← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to qiime_test_data/make_fastq/split_library_log.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
qiime_test_data/make_fastq/split_library_log.txt
 
1
Number raw input seqs   1339
 
2
 
 
3
Length outside bounds of 200 and 1000   0
 
4
Num ambiguous bases exceeds limit of 6  0
 
5
Max homopolymer run exceeds limit of 6  0
 
6
Num mismatches in primer exceeds limit of 0: 1
 
7
 
 
8
Sequence length details for all sequences passing quality filters:
 
9
Raw len min/max/avg     233.0/293.0/265.8
 
10
Wrote len min/max/avg   200.0/260.0/232.8
 
11
 
 
12
Barcodes corrected/not  0/0
 
13
Uncorrected barcodes will not be written to the output fasta file.
 
14
Corrected barcodes will be written with the appropriate barcode category.
 
15
Corrected but unassigned sequences will not be written unless --retain_unassigned_reads is enabled.
 
16
 
 
17
Total valid barcodes that are not in mapping file       0
 
18
Sequences associated with valid barcodes that are not in the mapping file will not be written.
 
19
 
 
20
Barcodes in mapping file
 
21
Num Samples     9
 
22
Sample ct min/max/mean: 146 / 150 / 148.67
 
23
Sample  Sequence Count  Barcode
 
24
PC.634  150     ACAGAGTCGGCT
 
25
PC.356  150     ACAGACCACTCA
 
26
PC.593  149     AGCAGCACTTGT
 
27
PC.354  149     AGCACGAGCCTA
 
28
PC.635  149     ACCGCAGAGTCA
 
29
PC.607  149     AACTGTGCGTAC
 
30
PC.636  148     ACGGTGAGTGTC
 
31
PC.355  148     AACTCGTCGATG
 
32
PC.481  146     ACCAGCGACTAG
 
33
 
 
34
Total number seqs written       1338
 
 
b'\\ No newline at end of file'