← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to qiime_test_data/alpha_rarefaction/jobs/ALDIV_l4D_1

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
qiime_test_data/alpha_rarefaction/jobs/ALDIV_l4D_1
 
1
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_46_5.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_5.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
2
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_5.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_46_5.txt   
 
3
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_46_6.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_6.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
4
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_6.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_46_6.txt   
 
5
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_46_7.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_7.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
6
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_7.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_46_7.txt   
 
7
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_46_8.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_8.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
8
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_8.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_46_8.txt   
 
9
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_46_9.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_9.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
10
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_46_9.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_46_9.txt   
 
11
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_0.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_0.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
12
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_0.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_0.txt   
 
13
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_1.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_1.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
14
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_1.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_1.txt   
 
15
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_2.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_2.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
16
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_2.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_2.txt   
 
17
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_3.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_3.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
18
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_3.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_3.txt   
 
19
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_4.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_4.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
20
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_4.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_4.txt   
 
21
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_5.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_5.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
22
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_5.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_5.txt   
 
23
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_6.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_6.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
24
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_6.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_6.txt   
 
25
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_7.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_7.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
26
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_7.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_7.txt   
 
27
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_8.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_8.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
28
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_8.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_8.txt   
 
29
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_55_9.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_9.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
30
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_55_9.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_55_9.txt   
 
31
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_0.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_0.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
32
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_0.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_0.txt   
 
33
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_1.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_1.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
34
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_1.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_1.txt   
 
35
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_2.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_2.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
36
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_2.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_2.txt   
 
37
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_3.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_3.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
38
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_3.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_3.txt   
 
39
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_4.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_4.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
40
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_4.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_4.txt   
 
41
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_5.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_5.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
42
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_5.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_5.txt   
 
43
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_6.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_6.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
44
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_6.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_6.txt   
 
45
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_7.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_7.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
46
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_7.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_7.txt   
 
47
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_8.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_8.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
48
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_8.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_8.txt   
 
49
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_64_9.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_9.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
50
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_64_9.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_64_9.txt   
 
51
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_0.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_0.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
52
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_0.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_0.txt   
 
53
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_1.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_1.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
54
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_1.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_1.txt   
 
55
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_2.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_2.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
56
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_2.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_2.txt   
 
57
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_3.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_3.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
58
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_3.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_3.txt   
 
59
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_4.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_4.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
60
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_4.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_4.txt   
 
61
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_5.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_5.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
62
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_5.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_5.txt   
 
63
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_6.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_6.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
64
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_6.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_6.txt   
 
65
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_7.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_7.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
66
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_7.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_7.txt   
 
67
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_8.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_8.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
68
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_8.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_8.txt   
 
69
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_73_9.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_9.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
70
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_73_9.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_73_9.txt   
 
71
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_0.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_0.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
72
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_0.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_0.txt   
 
73
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_1.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_1.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
74
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_1.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_1.txt   
 
75
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_2.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_2.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
76
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_2.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_2.txt   
 
77
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_3.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_3.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
78
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_3.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_3.txt   
 
79
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_4.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_4.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
80
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_4.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_4.txt   
 
81
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_5.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_5.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
82
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_5.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_5.txt   
 
83
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_6.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_6.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
84
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_6.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_6.txt   
 
85
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_7.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_7.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
86
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_7.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_7.txt   
 
87
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_8.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_8.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
88
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_8.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_8.txt   
 
89
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_82_9.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_9.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
90
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_82_9.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_82_9.txt   
 
91
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_0.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_0.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
92
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_0.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_0.txt   
 
93
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_1.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_1.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
94
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_1.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_1.txt   
 
95
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_2.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_2.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
96
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_2.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_2.txt   
 
97
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_3.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_3.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
98
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_3.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_3.txt   
 
99
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_4.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_4.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
100
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_4.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_4.txt   
 
101
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_5.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_5.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
102
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_5.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_5.txt   
 
103
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_6.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_6.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
104
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_6.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_6.txt   
 
105
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_7.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_7.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
106
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_7.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_7.txt   
 
107
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_8.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_8.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
108
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_8.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_8.txt   
 
109
   python /Users/caporaso/code/Qiime/scripts/alpha_diversity.py -i arare_max100//rarefaction/rarefaction_91_9.txt -o arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_9.txt -t rep_set.tre -m PD_whole_tree,chao1,observed_species 
 
110
 mv arare_max100//alpha_div//ALDIV_l4D_/alpha_rarefaction_91_9.txt arare_max100//alpha_div//alpha_rarefaction_91_9.txt   
 
 
b'\\ No newline at end of file'