← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/scripts/cytoscape_usage.rst

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/scripts/cytoscape_usage.rst
1
1
.. index:: cytoscape
2
2
 
3
 
*cytoscape_usage* -- Loading Results with Cytoscape
 
3
*cytoscape_usage* -- Visualizing Results with Cytoscape
4
4
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
5
5
 
6
6
 
7
 
For this visualization, we will use the real edge table (:file:`real_edge_table.txt`) and real node file (:file:`real_node_table`).
8
 
 
9
 
The following are the directions to use once Cytoscape is installed and open:
10
 
 
11
 
        1. File -> Import -> Network from Table
12
 
                a. Select: "real_edge_table.txt" file
13
 
                b. Click: Show Text File Import Options
14
 
                c. Click: Transfer first line as attribute names
15
 
                d. Select: Source Interaction = Column 1
16
 
                e. Select: Target Interaction = Column 2
17
 
                f. Click the headers for all other columns to import them (they will turn blue: note, might need to clicked more than once)
18
 
 
19
 
        * As a result, you should get successful import message.
20
 
 
21
 
        2. File -> Import -> Attribute from Table
22
 
                a. Select: "real_node_table.txt" file
23
 
                b. Click: Show Text File Import Options
24
 
                c. Click: Transfer first line as attribute name
25
 
                d. Click: Import
26
 
 
27
 
        * As a result, you should get successful import message.
28
 
 
29
 
        3. Click: VizMapper
30
 
 
31
 
        * The user can set different properties, e.g. node color, by double-clicking.
32
 
                * Select: as "Discrete Mapper"
33
 
                * Select: Attribute to color by
34
 
 
35
 
        * The user can also explore layouts by using Layout from the menu bar.
36
 
        
37
 
        Note: some layouts will take a very long time to run on large datasets.
38
 
        
 
7
This page has been moved to `Making Cytoscape Networks <../tutorials/making_cytoscape_networks.html>`_
 
8
 
 
9
 
 
10
 
 
11
 
 
12
 
 
13
 
 
14
 
 
15
 
 
16
 
 
17
 
 
18
 
 
19
 
 
20
 
 
21
 
 
22
 
 
23
 
 
24
 
 
25
 
 
26
 
 
27
 
 
28
 
 
29