← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/bug2473.fasta

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/bug2473.fasta
 
1
# fasta34 -Q -H -E 10 -m 9 -b 1 -d 1 -r 15/-10 -g -12 -n -U ../testfiles/NAC_miRNA.fasta ../databases/cotton/CGI8.fasta
 
2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 
3
 version 3.4t25 Sept 2, 2005
 
4
Please cite:
 
5
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
 
6
 
 
7
Query library ../testfiles/NAC_miRNA.fasta vs ../databases/cotton/CGI8.fasta library
 
8
searching ../databases/cotton/CGI8.fasta library
 
9
 
 
10
  1>>>total:39860_L:12096_-3:12346_0:617_+3:14801 - 22 nt (forward-only)
 
11
 vs  ../databases/cotton/CGI8.fasta library
 
12
 
 
13
43526801 residues in 55673 sequences
 
14
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 23.6457+/-0.000561; mu= -11.6380+/- 0.037
 
15
 mean_var=607.0983+/-151.124, 0's: 0 Z-trim: 2  B-trim: 0 in 0/43
 
16
 Lambda= 0.052053
 
17
 
 
18
FASTA (3.47 Mar 2004) function [optimized, 15/-10 matrix (15:-10)] ktup: 2
 
19
 join: 213, opt: 198, open/ext: -12/-12, width:  16
 
20
 Scan time:  2.700
 
21
The best scores are:                                      opt bits E(55673)     %_id  %_sim   bs  alen  an0  ax0  pn0  px0  an1  ax1 pn1 px1 gapq gapl  fs 
 
22
BE054209 similar to PRF|NP_974632.1|42573071|N ( 510) [f]  286  25.6      19    0.762 0.952  286   21    1   21    1   22  471  491    1  510   0   0   0
 
23
 
 
24
>>>total:39860_L:12096_-3:12346_0:617_+3:14801, 22 nt vs ../databases/cotton/CGI8.fasta library
 
25
 
 
26
>>BE054209 similar to PRF|NP_974632.1|42573071|NP_974632 pfkB-type carbohydrate kinase family pr  (510 nt)
 
27
 initn: 286 init1: 286 opt: 286  Z-score: 111.0  bits: 25.6 E():   19
 
28
banded Smith-Waterman score: 286;  76.190% identity (95.238% similar) in 21 nt overlap (1-21:471-491)
 
29
 
 
30
                                             10        20                    
 
31
total:                               UUGGACAGAGUAAUCACGGUCG                  
 
32
                                     :::::..:::::: .:.::::                   
 
33
BE0542 GAACUNUCUCAGUCAAGUUUAUUAUCUGCAUUGGAUGGAGUAAAUAUGGUCUACUUUGAUGGAAGACAUC
 
34
              450       460       470       480       490       500       510
 
35
 
 
36
 
 
37
 
 
38
22 residues in 1 query   sequences
 
39
43526801 residues in 55673 library sequences
 
40
 Scomplib [34t25]
 
41
 start: Sat Mar 22 16:31:47 2008 done: Sat Mar 22 16:31:49 2008
 
42
 Total Scan time:  2.700 Total Display time:  0.000
 
43
 
 
44
Function used was FASTA [version 3.4t25 Sept 2, 2005]