← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/map_hem/HEM1-HEM3.meme.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/map_hem/HEM1-HEM3.meme.txt
 
1
********************************************************************************
 
2
MEME - Motif discovery tool
 
3
********************************************************************************
 
4
MEME version 3.5.4 (Release date:    )
 
5
 
 
6
For further information on how to interpret these results or to get
 
7
a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net.
 
8
 
 
9
This file may be used as input to the MAST algorithm for searching
 
10
sequence databases for matches to groups of motifs.  MAST is available
 
11
for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net.
 
12
********************************************************************************
 
13
 
 
14
 
 
15
********************************************************************************
 
16
REFERENCE
 
17
********************************************************************************
 
18
If you use this program in your research, please cite:
 
19
 
 
20
Timothy L. Bailey and Charles Elkan,
 
21
"Fitting a mixture model by expectation maximization to discover
 
22
motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International
 
23
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36,
 
24
AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.
 
25
********************************************************************************
 
26
 
 
27
 
 
28
********************************************************************************
 
29
TRAINING SET
 
30
********************************************************************************
 
31
DATAFILE= HEM1-HEM3.fa
 
32
ALPHABET= ACGT
 
33
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 
34
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
 
35
SGD_Scer_YDR232W         1.0000    498  MIT_Spar_c117_4603       1.0000    498  
 
36
MIT_Smik_c228_4055       1.0000    498  WashU_Skud_Contig2069.5  1.0000    498  
 
37
WashU_Sbay_Contig461.5   1.0000    498  SGD_Scer_YDL205C         1.0000    860  
 
38
MIT_Spar_c429_3020       1.0000    860  MIT_Smik_c193_2483       1.0000    860  
 
39
MIT_Sbay_c841_3215       1.0000    860  WashU_Skud_Contig1850.5  1.0000    860  
 
40
********************************************************************************
 
41
 
 
42
********************************************************************************
 
43
COMMAND LINE SUMMARY
 
44
********************************************************************************
 
45
This information can also be useful in the event you wish to report a
 
46
problem with the MEME software.
 
47
 
 
48
command: meme HEM1-HEM3.fa -nostatus -dna -revcomp -nmotifs 5 -bfile yeast.nc.1.freq -maxw 20 -mod oops -dir /Volumes/DATA/Home/ajr/sw/powerpc/meme-3.5.4 
 
49
 
 
50
model:  mod=          oops    nmotifs=         5    evt=           inf
 
51
object function=  E-value of product of p-values
 
52
width:  minw=            6    maxw=           20    minic=        0.00
 
53
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
 
54
nsites: minsites=       10    maxsites=       10    wnsites=       0.8
 
55
theta:  prob=            1    spmap=         uni    spfuzz=        0.5
 
56
em:     prior=   dirichlet    b=            0.01    maxiter=        50
 
57
        distance=    1e-05
 
58
data:   n=            6790    N=              10
 
59
strands: + -
 
60
sample: seed=            0    seqfrac=         1
 
61
Letter frequencies in dataset:
 
62
A 0.293 C 0.207 G 0.207 T 0.293 
 
63
Background letter frequencies (from yeast.nc.1.freq):
 
64
A 0.324 C 0.176 G 0.176 T 0.324 
 
65
********************************************************************************
 
66
 
 
67
 
 
68
********************************************************************************
 
69
MOTIF  1        width =   20   sites =  10   llr = 225   E-value = 3.0e-032
 
70
********************************************************************************
 
71
--------------------------------------------------------------------------------
 
72
        Motif 1 Description
 
73
--------------------------------------------------------------------------------
 
74
Simplified        A  :68:aa:1:4:aa::55a:9
 
75
pos.-specific     C  1::a::::11a::::5::::
 
76
probability       G  94:::::785:::aa:5:91
 
77
matrix            T  ::2:::a21:::::::::1:
 
78
 
 
79
         bits    2.5    *      *  **     
 
80
                 2.3    *      *  **     
 
81
                 2.0 *  *      *  **   * 
 
82
                 1.8 *  *      *  **   * 
 
83
Information      1.5 *  **** * *****  ** 
 
84
content          1.3 *  **** * *****  ***
 
85
(32.4 bits)      1.0 ********* **********
 
86
                 0.8 ********************
 
87
                 0.5 ********************
 
88
                 0.3 ********************
 
89
                 0.0 --------------------
 
90
 
 
91
Multilevel           GAACAATGGGCAAGGAAAGA
 
92
consensus             GT    T A     CG   
 
93
sequence                                 
 
94
                                         
 
95
--------------------------------------------------------------------------------
 
96
 
 
97
--------------------------------------------------------------------------------
 
98
        Motif 1 sites sorted by position p-value
 
99
--------------------------------------------------------------------------------
 
100
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
101
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
102
WashU_Sbay_Contig461.5       +    278  1.41e-12 CACCGGGACA GAACAATGGGCAAGGCAAGA TGAAAAATCT
 
103
MIT_Smik_c228_4055           +    283  1.41e-12 CATTGAATTA GAACAATGGGCAAGGCAAGA TGAAAATTTC
 
104
MIT_Spar_c117_4603           +    280  1.41e-12 GCATGGGTCA GAACAATGGGCAAGGCAAGA TGAAAAATTT
 
105
SGD_Scer_YDR232W             +    285  1.41e-12 GCATGGATCA GAACAATGGGCAAGGCAAGA TGAAAAATTT
 
106
MIT_Sbay_c841_3215           +    363  6.65e-11 AGAGCCCAAG GGACAATAGACAAGGAGAGA ACCACCAACT
 
107
WashU_Skud_Contig1850.5      +    365  1.00e-10 AAAGCTCCAG GAACAATGCCCAAGGAGAGA AAGAGTGCTA
 
108
MIT_Spar_c429_3020           +    367  1.18e-10 CGCTCCCCAG GGTCAATTGACAAGGAGAGA AGGAATGTTA
 
109
SGD_Scer_YDL205C             +    364  1.18e-10 CGCTCCCCAG GGTCAATTGACAAGGAGAGA AGGAATGTTA
 
110
WashU_Skud_Contig2069.5      +    283  1.74e-10 CACTGGATCG GAACAATGGGCAAGGCAATG TGAAAAATTT
 
111
MIT_Smik_c193_2483           +    366  3.73e-10 AAATCCCCAG CGACAATGTACAAGGAGAGA AGAAATGATA
 
112
--------------------------------------------------------------------------------
 
113
 
 
114
--------------------------------------------------------------------------------
 
115
        Motif 1 block diagrams
 
116
--------------------------------------------------------------------------------
 
117
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
118
-------------            ----------------  -------------
 
119
WashU_Sbay_Contig461.5            1.4e-12  277_[+1]_201
 
120
MIT_Smik_c228_4055                1.4e-12  282_[+1]_196
 
121
MIT_Spar_c117_4603                1.4e-12  279_[+1]_199
 
122
SGD_Scer_YDR232W                  1.4e-12  284_[+1]_194
 
123
MIT_Sbay_c841_3215                6.6e-11  362_[+1]_478
 
124
WashU_Skud_Contig1850.5             1e-10  364_[+1]_476
 
125
MIT_Spar_c429_3020                1.2e-10  366_[+1]_474
 
126
SGD_Scer_YDL205C                  1.2e-10  363_[+1]_477
 
127
WashU_Skud_Contig2069.5           1.7e-10  282_[+1]_196
 
128
MIT_Smik_c193_2483                3.7e-10  365_[+1]_475
 
129
--------------------------------------------------------------------------------
 
130
 
 
131
--------------------------------------------------------------------------------
 
132
        Motif 1 in BLOCKS format
 
133
--------------------------------------------------------------------------------
 
134
BL   MOTIF 1 width=20 seqs=10
 
135
WashU_Sbay_Contig461.5   (  278) GAACAATGGGCAAGGCAAGA  1 
 
136
MIT_Smik_c228_4055       (  283) GAACAATGGGCAAGGCAAGA  1 
 
137
MIT_Spar_c117_4603       (  280) GAACAATGGGCAAGGCAAGA  1 
 
138
SGD_Scer_YDR232W         (  285) GAACAATGGGCAAGGCAAGA  1 
 
139
MIT_Sbay_c841_3215       (  363) GGACAATAGACAAGGAGAGA  1 
 
140
WashU_Skud_Contig1850.5  (  365) GAACAATGCCCAAGGAGAGA  1 
 
141
MIT_Spar_c429_3020       (  367) GGTCAATTGACAAGGAGAGA  1 
 
142
SGD_Scer_YDL205C         (  364) GGTCAATTGACAAGGAGAGA  1 
 
143
WashU_Skud_Contig2069.5  (  283) GAACAATGGGCAAGGCAATG  1 
 
144
MIT_Smik_c193_2483       (  366) CGACAATGTACAAGGAGAGA  1 
 
145
//
 
146
 
 
147
--------------------------------------------------------------------------------
 
148
 
 
149
--------------------------------------------------------------------------------
 
150
        Motif 1 position-specific scoring matrix
 
151
--------------------------------------------------------------------------------
 
152
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6600 bayes= 9.36413 E= 3.0e-032 
 
153
  -997    -81    236   -997 
 
154
    89   -997    119   -997 
 
155
   130   -997   -997    -70 
 
156
  -997    251   -997   -997 
 
157
   162   -997   -997   -997 
 
158
   162   -997   -997   -997 
 
159
  -997   -997   -997    162 
 
160
  -169   -997    199    -70 
 
161
  -997    -81    219   -169 
 
162
    30    -81    151   -997 
 
163
  -997    251   -997   -997 
 
164
   162   -997   -997   -997 
 
165
   162   -997   -997   -997 
 
166
  -997   -997    251   -997 
 
167
  -997   -997    251   -997 
 
168
    62    151   -997   -997 
 
169
    62   -997    151   -997 
 
170
   162   -997   -997   -997 
 
171
  -997   -997    236   -169 
 
172
   147   -997    -81   -997 
 
173
--------------------------------------------------------------------------------
 
174
 
 
175
--------------------------------------------------------------------------------
 
176
        Motif 1 position-specific probability matrix
 
177
--------------------------------------------------------------------------------
 
178
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 3.0e-032 
 
179
 0.000000  0.100000  0.900000  0.000000 
 
180
 0.600000  0.000000  0.400000  0.000000 
 
181
 0.800000  0.000000  0.000000  0.200000 
 
182
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
183
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
184
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
185
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
186
 0.100000  0.000000  0.700000  0.200000 
 
187
 0.000000  0.100000  0.800000  0.100000 
 
188
 0.400000  0.100000  0.500000  0.000000 
 
189
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
190
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
191
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
192
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
193
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
194
 0.500000  0.500000  0.000000  0.000000 
 
195
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
196
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
197
 0.000000  0.000000  0.900000  0.100000 
 
198
 0.900000  0.000000  0.100000  0.000000 
 
199
--------------------------------------------------------------------------------
 
200
 
 
201
--------------------------------------------------------------------------------
 
202
        Motif 1 regular expression
 
203
--------------------------------------------------------------------------------
 
204
G[AG][AT]CAAT[GT]G[GA]CAAGG[AC][AG]AGA
 
205
--------------------------------------------------------------------------------
 
206
 
 
207
 
 
208
 
 
209
 
 
210
Time  4.86 secs.
 
211
 
 
212
********************************************************************************
 
213
 
 
214
 
 
215
********************************************************************************
 
216
MOTIF  2        width =   20   sites =  10   llr = 213   E-value = 1.1e-027
 
217
********************************************************************************
 
218
--------------------------------------------------------------------------------
 
219
        Motif 2 Description
 
220
--------------------------------------------------------------------------------
 
221
Simplified        A  :::a::::::5343::::13
 
222
pos.-specific     C  a:5::::::9::52296593
 
223
probability       G  ::::::aa:::7157::5:4
 
224
matrix            T  :a5:aa::a15:::114:::
 
225
 
 
226
         bits    2.5 *     **            
 
227
                 2.3 *     **            
 
228
                 2.0 *     ** *     *  * 
 
229
                 1.8 *     ** *     *  * 
 
230
Information      1.5 ** *******     * ** 
 
231
content          1.3 ** ******* *  ***** 
 
232
(30.7 bits)      1.0 ********** *  ***** 
 
233
                 0.8 ********** *********
 
234
                 0.5 ********************
 
235
                 0.3 ********************
 
236
                 0.0 --------------------
 
237
 
 
238
Multilevel           CTCATTGGTCAGCGGCCCCG
 
239
consensus              T       TAAAC TG A
 
240
sequence                          C     C
 
241
                                         
 
242
--------------------------------------------------------------------------------
 
243
 
 
244
--------------------------------------------------------------------------------
 
245
        Motif 2 sites sorted by position p-value
 
246
--------------------------------------------------------------------------------
 
247
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
248
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
249
WashU_Skud_Contig2069.5      -    358  1.23e-13 GCCTTCGTCG CTCATTGGTCTGCGGCCGCG GACGCTTTTT
 
250
MIT_Spar_c117_4603           -    356  1.23e-13 GCCTTCGTCG CTCATTGGTCTGCGGCCGCG GGCGCTTTTT
 
251
SGD_Scer_YDR232W             -    361  1.23e-13 GCCTTCGTCG CTCATTGGTCTGCGGCCGCG GGCGCTTTTT
 
252
WashU_Sbay_Contig461.5       -    355  4.09e-12 GTCTTCGTCG CTCATTGGTCTGCGCCCGCC GGCGTTTTTT
 
253
MIT_Spar_c429_3020           +    344  8.68e-11 TCATCGGTTT CTTATTGGTCAGACGCTCCC CAGGGTCAAT
 
254
SGD_Scer_YDL205C             +    341  8.68e-11 TCATCGGTTT CTTATTGGTCAGACGCTCCC CAGGGTCAAT
 
255
MIT_Smik_c228_4055           -    358  3.24e-10 GCTTTCGTCG CTCATTGGTCTGCGCTTGCG GGCGCTTTTT
 
256
WashU_Skud_Contig1850.5      +    344  5.80e-10 TCATCGTTTT CTTATTGGTCAAAAGCTCCA GGAACAATGC
 
257
MIT_Sbay_c841_3215           +    342  2.64e-09 TCATCGTTAT CTTATTGGTCAAGAGCCCAA GGGACAATAG
 
258
MIT_Smik_c193_2483           +    345  5.92e-09 TCATCGTTAT CTTATTGGTTAAAATCCCCA GCGACAATGT
 
259
--------------------------------------------------------------------------------
 
260
 
 
261
--------------------------------------------------------------------------------
 
262
        Motif 2 block diagrams
 
263
--------------------------------------------------------------------------------
 
264
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
265
-------------            ----------------  -------------
 
266
WashU_Skud_Contig2069.5           1.2e-13  357_[-2]_121
 
267
MIT_Spar_c117_4603                1.2e-13  355_[-2]_123
 
268
SGD_Scer_YDR232W                  1.2e-13  360_[-2]_118
 
269
WashU_Sbay_Contig461.5            4.1e-12  354_[-2]_124
 
270
MIT_Spar_c429_3020                8.7e-11  343_[+2]_497
 
271
SGD_Scer_YDL205C                  8.7e-11  340_[+2]_500
 
272
MIT_Smik_c228_4055                3.2e-10  357_[-2]_121
 
273
WashU_Skud_Contig1850.5           5.8e-10  343_[+2]_497
 
274
MIT_Sbay_c841_3215                2.6e-09  341_[+2]_499
 
275
MIT_Smik_c193_2483                5.9e-09  344_[+2]_496
 
276
--------------------------------------------------------------------------------
 
277
 
 
278
--------------------------------------------------------------------------------
 
279
        Motif 2 in BLOCKS format
 
280
--------------------------------------------------------------------------------
 
281
BL   MOTIF 2 width=20 seqs=10
 
282
WashU_Skud_Contig2069.5  (  358) CTCATTGGTCTGCGGCCGCG  1 
 
283
MIT_Spar_c117_4603       (  356) CTCATTGGTCTGCGGCCGCG  1 
 
284
SGD_Scer_YDR232W         (  361) CTCATTGGTCTGCGGCCGCG  1 
 
285
WashU_Sbay_Contig461.5   (  355) CTCATTGGTCTGCGCCCGCC  1 
 
286
MIT_Spar_c429_3020       (  344) CTTATTGGTCAGACGCTCCC  1 
 
287
SGD_Scer_YDL205C         (  341) CTTATTGGTCAGACGCTCCC  1 
 
288
MIT_Smik_c228_4055       (  358) CTCATTGGTCTGCGCTTGCG  1 
 
289
WashU_Skud_Contig1850.5  (  344) CTTATTGGTCAAAAGCTCCA  1 
 
290
MIT_Sbay_c841_3215       (  342) CTTATTGGTCAAGAGCCCAA  1 
 
291
MIT_Smik_c193_2483       (  345) CTTATTGGTTAAAATCCCCA  1 
 
292
//
 
293
 
 
294
--------------------------------------------------------------------------------
 
295
 
 
296
--------------------------------------------------------------------------------
 
297
        Motif 2 position-specific scoring matrix
 
298
--------------------------------------------------------------------------------
 
299
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6600 bayes= 9.36413 E= 1.1e-027 
 
300
  -997    251   -997   -997 
 
301
  -997   -997   -997    162 
 
302
  -997    151   -997     62 
 
303
   162   -997   -997   -997 
 
304
  -997   -997   -997    162 
 
305
  -997   -997   -997    162 
 
306
  -997   -997    251   -997 
 
307
  -997   -997    251   -997 
 
308
  -997   -997   -997    162 
 
309
  -997    236   -997   -169 
 
310
    62   -997   -997     62 
 
311
   -11   -997    199   -997 
 
312
    30    151    -81   -997 
 
313
   -11     19    151   -997 
 
314
  -997     19    199   -169 
 
315
  -997    236   -997   -169 
 
316
  -997    177   -997     30 
 
317
  -997    151    151   -997 
 
318
  -169    236   -997   -997 
 
319
   -11     77    119   -997 
 
320
--------------------------------------------------------------------------------
 
321
 
 
322
--------------------------------------------------------------------------------
 
323
        Motif 2 position-specific probability matrix
 
324
--------------------------------------------------------------------------------
 
325
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 1.1e-027 
 
326
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
327
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
328
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
329
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
330
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
331
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
332
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
333
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
334
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
335
 0.000000  0.900000  0.000000  0.100000 
 
336
 0.500000  0.000000  0.000000  0.500000 
 
337
 0.300000  0.000000  0.700000  0.000000 
 
338
 0.400000  0.500000  0.100000  0.000000 
 
339
 0.300000  0.200000  0.500000  0.000000 
 
340
 0.000000  0.200000  0.700000  0.100000 
 
341
 0.000000  0.900000  0.000000  0.100000 
 
342
 0.000000  0.600000  0.000000  0.400000 
 
343
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
344
 0.100000  0.900000  0.000000  0.000000 
 
345
 0.300000  0.300000  0.400000  0.000000 
 
346
--------------------------------------------------------------------------------
 
347
 
 
348
--------------------------------------------------------------------------------
 
349
        Motif 2 regular expression
 
350
--------------------------------------------------------------------------------
 
351
CT[CT]ATTGGTC[AT][GA][CA][GAC][GC]C[CT][CG]C[GAC]
 
352
--------------------------------------------------------------------------------
 
353
 
 
354
 
 
355
 
 
356
 
 
357
Time  9.68 secs.
 
358
 
 
359
********************************************************************************
 
360
 
 
361
 
 
362
********************************************************************************
 
363
MOTIF  3        width =   15   sites =  10   llr = 175   E-value = 1.1e-018
 
364
********************************************************************************
 
365
--------------------------------------------------------------------------------
 
366
        Motif 3 Description
 
367
--------------------------------------------------------------------------------
 
368
Simplified        A  :51:a:::::576::
 
369
pos.-specific     C  ::5a:aa5:a:::4:
 
370
probability       G  ::4::::5::5346a
 
371
matrix            T  a5::::::a::::::
 
372
 
 
373
         bits    2.5    * **  *    *
 
374
                 2.3    * **  *    *
 
375
                 2.0    * **  *    *
 
376
                 1.8    * **  *    *
 
377
Information      1.5 *  *******   **
 
378
content          1.3 *  *******   **
 
379
(25.2 bits)      1.0 * *************
 
380
                 0.8 * *************
 
381
                 0.5 ***************
 
382
                 0.3 ***************
 
383
                 0.0 ---------------
 
384
 
 
385
Multilevel           TACCACCCTCAAAGG
 
386
consensus             TG    G  GGGC 
 
387
sequence                            
 
388
                                    
 
389
--------------------------------------------------------------------------------
 
390
 
 
391
--------------------------------------------------------------------------------
 
392
        Motif 3 sites sorted by position p-value
 
393
--------------------------------------------------------------------------------
 
394
Sequence name            Strand  Start   P-value                 Site    
 
395
-------------            ------  ----- ---------            ---------------
 
396
WashU_Sbay_Contig461.5       +    431  1.76e-09 AGGTCCGCTA TAGCACCGTCGAGGG GGACCGCTAT
 
397
MIT_Smik_c228_4055           +    431  3.51e-09 AAGTTTATTA TAGCACCGTCGGGGG GAAGCATTAT
 
398
MIT_Spar_c117_4603           +    430  3.51e-09 AAGCTTATTA TAGCACCGTCGGGGG GACCACTATA
 
399
SGD_Scer_YDR232W             +    435  3.51e-09 AAGCTTATTA TAGCACCGTCGGGGG TACCACCACT
 
400
WashU_Skud_Contig1850.5      +    729  7.37e-09 TCACCCTTAT TTCCACCCTCAAAGG ATAAAGCTTG
 
401
MIT_Sbay_c841_3215           +    748  1.49e-08 TCACCCTTAT TTCCACCCTCAAACG ACAAGGCTTG
 
402
MIT_Smik_c193_2483           +    722  1.49e-08 TCACCCTTAT TTCCACCCTCAAACG ATAAAGCTTG
 
403
MIT_Spar_c429_3020           +    722  1.49e-08 TCACCCTTAT TTCCACCCTCAAACG ATAAAGCTTG
 
404
SGD_Scer_YDL205C             +    721  1.49e-08 TCACCCTTAT TTCCACCCTCAAACG ATAAAGCTTG
 
405
WashU_Skud_Contig2069.5      +    432  2.21e-08 AAGTCCGTCA TAACACCGTCGAAGG GGCACCACTA
 
406
--------------------------------------------------------------------------------
 
407
 
 
408
--------------------------------------------------------------------------------
 
409
        Motif 3 block diagrams
 
410
--------------------------------------------------------------------------------
 
411
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
412
-------------            ----------------  -------------
 
413
WashU_Sbay_Contig461.5            1.8e-09  430_[+3]_53
 
414
MIT_Smik_c228_4055                3.5e-09  430_[+3]_53
 
415
MIT_Spar_c117_4603                3.5e-09  429_[+3]_54
 
416
SGD_Scer_YDR232W                  3.5e-09  434_[+3]_49
 
417
WashU_Skud_Contig1850.5           7.4e-09  728_[+3]_117
 
418
MIT_Sbay_c841_3215                1.5e-08  747_[+3]_98
 
419
MIT_Smik_c193_2483                1.5e-08  721_[+3]_124
 
420
MIT_Spar_c429_3020                1.5e-08  721_[+3]_124
 
421
SGD_Scer_YDL205C                  1.5e-08  720_[+3]_125
 
422
WashU_Skud_Contig2069.5           2.2e-08  431_[+3]_52
 
423
--------------------------------------------------------------------------------
 
424
 
 
425
--------------------------------------------------------------------------------
 
426
        Motif 3 in BLOCKS format
 
427
--------------------------------------------------------------------------------
 
428
BL   MOTIF 3 width=15 seqs=10
 
429
WashU_Sbay_Contig461.5   (  431) TAGCACCGTCGAGGG  1 
 
430
MIT_Smik_c228_4055       (  431) TAGCACCGTCGGGGG  1 
 
431
MIT_Spar_c117_4603       (  430) TAGCACCGTCGGGGG  1 
 
432
SGD_Scer_YDR232W         (  435) TAGCACCGTCGGGGG  1 
 
433
WashU_Skud_Contig1850.5  (  729) TTCCACCCTCAAAGG  1 
 
434
MIT_Sbay_c841_3215       (  748) TTCCACCCTCAAACG  1 
 
435
MIT_Smik_c193_2483       (  722) TTCCACCCTCAAACG  1 
 
436
MIT_Spar_c429_3020       (  722) TTCCACCCTCAAACG  1 
 
437
SGD_Scer_YDL205C         (  721) TTCCACCCTCAAACG  1 
 
438
WashU_Skud_Contig2069.5  (  432) TAACACCGTCGAAGG  1 
 
439
//
 
440
 
 
441
--------------------------------------------------------------------------------
 
442
 
 
443
--------------------------------------------------------------------------------
 
444
        Motif 3 position-specific scoring matrix
 
445
--------------------------------------------------------------------------------
 
446
log-odds matrix: alength= 4 w= 15 n= 6650 bayes= 9.37504 E= 1.1e-018 
 
447
  -997   -997   -997    162 
 
448
    62   -997   -997     62 
 
449
  -169    151    119   -997 
 
450
  -997    251   -997   -997 
 
451
   162   -997   -997   -997 
 
452
  -997    251   -997   -997 
 
453
  -997    251   -997   -997 
 
454
  -997    151    151   -997 
 
455
  -997   -997   -997    162 
 
456
  -997    251   -997   -997 
 
457
    62   -997    151   -997 
 
458
   111   -997     77   -997 
 
459
    89   -997    119   -997 
 
460
  -997    119    177   -997 
 
461
  -997   -997    251   -997 
 
462
--------------------------------------------------------------------------------
 
463
 
 
464
--------------------------------------------------------------------------------
 
465
        Motif 3 position-specific probability matrix
 
466
--------------------------------------------------------------------------------
 
467
letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 10 E= 1.1e-018 
 
468
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
469
 0.500000  0.000000  0.000000  0.500000 
 
470
 0.100000  0.500000  0.400000  0.000000 
 
471
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
472
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
473
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
474
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
475
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
476
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
477
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
478
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
479
 0.700000  0.000000  0.300000  0.000000 
 
480
 0.600000  0.000000  0.400000  0.000000 
 
481
 0.000000  0.400000  0.600000  0.000000 
 
482
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
483
--------------------------------------------------------------------------------
 
484
 
 
485
--------------------------------------------------------------------------------
 
486
        Motif 3 regular expression
 
487
--------------------------------------------------------------------------------
 
488
T[AT][CG]CACC[CG]TC[AG][AG][AG][GC]G
 
489
--------------------------------------------------------------------------------
 
490
 
 
491
 
 
492
 
 
493
 
 
494
Time 14.37 secs.
 
495
 
 
496
********************************************************************************
 
497
 
 
498
 
 
499
********************************************************************************
 
500
MOTIF  4        width =   20   sites =  10   llr = 206   E-value = 1.9e-024
 
501
********************************************************************************
 
502
--------------------------------------------------------------------------------
 
503
        Motif 4 Description
 
504
--------------------------------------------------------------------------------
 
505
Simplified        A  4:a612::5:::::4214::
 
506
pos.-specific     C  5::1::5::a4:::32:6:7
 
507
probability       G  1a:398:a5:5:::168:a2
 
508
matrix            T  ::::::5:::1aaa2:1::1
 
509
 
 
510
         bits    2.5  *     * *        * 
 
511
                 2.3  *     * *        * 
 
512
                 2.0  *  *  * *        * 
 
513
                 1.8  *  *  * *        * 
 
514
Information      1.5  ** ** * * ***  * * 
 
515
content          1.3  ** ** * * ***  ****
 
516
(29.7 bits)      1.0  ** ********** *****
 
517
                 0.8 ************** *****
 
518
                 0.5 ************** *****
 
519
                 0.3 ********************
 
520
                 0.0 --------------------
 
521
 
 
522
Multilevel           CGAAGGCGACGTTTAGGCGC
 
523
consensus            A  G AT G C   CA A G
 
524
sequence                           TC    
 
525
                                         
 
526
--------------------------------------------------------------------------------
 
527
 
 
528
--------------------------------------------------------------------------------
 
529
        Motif 4 sites sorted by position p-value
 
530
--------------------------------------------------------------------------------
 
531
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
532
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
533
SGD_Scer_YDR232W             +    384  9.38e-12 CAATGAGCGA CGAAGGCGGCCTTTCCGAGC GGTAGGGTAA
 
534
MIT_Spar_c429_3020           +    670  1.07e-11 GAGCGAGGTT AGAGGGTGACGTTTAGGCGC ATAGGCAACC
 
535
WashU_Skud_Contig1850.5      +    677  3.00e-11 GAACAAAGTT GGAAGGTGACGTTTAGGCGC ATAGGCAATC
 
536
SGD_Scer_YDL205C             +    669  5.20e-11 GAACAAGGTT AGACGGTGACGTTTAGGCGC ATAGGCAATC
 
537
WashU_Skud_Contig2069.5      +    381  7.97e-11 CAATGAGCGA CGAAGGCGGCCTTTCGTAGC AGCAGGGTAA
 
538
MIT_Sbay_c841_3215           +    696  2.22e-10 AAACAACATT AGAGGGTGACGTTTTAGCGC ATAGGCAATC
 
539
MIT_Spar_c117_4603           +    379  2.42e-10 CAATGAGCGA CGAAGGCGGCCTTTCCGAGT GGTAGGGTAA
 
540
MIT_Smik_c193_2483           +    670  7.21e-10 GGACAAGGTC AGAGGATGACGTTTAAGCGC ATAGGCAATC
 
541
WashU_Sbay_Contig461.5       +    378  1.03e-09 CAATGAGCGA CGAAGACGGCTTTTGGGCGG GGCAGGGTAA
 
542
MIT_Smik_c228_4055           +    381  5.22e-09 CAATGAGCGA CGAAAGCGGCCTTTTGAAGG GTAGGGTAAT
 
543
--------------------------------------------------------------------------------
 
544
 
 
545
--------------------------------------------------------------------------------
 
546
        Motif 4 block diagrams
 
547
--------------------------------------------------------------------------------
 
548
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
549
-------------            ----------------  -------------
 
550
SGD_Scer_YDR232W                  9.4e-12  383_[+4]_95
 
551
MIT_Spar_c429_3020                1.1e-11  669_[+4]_171
 
552
WashU_Skud_Contig1850.5             3e-11  676_[+4]_164
 
553
SGD_Scer_YDL205C                  5.2e-11  668_[+4]_172
 
554
WashU_Skud_Contig2069.5             8e-11  380_[+4]_98
 
555
MIT_Sbay_c841_3215                2.2e-10  695_[+4]_145
 
556
MIT_Spar_c117_4603                2.4e-10  378_[+4]_100
 
557
MIT_Smik_c193_2483                7.2e-10  669_[+4]_171
 
558
WashU_Sbay_Contig461.5              1e-09  377_[+4]_101
 
559
MIT_Smik_c228_4055                5.2e-09  380_[+4]_98
 
560
--------------------------------------------------------------------------------
 
561
 
 
562
--------------------------------------------------------------------------------
 
563
        Motif 4 in BLOCKS format
 
564
--------------------------------------------------------------------------------
 
565
BL   MOTIF 4 width=20 seqs=10
 
566
SGD_Scer_YDR232W         (  384) CGAAGGCGGCCTTTCCGAGC  1 
 
567
MIT_Spar_c429_3020       (  670) AGAGGGTGACGTTTAGGCGC  1 
 
568
WashU_Skud_Contig1850.5  (  677) GGAAGGTGACGTTTAGGCGC  1 
 
569
SGD_Scer_YDL205C         (  669) AGACGGTGACGTTTAGGCGC  1 
 
570
WashU_Skud_Contig2069.5  (  381) CGAAGGCGGCCTTTCGTAGC  1 
 
571
MIT_Sbay_c841_3215       (  696) AGAGGGTGACGTTTTAGCGC  1 
 
572
MIT_Spar_c117_4603       (  379) CGAAGGCGGCCTTTCCGAGT  1 
 
573
MIT_Smik_c193_2483       (  670) AGAGGATGACGTTTAAGCGC  1 
 
574
WashU_Sbay_Contig461.5   (  378) CGAAGACGGCTTTTGGGCGG  1 
 
575
MIT_Smik_c228_4055       (  381) CGAAAGCGGCCTTTTGAAGG  1 
 
576
//
 
577
 
 
578
--------------------------------------------------------------------------------
 
579
 
 
580
--------------------------------------------------------------------------------
 
581
        Motif 4 position-specific scoring matrix
 
582
--------------------------------------------------------------------------------
 
583
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6600 bayes= 9.36413 E= 1.9e-024 
 
584
    30    151    -81   -997 
 
585
  -997   -997    251   -997 
 
586
   162   -997   -997   -997 
 
587
    89    -81     77   -997 
 
588
  -169   -997    236   -997 
 
589
   -70   -997    219   -997 
 
590
  -997    151   -997     62 
 
591
  -997   -997    251   -997 
 
592
    62   -997    151   -997 
 
593
  -997    251   -997   -997 
 
594
  -997    119    151   -169 
 
595
  -997   -997   -997    162 
 
596
  -997   -997   -997    162 
 
597
  -997   -997   -997    162 
 
598
    30     77    -81    -70 
 
599
   -70     19    177   -997 
 
600
  -169   -997    219   -169 
 
601
    30    177   -997   -997 
 
602
  -997   -997    251   -997 
 
603
  -997    199     19   -169 
 
604
--------------------------------------------------------------------------------
 
605
 
 
606
--------------------------------------------------------------------------------
 
607
        Motif 4 position-specific probability matrix
 
608
--------------------------------------------------------------------------------
 
609
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 1.9e-024 
 
610
 0.400000  0.500000  0.100000  0.000000 
 
611
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
612
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
613
 0.600000  0.100000  0.300000  0.000000 
 
614
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
615
 0.200000  0.000000  0.800000  0.000000 
 
616
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
617
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
618
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
619
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
620
 0.000000  0.400000  0.500000  0.100000 
 
621
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
622
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
623
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
624
 0.400000  0.300000  0.100000  0.200000 
 
625
 0.200000  0.200000  0.600000  0.000000 
 
626
 0.100000  0.000000  0.800000  0.100000 
 
627
 0.400000  0.600000  0.000000  0.000000 
 
628
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
629
 0.000000  0.700000  0.200000  0.100000 
 
630
--------------------------------------------------------------------------------
 
631
 
 
632
--------------------------------------------------------------------------------
 
633
        Motif 4 regular expression
 
634
--------------------------------------------------------------------------------
 
635
[CA]GA[AG]G[GA][CT]G[AG]C[GC]TTT[ACT][GAC]G[CA]G[CG]
 
636
--------------------------------------------------------------------------------
 
637
 
 
638
 
 
639
 
 
640
 
 
641
Time 18.89 secs.
 
642
 
 
643
********************************************************************************
 
644
 
 
645
 
 
646
********************************************************************************
 
647
MOTIF  5        width =   15   sites =  10   llr = 163   E-value = 1.8e-014
 
648
********************************************************************************
 
649
--------------------------------------------------------------------------------
 
650
        Motif 5 Description
 
651
--------------------------------------------------------------------------------
 
652
Simplified        A  ::::::::4::::::
 
653
pos.-specific     C  a7:116a::84a11:
 
654
probability       G  ::9:14::61::::6
 
655
matrix            T  :3198::a:16:994
 
656
 
 
657
         bits    2.5 *     *    *   
 
658
                 2.3 *     *    *   
 
659
                 2.0 * *   *    *   
 
660
                 1.8 * *   *    *   
 
661
Information      1.5 * *  *** * *   
 
662
content          1.3 **** ***** ****
 
663
(23.5 bits)      1.0 ***************
 
664
                 0.8 ***************
 
665
                 0.5 ***************
 
666
                 0.3 ***************
 
667
                 0.0 ---------------
 
668
 
 
669
Multilevel           CCGTTCCTGCTCTTG
 
670
consensus             T   G  A C   T
 
671
sequence                            
 
672
                                    
 
673
--------------------------------------------------------------------------------
 
674
 
 
675
--------------------------------------------------------------------------------
 
676
        Motif 5 sites sorted by position p-value
 
677
--------------------------------------------------------------------------------
 
678
Sequence name            Strand  Start   P-value                 Site    
 
679
-------------            ------  ----- ---------            ---------------
 
680
WashU_Sbay_Contig461.5       +    308  2.85e-10 TGAAAAATCT CCGTTCCTGCTCTTG CTTGATATAT
 
681
WashU_Skud_Contig2069.5      +    313  2.85e-10 TGAAAAATTT CCGTTCCTGCTCTTG CTTCATATAT
 
682
MIT_Smik_c228_4055           +    312  1.62e-09 ATGAAAATTT CCGTTCCTGCTCTTT CTTCATATAT
 
683
SGD_Scer_YDR232W             +    315  1.62e-09 TGAAAAATTT CCGTTCCTGCTCTTT CTTCATATAT
 
684
MIT_Spar_c117_4603           +    310  1.17e-08 TGAAAAATTT CTGTTCCTGCTCTTT CTTCATATAT
 
685
MIT_Smik_c193_2483           -    552  1.46e-08 CCGACATACG CCGTCGCTACCCTTG CAGTTCAAGT
 
686
MIT_Spar_c429_3020           -    553  1.46e-08 CACCGACATT CTGTTGCTACCCTTG TAGTTCAAGT
 
687
WashU_Skud_Contig1850.5      -    555  4.54e-08 CCGACACATT CCGTTGCTATCCTTG TAGTTCCGTT
 
688
SGD_Scer_YDL205C             -    550  6.46e-08 CCGACACATT CTGCTGCTACCCTTG TAGTTTAAGT
 
689
MIT_Sbay_c841_3215           -    516  1.21e-06 TCTTGCAAGC CCTTGCCTGGTCCCT GGCAGCGCGG
 
690
--------------------------------------------------------------------------------
 
691
 
 
692
--------------------------------------------------------------------------------
 
693
        Motif 5 block diagrams
 
694
--------------------------------------------------------------------------------
 
695
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
696
-------------            ----------------  -------------
 
697
WashU_Sbay_Contig461.5            2.8e-10  307_[+5]_176
 
698
WashU_Skud_Contig2069.5           2.8e-10  312_[+5]_171
 
699
MIT_Smik_c228_4055                1.6e-09  311_[+5]_172
 
700
SGD_Scer_YDR232W                  1.6e-09  314_[+5]_169
 
701
MIT_Spar_c117_4603                1.2e-08  309_[+5]_174
 
702
MIT_Smik_c193_2483                1.5e-08  551_[-5]_294
 
703
MIT_Spar_c429_3020                1.5e-08  552_[-5]_293
 
704
WashU_Skud_Contig1850.5           4.5e-08  554_[-5]_291
 
705
SGD_Scer_YDL205C                  6.5e-08  549_[-5]_296
 
706
MIT_Sbay_c841_3215                1.2e-06  515_[-5]_330
 
707
--------------------------------------------------------------------------------
 
708
 
 
709
--------------------------------------------------------------------------------
 
710
        Motif 5 in BLOCKS format
 
711
--------------------------------------------------------------------------------
 
712
BL   MOTIF 5 width=15 seqs=10
 
713
WashU_Sbay_Contig461.5   (  308) CCGTTCCTGCTCTTG  1 
 
714
WashU_Skud_Contig2069.5  (  313) CCGTTCCTGCTCTTG  1 
 
715
MIT_Smik_c228_4055       (  312) CCGTTCCTGCTCTTT  1 
 
716
SGD_Scer_YDR232W         (  315) CCGTTCCTGCTCTTT  1 
 
717
MIT_Spar_c117_4603       (  310) CTGTTCCTGCTCTTT  1 
 
718
MIT_Smik_c193_2483       (  552) CCGTCGCTACCCTTG  1 
 
719
MIT_Spar_c429_3020       (  553) CTGTTGCTACCCTTG  1 
 
720
WashU_Skud_Contig1850.5  (  555) CCGTTGCTATCCTTG  1 
 
721
SGD_Scer_YDL205C         (  550) CTGCTGCTACCCTTG  1 
 
722
MIT_Sbay_c841_3215       (  516) CCTTGCCTGGTCCCT  1 
 
723
//
 
724
 
 
725
--------------------------------------------------------------------------------
 
726
 
 
727
--------------------------------------------------------------------------------
 
728
        Motif 5 position-specific scoring matrix
 
729
--------------------------------------------------------------------------------
 
730
log-odds matrix: alength= 4 w= 15 n= 6650 bayes= 9.37504 E= 1.8e-014 
 
731
  -997    251   -997   -997 
 
732
  -997    199   -997    -11 
 
733
  -997   -997    236   -169 
 
734
  -997    -81   -997    147 
 
735
  -997    -81    -81    130 
 
736
  -997    177    119   -997 
 
737
  -997    251   -997   -997 
 
738
  -997   -997   -997    162 
 
739
    30   -997    177   -997 
 
740
  -997    219    -81   -169 
 
741
  -997    119   -997     89 
 
742
  -997    251   -997   -997 
 
743
  -997    -81   -997    147 
 
744
  -997    -81   -997    147 
 
745
  -997   -997    177     30 
 
746
--------------------------------------------------------------------------------
 
747
 
 
748
--------------------------------------------------------------------------------
 
749
        Motif 5 position-specific probability matrix
 
750
--------------------------------------------------------------------------------
 
751
letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 10 E= 1.8e-014 
 
752
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
753
 0.000000  0.700000  0.000000  0.300000 
 
754
 0.000000  0.000000  0.900000  0.100000 
 
755
 0.000000  0.100000  0.000000  0.900000 
 
756
 0.000000  0.100000  0.100000  0.800000 
 
757
 0.000000  0.600000  0.400000  0.000000 
 
758
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
759
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
760
 0.400000  0.000000  0.600000  0.000000 
 
761
 0.000000  0.800000  0.100000  0.100000 
 
762
 0.000000  0.400000  0.000000  0.600000 
 
763
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
764
 0.000000  0.100000  0.000000  0.900000 
 
765
 0.000000  0.100000  0.000000  0.900000 
 
766
 0.000000  0.000000  0.600000  0.400000 
 
767
--------------------------------------------------------------------------------
 
768
 
 
769
--------------------------------------------------------------------------------
 
770
        Motif 5 regular expression
 
771
--------------------------------------------------------------------------------
 
772
C[CT]GTT[CG]CT[GA]C[TC]CTT[GT]
 
773
--------------------------------------------------------------------------------
 
774
 
 
775
 
 
776
 
 
777
 
 
778
Time 23.30 secs.
 
779
 
 
780
********************************************************************************
 
781
 
 
782
 
 
783
********************************************************************************
 
784
SUMMARY OF MOTIFS
 
785
********************************************************************************
 
786
 
 
787
--------------------------------------------------------------------------------
 
788
        Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
 
789
--------------------------------------------------------------------------------
 
790
SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
791
-------------            ----------------  -------------
 
792
SGD_Scer_YDR232W                 1.98e-32  284_[+1(1.41e-12)]_10_[+5(1.62e-09)]_31_[-2(1.23e-13)]_3_[+4(9.38e-12)]_31_[+3(3.51e-09)]_49
 
793
MIT_Spar_c117_4603               2.87e-30  279_[+1(1.41e-12)]_10_[+5(1.17e-08)]_31_[-2(1.23e-13)]_3_[+4(2.42e-10)]_31_[+3(3.51e-09)]_54
 
794
MIT_Smik_c228_4055               1.44e-26  282_[+1(1.41e-12)]_9_[+5(1.62e-09)]_31_[-2(3.24e-10)]_3_[+4(5.22e-09)]_30_[+3(3.51e-09)]_53
 
795
WashU_Skud_Contig2069.5          1.65e-29  111_[-5(2.14e-05)]_156_[+1(1.74e-10)]_10_[+5(2.85e-10)]_30_[-2(1.23e-13)]_3_[+4(7.97e-11)]_31_[+3(2.21e-08)]_52
 
796
WashU_Sbay_Contig461.5           4.83e-30  185_[-2(9.76e-05)]_72_[+1(1.41e-12)]_10_[+5(2.85e-10)]_32_[-2(4.09e-12)]_3_[+4(1.03e-09)]_11_[-5(1.98e-05)]_7_[+3(1.76e-09)]_53
 
797
SGD_Scer_YDL205C                 6.25e-24  48_[-1(4.94e-05)]_272_[+2(8.68e-11)]_3_[+1(1.18e-10)]_166_[-5(6.46e-08)]_104_[+4(5.20e-11)]_32_[+3(1.49e-08)]_125
 
798
MIT_Spar_c429_3020               3.47e-25  41_[-1(2.08e-05)]_282_[+2(8.68e-11)]_3_[+1(1.18e-10)]_166_[-5(1.46e-08)]_46_[-2(5.52e-05)]_36_[+4(1.07e-11)]_32_[+3(1.49e-08)]_124
 
799
MIT_Smik_c193_2483               2.83e-21  344_[+2(5.92e-09)]_1_[+1(3.73e-10)]_166_[-5(1.46e-08)]_[-3(3.86e-06)]_88_[+4(7.21e-10)]_32_[+3(1.49e-08)]_124
 
800
MIT_Sbay_c841_3215               5.49e-21  49_[-1(4.94e-05)]_272_[+2(2.64e-09)]_1_[+1(6.65e-11)]_133_[-5(1.21e-06)]_165_[+4(2.22e-10)]_32_[+3(1.49e-08)]_98
 
801
WashU_Skud_Contig1850.5          7.09e-24  47_[-1(5.92e-05)]_276_[+2(5.80e-10)]_1_[+1(1.00e-10)]_170_[-5(4.54e-08)]_107_[+4(3.00e-11)]_32_[+3(7.37e-09)]_117
 
802
--------------------------------------------------------------------------------
 
803
 
 
804
********************************************************************************
 
805
 
 
806
 
 
807
********************************************************************************
 
808
Stopped because nmotifs = 5 reached.
 
809
********************************************************************************
 
810
 
 
811
CPU: dhn02990.mrc-dunn.cam.ac.uk
 
812
 
 
813
********************************************************************************