← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to qiime_test_data/alpha_rarefaction/arare_max100/rarefaction/rarefaction_19_5.biom

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
qiime_test_data/alpha_rarefaction/arare_max100/rarefaction/rarefaction_19_5.biom
 
1
{"rows": [{"id": "0", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Bacilli", "o__Bacillales", "f__Staphylococcaceae"]}}, {"id": "8", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "14", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "23", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "38", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Tenericutes", "c__Erysipelotrichi", "o__Erysipelotrichales", "f__Erysipelotrichaceae"]}}, {"id": "45", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "54", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "56", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "58", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "59", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "71", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__"]}}, {"id": "75", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "76", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Tenericutes", "c__Erysipelotrichi", "o__Erysipelotrichales", "f__Erysipelotrichaceae"]}}, {"id": "77", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "78", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Tenericutes", "c__Erysipelotrichi", "o__Erysipelotrichales", "f__Erysipelotrichaceae"]}}, {"id": "80", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "82", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Bacteroidaceae"]}}, {"id": "90", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "92", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "93", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "94", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "99", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Porphyromonadaceae"]}}, {"id": "100", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "101", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "108", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Rikenellaceae"]}}, {"id": "116", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "124", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "129", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "137", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Bacteroidaceae"]}}, {"id": "141", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "146", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "148", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "158", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Rikenellaceae"]}}, {"id": "161", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "162", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "163", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "165", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Bacilli", "o__Lactobacillales", "f__Lactobacillaceae"]}}, {"id": "166", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "169", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "172", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "175", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "177", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Clostridiaceae"]}}, {"id": "179", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "181", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "188", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "195", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "201", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Porphyromonadaceae"]}}, {"id": "202", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "203", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "204", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "208", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "211", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Bacteroidaceae"]}}, {"id": "214", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes"]}}, {"id": "217", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "218", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria"]}}, {"id": "219", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "229", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "232", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Tenericutes", "c__Erysipelotrichi", "o__Erysipelotrichales", "f__Erysipelotrichaceae"]}}, {"id": "246", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "248", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria"]}}, {"id": "253", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "256", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "257", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "271", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__"]}}, {"id": "273", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "278", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "279", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "283", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Porphyromonadaceae"]}}, {"id": "287", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "290", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "299", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "304", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Proteobacteria", "c__Epsilonproteobacteria", "o__Campylobacterales", "f__Helicobacteraceae"]}}, {"id": "306", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "310", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "313", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "314", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "315", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "323", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria"]}}, {"id": "331", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria"]}}, {"id": "337", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "339", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "347", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Ruminococcaceae"]}}, {"id": "350", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "355", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Bacilli", "o__Lactobacillales", "f__Lactobacillaceae"]}}, {"id": "357", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis"]}}, {"id": "370", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Rikenellaceae"]}}, {"id": "374", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "378", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Rikenellaceae"]}}, {"id": "379", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Bacteroidaceae"]}}, {"id": "383", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "392", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "395", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "396", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "397", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "399", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__Porphyromonadaceae"]}}, {"id": "400", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "406", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}, {"id": "414", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Bacteroidetes", "c__Bacteroidia", "o__Bacteroidales", "f__"]}}, {"id": "415", "metadata": {"taxonomy": ["Root", "k__Bacteria", "p__Firmicutes", "c__Clostridia", "o__Clostridiales", "f__Lachnospiraceae"]}}], "format": "Biological Observation Matrix 0.9.1-dev", "data": [[0, 0, 1.0], [1, 1, 1.0], [2, 1, 1.0], [3, 7, 1.0], [4, 7, 1.0], [5, 4, 1.0], [5, 5, 2.0], [6, 0, 4.0], [6, 1, 1.0], [6, 8, 2.0], [7, 0, 1.0], [7, 1, 1.0], [7, 7, 1.0], [8, 0, 1.0], [9, 2, 2.0], [9, 5, 2.0], [10, 6, 1.0], [11, 7, 1.0], [12, 4, 1.0], [13, 0, 1.0], [14, 1, 1.0], [15, 2, 1.0], [16, 0, 3.0], [16, 1, 1.0], [16, 8, 1.0], [17, 0, 1.0], [17, 2, 1.0], [18, 2, 1.0], [19, 2, 1.0], [19, 4, 1.0], [19, 6, 1.0], [20, 2, 1.0], [21, 3, 1.0], [21, 8, 1.0], [22, 3, 1.0], [23, 7, 1.0], [24, 8, 1.0], [25, 3, 1.0], [26, 0, 1.0], [27, 2, 1.0], [28, 8, 1.0], [29, 3, 1.0], [30, 1, 1.0], [30, 3, 2.0], [31, 1, 1.0], [31, 6, 2.0], [32, 1, 1.0], [33, 6, 1.0], [34, 6, 1.0], [35, 0, 1.0], [36, 2, 1.0], [36, 4, 2.0], [37, 5, 1.0], [38, 2, 3.0], [38, 6, 1.0], [39, 1, 1.0], [40, 8, 1.0], [41, 4, 1.0], [42, 7, 1.0], [43, 5, 1.0], [44, 7, 1.0], [45, 2, 1.0], [46, 1, 1.0], [47, 7, 1.0], [48, 4, 6.0], [49, 7, 1.0], [50, 0, 1.0], [51, 8, 2.0], [52, 4, 1.0], [52, 7, 1.0], [53, 5, 1.0], [54, 7, 1.0], [55, 1, 1.0], [56, 4, 2.0], [57, 3, 2.0], [57, 5, 1.0], [57, 7, 1.0], [58, 1, 1.0], [59, 7, 1.0], [60, 5, 1.0], [61, 3, 1.0], [62, 3, 1.0], [62, 7, 1.0], [63, 2, 1.0], [63, 6, 1.0], [64, 3, 1.0], [65, 7, 2.0], [66, 3, 1.0], [67, 8, 2.0], [68, 3, 1.0], [69, 3, 1.0], [70, 6, 1.0], [71, 5, 1.0], [72, 2, 1.0], [72, 4, 1.0], [73, 3, 1.0], [74, 1, 1.0], [75, 2, 1.0], [75, 4, 3.0], [75, 6, 2.0], [76, 8, 1.0], [77, 2, 1.0], [78, 6, 1.0], [79, 1, 1.0], [80, 5, 1.0], [81, 0, 1.0], [81, 5, 1.0], [82, 3, 1.0], [83, 5, 1.0], [84, 7, 1.0], [85, 3, 2.0], [85, 6, 1.0], [86, 1, 1.0], [87, 1, 1.0], [87, 7, 1.0], [87, 8, 1.0], [88, 0, 2.0], [88, 1, 1.0], [88, 6, 2.0], [88, 8, 3.0], [89, 7, 1.0], [90, 2, 1.0], [90, 5, 1.0], [90, 6, 2.0], [91, 3, 1.0], [92, 2, 1.0], [93, 5, 3.0], [93, 6, 1.0], [94, 8, 1.0], [95, 5, 2.0], [95, 8, 1.0], [96, 0, 1.0], [97, 1, 1.0], [97, 8, 1.0], [98, 6, 1.0]], "columns": [{"id": "PC.636", "metadata": null}, {"id": "PC.635", "metadata": null}, {"id": "PC.356", "metadata": null}, {"id": "PC.481", "metadata": null}, {"id": "PC.354", "metadata": null}, {"id": "PC.593", "metadata": null}, {"id": "PC.355", "metadata": null}, {"id": "PC.607", "metadata": null}, {"id": "PC.634", "metadata": null}], "generated_by": "QIIME 1.4.0-dev, svn revision 2809", "matrix_type": "sparse", "shape": [99, 9], "format_url": "http://biom-format.org", "date": "2012-03-14T11:38:47.769653", "type": "OTU table", "id": null, "matrix_element_type": "float"}
 
 
b'\\ No newline at end of file'