps        = $omim_entry2->each_CytoPosition();
 
195
 
 
196
is( $cps[ 0 ]->value(), "1pter-p36.15" );
 
197
 
 
198
 
 
199
@gss        = $omim_entry2->each_gene_symbol();
 
200
 
 
201
is( $gss[ 0 ], "gene-symbol2" );
 
202
 
 
203
 
 
204
@refs       = $omim_entry2->each_Reference();
 
205
 
 
206
is( $refs[ 0 ]->authors(), "Author11, A. A.; Author12, A. A." );
 
207
is( $refs[ 0 ]->title(), "Title 1." );
 
208
is( $refs[ 0 ]->location(), "Am. J. Med. Genet1. 11 11-111 \(1981\)" );
 
209
 
 
210
is( $refs[ 1 ]->authors(), "Author21, A. A.; Author22, A. A." );
 
211
is( $refs[ 1 ]->title(), "Title 2." );
 
212
is( $refs[ 1 ]->location(), "Am. J. Med. Genet2. 12 22-222 \(1982\)" );
 
213
 
 
214
is( $refs[ 2 ]->authors(), "Author31, A. A.; Author32, A. A." );
 
215
is( $refs[ 2 ]->title(), "Title 3." );
 
216
is( $refs[ 2 ]->location(), "Am. J. Med. Genet3. 13 33-333 \(1983\)" );
 
217
 
 
218
is( $refs[ 3 ]->authors(), "" );
 
219
is( $refs[ 3 ]->title(), "other reference undef format" );
 
220
is( $refs[ 3 ]->location(), "" );
 
221
 
 
222
 
 
223
 
 
224
@avs        = $omim_entry2->each_AllelicVariant();
 
225
 
 
226
is( $avs[ 0 ]->number(), ".0001" );
 
227
is( $avs[ 0 ]->title(), "ALCOHOL INTOLERANCE, ACUTE" );
 
228
is( $avs[ 0 ]->symbol(), "ALDH2" );
 
229
is( $avs[ 0 ]->description(), "AV1-text" );
 
230
is( $avs[ 0 ]->aa_ori(), "GLU" );
 
231
is( $avs[ 0 ]->aa_mut(), "LYS" );
 
232
is( $avs[ 0 ]->position(), "487" );
 
233
is( $avs[ 0 ]->additional_mutations(), "" );
 
234
 
 
235
 
 
236
is( $avs[ 1 ]->number(), ".0002" );
 
237
is( $avs[ 1 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
238
is( $avs[ 1 ]->symbol(), "CHRNA1" );
 
239
is( $avs[ 1 ]->description(), "AV2-text" );
 
240
is( $avs[ 1 ]->aa_ori(), "VAL" );
 
241
is( $avs[ 1 ]->aa_mut(), "MET" );
 
242
is( $avs[ 1 ]->position(), "156" );
 
243
is( $avs[ 1 ]->additional_mutations(), "" );
 
244
 
 
245
 
 
246
is( $avs[ 2 ]->number(), ".0003" );
 
247
is( $avs[ 2 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
248
is( $avs[ 2 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
249
is( $avs[ 2 ]->description(), "AV2-text a\nAV2-text b" );
 
250
is( $avs[ 2 ]->aa_ori(), "ARG" );
 
251
is( $avs[ 2 ]->aa_mut(), "LEU" );
 
252
is( $avs[ 2 ]->position(), "147" );
 
253
is( $avs[ 2 ]->additional_mutations(), "" );
 
254
 
 
255
 
 
256
is( $avs[ 3 ]->number(), ".0004" );
 
257
is( $avs[ 3 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
258
is( $avs[ 3 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
259
is( $avs[ 3 ]->description(), "Sieb et al. (2000) found that a brother and sister with congenital\nmyasthenic syndrome (601462) were compound heterozygotes for a deletion\nof 911T and a splicing mutation (IVS4+1G-A; 100725.0007)." );
 
260
is( $avs[ 3 ]->aa_ori(), "" );
 
261
is( $avs[ 3 ]->aa_mut(), "" );
 
262
is( $avs[ 3 ]->position(), "" );
 
263
is( $avs[ 3 ]->additional_mutations(), "1-BP DEL, 911T" );
 
264
 
 
265
 
 
266
is( $avs[ 4 ]->number(), ".0005" );
 
267
is( $avs[ 4 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
268
is( $avs[ 4 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
269
is( $avs[ 4 ]->description(), "See 100725.0006 and Sieb et al. (2000)." );
 
270
is( $avs[ 4 ]->aa_ori(), "" );
 
271
is( $avs[ 4 ]->aa_mut(), "" );
 
272
is( $avs[ 4 ]->position(), "" );
 
273
is( $avs[ 4 ]->additional_mutations(), "IVS4DS, G-A, +1" );
 
274
 
 
275
 
 
276
 
 
277
is( $avs[ 5 ]->number(), ".0006" );
 
278
is( $avs[ 5 ]->title(), "MYASTHENIC SYNDROME, SLOW-CHANNEL CONGENITAL" );
 
279
is( $avs[ 5 ]->symbol(), "CHRNE" );
 
280
is( $avs[ 5 ]->description(), "AV6-text" );
 
281
is( $avs[ 5 ]->aa_ori(), "" );
 
282
is( $avs[ 5 ]->aa_mut(), "" );
 
283
is( $avs[ 5 ]->position(), "" );
 
284
is( $avs[ 5 ]->additional_mutations(), "1-BP DEL, 1030C" );
 
285
 
 
286
 
 
287
# catch missing linebreak
 
288
throws_ok { my $omim_parser = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser->new(
 
289
    -genemap  => test_input_file('omim_genemap_test_linebreak'),
 
290
    -omimtext => test_input_file('omim_text_test'));
 
291
} qr/linebreak/, 'missing linebreak caught';