← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tree/PhyloNetwork/RandomFactory.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tree/PhyloNetwork/RandomFactory.t
 
1
# $Id: RandomFactory.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
2
# -*-Perl-*-
 
3
use strict;
 
4
 
 
5
BEGIN {
 
6
  use lib '.';
 
7
  use Bio::Root::Test;
 
8
 
 
9
  test_begin(-tests => 70,
 
10
             -requires_modules => [qw(Bio::PhyloNetwork
 
11
                                      Math::Random
 
12
                                      Bio::Tree::RandomFactory)]);
 
13
 
 
14
  use_ok('Bio::PhyloNetwork::RandomFactory');
 
15
}
 
16
 
 
17
my $factory=Bio::PhyloNetwork::RandomFactory->new(-numleaves=>3,-norepeat=>1);
 
18
isa_ok($factory,'Bio::PhyloNetwork::RandomFactory');
 
19
 
 
20
my @nets;
 
21
for (my $i=0; $i<66; $i++) {
 
22
  my $net=$factory->next_network();
 
23
  push @nets,$net;
 
24
}
 
25
 
 
26
is(scalar @nets,66,'random factory');
 
27
 
 
28
my @netsbk;
 
29
 
 
30
foreach my $enw (<DATA>) {
 
31
  my $net=Bio::PhyloNetwork->new(-eNewick=>$enw);
 
32
  push @netsbk,$net;
 
33
}
 
34
is(scalar @netsbk,66);
 
35
 
 
36
foreach my $net (@nets) {
 
37
  my $found=0;
 
38
  foreach my $netbk (@netsbk) {
 
39
    if ($net->mu_distance($netbk)==0) {
 
40
      $found=1;
 
41
      last;
 
42
    }
 
43
  }
 
44
  ok($found,'found');
 
45
}
 
46
 
 
47
__DATA__
 
48
((l1,l3),l2); 
 
49
(#H1,(#H1,(l1,l3))); (l2)#H1; 
 
50
(#H1,(#H1,((#H2,l1),#H2))); (l2)#H1; (l3)#H2; 
 
51
(#H1,(#H2,(#H1,(#H2,l1)))); (l2)#H1; (l3)#H2; 
 
52
(#H1,(#H1,(#H2,l1))); ((#H2,l2))#H1; (l3)#H2; 
 
53
(#H1,(#H1,((#H2,l3),#H2))); (l2)#H1; (l1)#H2; 
 
54
(#H1,(#H2,(#H1,(l3,#H2)))); (l2)#H1; (l1)#H2; 
 
55
(#H1,(#H1,(l3,#H2))); ((#H2,l2))#H1; (l1)#H2; 
 
56
(#H1,(l1,(l3,#H1))); (l2)#H1; 
 
57
((((l3,#H1),#H2),#H2),#H1); (l2)#H1; (l1)#H2; 
 
58
(#H1,((#H1,l3),#H2)); ((l2,#H2))#H1; (l1)#H2; 
 
59
(#H1,(#H2,(#H2,l1))); (l2)#H1; ((#H1,l3))#H2; 
 
60
(#H1,(l3,(l1,#H1))); (l2)#H1; 
 
61
((((l1,#H1),#H2),#H2),#H1); (l2)#H1; (l3)#H2; 
 
62
(#H1,((#H1,l1),#H2)); ((l2,#H2))#H1; (l3)#H2; 
 
63
(#H1,(#H2,(#H2,l3))); (l2)#H1; ((#H1,l1))#H2; 
 
64
(#H1,(l2,#H1)); ((l1,l3))#H1; 
 
65
((#H1,(l2,#H2)),#H1); ((#H2,l1))#H1; (l3)#H2; 
 
66
(#H1,(#H1,l2)); ((#H2,(#H2,l1)))#H1; (l3)#H2; 
 
67
(#H1,(#H2,(#H1,l2))); ((#H2,l1))#H1; (l3)#H2; 
 
68
((#H1,(l2,#H2)),#H1); ((#H2,l3))#H1; (l1)#H2; 
 
69
(#H1,(#H1,l2)); ((#H2,(#H2,l3)))#H1; (l1)#H2; 
 
70
(#H1,(#H2,(#H1,l2))); ((l3,#H2))#H1; (l1)#H2; 
 
71
((l2,#H1),(l1,#H1)); (l3)#H1; 
 
72
(l2,(#H1,(l1,#H1))); (l3)#H1; 
 
73
((l2,#H1),(l3,#H1)); (l1)#H1; 
 
74
(l2,(#H1,(l3,#H1))); (l1)#H1; 
 
75
(l1,(l3,l2)); 
 
76
(l1,(#H1,(#H1,l3))); (l2)#H1; 
 
77
((#H1,((#H1,l3),#H2)),#H2); (l2)#H1; (l1)#H2; 
 
78
((#H1,(#H1,(#H2,l3))),#H2); (l2)#H1; (l1)#H2; 
 
79
(#H2,(#H2,(#H1,(#H1,l3)))); (l2)#H1; (l1)#H2; 
 
80
((#H1,(l3,#H1)),#H2); ((#H2,l2))#H1; (l1)#H2; 
 
81
(#H2,(#H2,l1)); (l2)#H1; (((l3,#H1),#H1))#H2; 
 
82
((l1,#H1),(l3,#H1)); (l2)#H1; 
 
83
((#H1,(l1,#H2)),#H2); (l2)#H1; ((#H1,l3))#H2; 
 
84
(#H2,(#H2,(#H1,l1))); (l2)#H1; ((#H1,l3))#H2; 
 
85
(#H2,(#H2,(#H1,l3))); (l2)#H1; ((#H1,l1))#H2; 
 
86
(#H2,(#H1,(l3,#H2))); (l2)#H1; ((#H1,l1))#H2; 
 
87
(#H1,(l1,#H1)); ((l3,l2))#H1; 
 
88
(#H1,(l1,#H1)); ((#H2,(#H2,l2)))#H1; (l3)#H2; 
 
89
(l1,(#H1,(l2,#H1))); (l3)#H1; 
 
90
((#H1,(#H1,(#H2,l2))),#H2); (l3)#H1; (l1)#H2; 
 
91
(#H2,(((l2,#H1),#H1),#H2)); (l3)#H1; (l1)#H2; 
 
92
(#H2,(((l2,#H1),#H2),#H1)); (l3)#H1; (l1)#H2; 
 
93
((#H1,(#H1,l2)),#H2); ((l3,#H2))#H1; (l1)#H2; 
 
94
(#H1,(l3,(l2,#H1))); (l1)#H1; 
 
95
(#H1,(#H1,(l2,l3))); (l1)#H1; 
 
96
(#H1,((l3,#H1),l2)); (l1)#H1; 
 
97
((l1,l2),l3); 
 
98
(#H1,(#H1,(l1,l2))); (l3)#H1; 
 
99
(#H1,(#H1,((#H2,l1),#H2))); (l3)#H1; (l2)#H2; 
 
100
(#H1,(#H2,(#H1,(#H2,l1)))); (l3)#H1; (l2)#H2; 
 
101
(#H1,(#H1,((#H2,l2),#H2))); (l3)#H1; (l1)#H2; 
 
102
(#H1,(#H2,(#H1,(l2,#H2)))); (l3)#H1; (l1)#H2; 
 
103
(#H1,(l1,(l2,#H1))); (l3)#H1; 
 
104
((((l2,#H1),#H2),#H2),#H1); (l3)#H1; (l1)#H2; 
 
105
(#H1,(#H2,(#H2,l1))); (l3)#H1; ((#H1,l2))#H2; 
 
106
(#H1,(l2,(l1,#H1))); (l3)#H1; 
 
107
((((l1,#H1),#H2),#H2),#H1); (l3)#H1; (l2)#H2; 
 
108
(#H1,(#H2,(#H2,l2))); (l3)#H1; ((#H1,l1))#H2; 
 
109
(#H1,(l3,#H1)); ((l1,l2))#H1; 
 
110
(#H1,(#H1,l3)); ((#H2,(#H2,l1)))#H1; (l2)#H2; 
 
111
(#H1,(#H1,l3)); ((#H2,(#H2,l2)))#H1; (l1)#H2; 
 
112
(l3,(#H1,(l1,#H1))); (l2)#H1; 
 
113
(l3,(#H1,(l2,#H1))); (l1)#H1;