← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to qiime_test_data/pick_closed_reference_otus/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/derep.log

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
qiime_test_data/pick_closed_reference_otus/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/derep.log
 
1
usearch --cluster /Users/caporaso/code/Qiime/qiime_test_data/pick_reference_otus_through_otu_table/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/len_sorted.fasta --slots 16769023 --sizeout --uc /Users/caporaso/code/Qiime/qiime_test_data/pick_reference_otus_through_otu_table/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/derep.uc --w 12 --seedsout /Users/caporaso/code/Qiime/qiime_test_data/pick_reference_otus_through_otu_table/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/dereplicated_seqs.fasta --maxrejects 500 --log /Users/caporaso/code/Qiime/qiime_test_data/pick_reference_otus_through_otu_table/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/derep.log --minlen 64 --derep_subseq
 
2
Started Thu Apr  4 08:05:52 2013
 
3
Version 5.2.236
 
4
17Gb RAM
 
5
 
 
6
Hash size 16769023 (16.8M)
 
7
Algorithm:
 
8
  De novo clustering
 
9
  Fast search (U-sorting) enabled
 
10
  Similarity computed from a global alignment
 
11
 
 
12
Word-counting heuristics:
 
13
  Word length for database index 12
 
14
  Step words 8
 
15
  Bump fraction 50%
 
16
 
 
17
U-sorted search termination:
 
18
  Max accepts 1
 
19
  Max rejects 500
 
20
  Word count rejection enabled
 
21
 
 
22
Accept criteria:
 
23
  Min id 100.0%
 
24
 
 
25
Query set:
 
26
  Filename /Users/caporaso/code/Qiime/qiime_test_data/pick_reference_otus_through_otu_table/otus_usearch/usearch_ref_picked_otus/len_sorted.fasta
 
27
  File size 417.6kb
 
28
  Sequence type nucelotide
 
29
 
 
30
Database:
 
31
  Initially empty
 
32
 
 
33
Substitution scores:
 
34
  Match score 1.0
 
35
  Mismatch score -2.0
 
36
 
 
37
Gap penalties:
 
38
     10.00  Open penalty (internal gaps)
 
39
      0.50  Open penalty (end gaps)
 
40
      1.00  Ext. penalty (internal gaps)
 
41
      0.50  Ext. penalty (end gaps)
 
42
 
 
43
Fast alignment heuristics:
 
44
  HSP seed word length 5
 
45
  One-hit HSP seeding
 
46
  Exact word seeds (neighborhoods disabled)
 
47
  Min HSP length 32
 
48
  Band radius 16
 
49
 
 
50
 
 
51
00:00 283Mb Result: 879 clusters, avg size 1.5, avg id. 100.0%
 
52
Search time         0s
 
53
Throughput          0.0 seqs/sec
 
54
Query sequences     1334
 
55
Clusters            879
 
56
Avg cluster size    1.5 seqs
 
57
Avg cluster id      100.0%
 
58
 
 
59
              Id      Allocs       Frees     Pct         Bytes
 
60
----------------  ----------  ----------  ------  ------------
 
61
           seqdb        1761           0   91.8%          21Mb
 
62
           ultra          25           0    5.1%         1.2Mb
 
63
            mx_h         273           0    1.3%       298.1kb
 
64
          windex        6420         586    1.0%       239.2kb
 
65
         myutils           4           0    0.6%       128.0kb
 
66
       hspfinder         398         199    0.2%        45.3kb
 
67
        comppath           1           0    0.0%       4350.0b
 
68
----------------  ----------  ----------  ------  ------------
 
69
           Total        8882         785  100.0%          23Mb
 
70
 
 
71
Finished Thu Apr  4 08:05:52 2013
 
72
Elapsed time 00:00
 
73
Max memory 283Mb