← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tools/EUtilities/elink_neighbor_history.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tools/EUtilities/elink_neighbor_history.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: epost.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
use warnings;
 
6
 
 
7
BEGIN {
 
8
    use lib '.';
 
9
        use Bio::Root::Test;
 
10
        
 
11
        test_begin(-tests => 65,
 
12
                           -requires_module => 'XML::Simple');
 
13
        
 
14
    use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
 
15
    use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
 
16
}
 
17
 
 
18
# check -correspondence => 0 (default) 
 
19
my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
 
20
    -eutil      => 'elink',
 
21
    -file       => test_input_file('eutils','elink_nhist.xml'));
 
22
 
 
23
isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
 
24
is(join(',',$eutil->get_databases), 'pubmed');
 
25
 
 
26
# for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a
 
27
# database is specified when cmd=neighbor_history is used, no IDs come back
 
28
# (they are stored on the server for further work)
 
29
 
 
30
is(join(',',$eutil->get_ids), '', 'get_ids');
 
31
my @ls = $eutil->get_LinkSets;
 
32
is(scalar(@ls), 2, 'uncorrelated LinkSets lump everything together');
 
33
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'pubmed');
 
34
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
 
35
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
 
36
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::HistoryI');
 
37
 
 
38
# check data in LinkSets
 
39
# Note that retrieved IDs and submitted IDs are lumped together (don't correspond)
 
40
is(join(',',$ls[0]->get_ids), '');
 
41
is(join(',',$ls[0]->get_databases), 'pubmed');
 
42
is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '730439,68536103,1621261,20807972');
 
43
is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
 
44
is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_pubmed');
 
45
is($ls[0]->has_scores, 0);
 
46
is($ls[0]->has_linkout, 0);
 
47
is($ls[0]->has_neighbor, 0);
 
48
 
 
49
# no LinkInfo
 
50
my @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
 
51
is(scalar(@info), 0);
 
52
 
 
53
# no UrlLinks
 
54
my @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
 
55
is(scalar(@urls), 0);
 
56
 
 
57
# HistoryI
 
58
is($ls[0]->get_webenv, '085LBC0s_G5ZenmRAnAm9dgF-TYrzyM9zVawz6_GfunjA5iasUqoGSfSzd@991070AE944054A1_0001SID');
 
59
is($ls[0]->get_query_key, 1);
 
60
 
 
61
# next 
 
62
is(join(',',$ls[1]->get_ids), '');
 
63
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'pubmed');
 
64
is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '730439,68536103,1621261,20807972');
 
65
is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_pubmed_refseq');
 
66
is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
 
67
is($ls[1]->has_scores, 0);
 
68
is($ls[1]->has_linkout, 0);
 
69
is($ls[1]->has_neighbor, 0);
 
70
 
 
71
# no LinkInfo
 
72
@info = $ls[1]->get_LinkInfo;
 
73
is(scalar(@info), 0);
 
74
 
 
75
# no UrlLinks
 
76
@urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
 
77
is(scalar(@urls), 0);
 
78
 
 
79
# HistoryI
 
80
is($ls[1]->get_webenv, '085LBC0s_G5ZenmRAnAm9dgF-TYrzyM9zVawz6_GfunjA5iasUqoGSfSzd@991070AE944054A1_0001SID');
 
81
is($ls[1]->get_query_key, 2);
 
82
 
 
83
# check -correspondence => 1
 
84
$eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
 
85
    -eutil      => 'elink',
 
86
    -file       => test_input_file('eutils','elink_nhist_corr.xml'));
 
87
 
 
88
isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
 
89
is(join(',',$eutil->get_databases), 'pubmed');
 
90
 
 
91
# for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
 
92
is(join(',',$eutil->get_ids), '', 'get_ids');
 
93
@ls = $eutil->get_LinkSets;
 
94
is(scalar(@ls), 6, 'correlated LinkSets separate ID data');
 
95
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'pubmed');
 
96
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
 
97
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
 
98
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::HistoryI');
 
99
 
 
100
# check data in LinkSets
 
101
# Note that you can get more that one returned ID, but only one submitted ID
 
102
is(join(',',$ls[0]->get_ids), ''); 
 
103
is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '1621261');
 
104
is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_pubmed');
 
105
is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
 
106
is($ls[0]->has_scores, 0);
 
107
is($ls[0]->has_linkout, 0);
 
108
is($ls[0]->has_neighbor, 0);
 
109
 
 
110
# no LinkInfo
 
111
@info = $ls[0]->get_LinkInfo;
 
112
is(scalar(@info), 0);
 
113
 
 
114
# no UrlLinks
 
115
@urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
 
116
is(scalar(@urls), 0);
 
117
 
 
118
# HistoryI
 
119
is($ls[0]->get_webenv, '0-g5Po62X-zBqwiLv9LDfH6dJvaMByxF-B7jUpwxS73UvKdcD2qdti4CNbY@03F16D1B94400731_0005SID');
 
120
is($ls[0]->get_query_key, 1);
 
121
 
 
122
is(join(',',$ls[1]->get_ids), '');
 
123
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'pubmed');
 
124
is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
 
125
is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
 
126
is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_pubmed');
 
127
is($ls[1]->has_scores, 0);
 
128
is($ls[1]->has_linkout, 0);
 
129
is($ls[1]->has_neighbor, 0);
 
130
 
 
131
# no LinkInfo
 
132
@info = $ls[1]->get_LinkInfo;
 
133
is(scalar(@info), 0);
 
134
 
 
135
# no UrlLinks
 
136
@urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
 
137
is(scalar(@urls), 0);
 
138
 
 
139
# HistoryI
 
140
is($ls[1]->get_webenv, '0-g5Po62X-zBqwiLv9LDfH6dJvaMByxF-B7jUpwxS73UvKdcD2qdti4CNbY@03F16D1B94400731_0005SID');
 
141
is($ls[1]->get_query_key, 2);