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Viewing changes to tests/test_pick_subsampled_reference_otus_through_otu_table.py

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
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Lines of Context:
tests/test_pick_subsampled_reference_otus_through_otu_table.py
1
 
#!/usr/bin/env python
2
 
# File created on 02 Nov 2011
3
 
from __future__ import division
4
 
 
5
 
__author__ = "Greg Caporaso"
6
 
__copyright__ = "Copyright 2011, The QIIME project"
7
 
__credits__ = ["Greg Caporaso"]
8
 
__license__ = "GPL"
9
 
__version__ = "1.5.0"
10
 
__maintainer__ = "Greg Caporaso"
11
 
__email__ = "gregcaporaso@gmail.com"
12
 
__status__ = "Release"
13
 
 
14
 
import signal
15
 
from os import makedirs, system, chdir, getcwd
16
 
from os.path import exists
17
 
from shutil import rmtree
18
 
from numpy import array
19
 
from cogent import LoadTree, LoadSeqs
20
 
from cogent.util.unit_test import TestCase, main
21
 
from cogent.app.util import get_tmp_filename
22
 
from cogent.util.misc import remove_files
23
 
from qiime.util import load_qiime_config, count_seqs
24
 
from qiime.workflow import (call_commands_serially,no_status_updates)
25
 
from qiime.parse import (parse_qiime_parameters,
26
 
                         fields_to_dict)
27
 
from qiime.pick_subsampled_reference_otus_through_otu_table import (
28
 
                                pick_subsampled_open_referenence_otus,
29
 
                                iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus,
30
 
                                final_repset_from_iteration_repsets)
31
 
from biom.parse import parse_biom_table
32
 
 
33
 
## The test case timing code included in this file is adapted from
34
 
## recipes provided at:
35
 
##  http://code.activestate.com/recipes/534115-function-timeout/
36
 
##  http://stackoverflow.com/questions/492519/timeout-on-a-python-function-call
37
 
class TimeExceededError(Exception):
38
 
    pass
39
 
 
40
 
 
41
 
allowed_seconds_per_test = 500
42
 
 
43
 
def timeout(signum, frame):
44
 
    raise TimeExceededError,\
45
 
     "Test failed to run in allowed time (%d seconds)."\
46
 
      % allowed_seconds_per_test
47
 
 
48
 
 
49
 
class PickSubsampledReferenceOtusThroughOtuTableTests(TestCase):
50
 
    """ """
51
 
    
52
 
    def setUp(self):
53
 
        """
54
 
        """
55
 
        self.start_dir = getcwd()
56
 
        self.qiime_config = load_qiime_config()
57
 
        self.dirs_to_remove = []
58
 
        self.files_to_remove = []
59
 
        
60
 
        self.tmp_dir = self.qiime_config['temp_dir'] or '/tmp/'
61
 
        if not exists(self.tmp_dir):
62
 
            makedirs(self.tmp_dir)
63
 
            # if test creates the temp dir, also remove it
64
 
            self.dirs_to_remove.append(self.tmp_dir)
65
 
        
66
 
        self.wf_out = get_tmp_filename(tmp_dir=self.tmp_dir,
67
 
         prefix='qiime_wf_out',suffix='',result_constructor=str)
68
 
        self.dirs_to_remove.append(self.wf_out)
69
 
        
70
 
        self.fasting_seqs_fp1 = get_tmp_filename(tmp_dir=self.tmp_dir,
71
 
            prefix='qiime_wf_seqs',suffix='.fasta')
72
 
        fasting_seqs_f = open(self.fasting_seqs_fp1,'w')
73
 
        fasting_seqs_f.write(fasting_seqs_subset)
74
 
        fasting_seqs_f.close()
75
 
        self.files_to_remove.append(self.fasting_seqs_fp1)
76
 
        
77
 
        self.pick_ref_otus_refseqs2 = get_tmp_filename(
78
 
            tmp_dir=self.tmp_dir,prefix='ref_otus_wf',suffix='.fna')
79
 
        f = open(self.pick_ref_otus_refseqs2,'w')
80
 
        f.write(pick_ref_otus_refseqs2)
81
 
        f.close()
82
 
        self.files_to_remove.append(self.pick_ref_otus_refseqs2)
83
 
        
84
 
        self.fasting_seqs_fp2 = get_tmp_filename(tmp_dir=self.tmp_dir,
85
 
            prefix='qiime_wf_seqs',suffix='.fasta')
86
 
        fasting_seqs_f = open(self.fasting_seqs_fp2,'w')
87
 
        fasting_seqs_f.write(subsample_otus_seqs)
88
 
        fasting_seqs_f.close()
89
 
        self.files_to_remove.append(self.fasting_seqs_fp2)
90
 
        
91
 
        signal.signal(signal.SIGALRM, timeout)
92
 
        # set the 'alarm' to go off in allowed_seconds seconds
93
 
        signal.alarm(allowed_seconds_per_test)
94
 
    
95
 
    def tearDown(self):
96
 
        """ """
97
 
        # turn off the alarm
98
 
        signal.alarm(0)
99
 
        # change back to the start dir - some workflows change directory
100
 
        chdir(self.start_dir)
101
 
        remove_files(self.files_to_remove)
102
 
        # remove directories last, so we don't get errors
103
 
        # trying to remove files which may be in the directories
104
 
        for d in self.dirs_to_remove:
105
 
            if exists(d):
106
 
                rmtree(d)
107
 
    
108
 
    def test_final_repset_from_iteration_repsets(self):
109
 
        """ final_repset_from_iteration_repsets functions as expected """
110
 
        repset1 = """>o1
111
 
ACCGT
112
 
>o2
113
 
AGG
114
 
>o3
115
 
ACCGTT""".split('\n')
116
 
 
117
 
        repset2 = """>o4
118
 
TACCGT
119
 
>o5
120
 
TAGG
121
 
>o6
122
 
TACCGTT""".split('\n')
123
 
 
124
 
        repset3 = """>o4
125
 
CAT
126
 
>o7
127
 
AAAA
128
 
>o1
129
 
A""".split('\n')
130
 
        
131
 
        exp = [("o1","ACCGT"), ("o2","AGG"), ("o3","ACCGTT"),
132
 
                ("o4","TACCGT"), ("o5","TAGG"), ("o6","TACCGTT")]
133
 
        actual = list(final_repset_from_iteration_repsets([repset1,repset2]))
134
 
        self.assertEqual(actual,exp)
135
 
 
136
 
        exp = [("o1","ACCGT"), ("o2","AGG"), ("o3","ACCGTT"),
137
 
                ("o4","TACCGT"), ("o5","TAGG"), ("o6","TACCGTT"),('o7','AAAA')]
138
 
        actual = list(final_repset_from_iteration_repsets([repset1,repset2,repset3]))
139
 
        self.assertEqual(actual,exp)
140
 
    
141
 
 
142
 
    def test_iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus_no_prefilter(self):
143
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected without prefilter
144
 
        """
145
 
        iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus(
146
 
          input_fps=[self.fasting_seqs_fp1,self.fasting_seqs_fp2],
147
 
          refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
148
 
          output_dir=self.wf_out,
149
 
          percent_subsample=0.5,
150
 
          new_ref_set_id='wf.test.otu',
151
 
          command_handler=call_commands_serially,
152
 
          params=parse_qiime_parameters([]),
153
 
          qiime_config=self.qiime_config,
154
 
          prefilter_percent_id=None,
155
 
          step1_otu_map_fp=None,
156
 
          step1_failures_fasta_fp=None,
157
 
          parallel=False,
158
 
          suppress_step4=False,
159
 
          logger=None,
160
 
          status_update_callback=no_status_updates)
161
 
        
162
 
        for i in (0,1):
163
 
            final_otu_map_fp = '%s/%d/final_otu_map.txt' % (self.wf_out,i)
164
 
            final_failure_fp = '%s/%d/final_failures.txt' % (self.wf_out,i)
165
 
            self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
166
 
            # No final failures file should be created
167
 
            self.assertFalse(exists(final_failure_fp),\
168
 
                         "Final failures file shouldn't exist, but it does")
169
 
            
170
 
            otu_table_fp = '%s/%d/otu_table_mc2.biom' % (self.wf_out,i)
171
 
            self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
172
 
            
173
 
            repset_fp = '%s/%d/rep_set.fna' % (self.wf_out,i)
174
 
            self.assertTrue(exists(repset_fp),"Rep set doesn't exist.")
175
 
            
176
 
            new_refseqs_fp = '%s/%d/new_refseqs.fna' % (self.wf_out,i)
177
 
            self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist.")
178
 
            
179
 
        
180
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
181
 
        # otus in the final otu map
182
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
183
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
184
 
        self.assertEqual(set(otu_table.SampleIds),
185
 
                         set(['PC.355','PC.481','PC.636','PC.354','PC.635',
186
 
                              'PC.593','PC.607','PC.356','PC.634','sample1']))
187
 
        self.assertTrue('r102' in otu_table.ObservationIds,\
188
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU table.")
189
 
        # at least one reference and one cleanup otu from the first iteration are in the 
190
 
        # otu table - this may very rarely fail by chance
191
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.0.Reference')\
192
 
          for o in otu_table.ObservationIds]).any())
193
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.0.CleanUp.Reference')\
194
 
          for o in otu_table.ObservationIds]).any())
195
 
        
196
 
        # At least one otu from the second iteration exists
197
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.1.Reference')\
198
 
                               for o in otu_table.ObservationIds]).any()
199
 
                        or 
200
 
                        array([o.startswith('wf.test.otu.1.CleanUp.Reference')\
201
 
                               for o in otu_table.ObservationIds]).any())
202
 
        
203
 
        # No singletons in the final OTU table
204
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
205
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
206
 
        
207
 
        # number of otus in otu table equals sum of seqs in rep_set.fna
208
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),
209
 
                         count_seqs('%s/rep_set.fna' % self.wf_out)[0])
210
 
        
211
 
        # confirm that tax/align/tree files exist
212
 
        tree_fp = '%s/rep_set.tre' % self.wf_out
213
 
        aln_fp = '%s/pynast_aligned_seqs/rep_set_aligned.fasta' % self.wf_out
214
 
        self.assertTrue(exists(tree_fp))
215
 
        self.assertTrue(exists(aln_fp))
216
 
        num_tree_tips = len(LoadTree(tree_fp).tips())
217
 
        num_align_seqs = LoadSeqs(aln_fp).getNumSeqs()
218
 
        self.assertEqual(num_tree_tips,num_align_seqs)
219
 
        self.assertTrue(num_tree_tips > 30)
220
 
        # OTU table minus pynast failures has same number of otus as aligned
221
 
        # sequences
222
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom' % self.wf_out
223
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp))
224
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
225
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),num_align_seqs)
226
 
 
227
 
    def test_iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus(self):
228
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected with prefilter
229
 
        """
230
 
        iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus(
231
 
          input_fps=[self.fasting_seqs_fp1,self.fasting_seqs_fp2],
232
 
          refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
233
 
          output_dir=self.wf_out,
234
 
          percent_subsample=0.5,
235
 
          new_ref_set_id='wf.test.otu',
236
 
          command_handler=call_commands_serially,
237
 
          params=parse_qiime_parameters([]),
238
 
          qiime_config=self.qiime_config,
239
 
          prefilter_percent_id=0.80,
240
 
          step1_otu_map_fp=None,
241
 
          step1_failures_fasta_fp=None,
242
 
          parallel=False,
243
 
          suppress_step4=False,
244
 
          logger=None,
245
 
          status_update_callback=no_status_updates)
246
 
        
247
 
        for i in (0,1):
248
 
            final_otu_map_fp = '%s/%d/final_otu_map.txt' % (self.wf_out,i)
249
 
            final_failure_fp = '%s/%d/final_failures.txt' % (self.wf_out,i)
250
 
            self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
251
 
            # No final failures file should be created
252
 
            self.assertFalse(exists(final_failure_fp),\
253
 
                         "Final failures file shouldn't exist, but it does")
254
 
            
255
 
            otu_table_fp = '%s/%d/otu_table_mc2.biom' % (self.wf_out,i)
256
 
            self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
257
 
            
258
 
            repset_fp = '%s/%d/rep_set.fna' % (self.wf_out,i)
259
 
            self.assertTrue(exists(repset_fp),"Rep set doesn't exist.")
260
 
            
261
 
            new_refseqs_fp = '%s/%d/new_refseqs.fna' % (self.wf_out,i)
262
 
            self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist.")
263
 
            
264
 
        
265
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
266
 
        # otus in the final otu map
267
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
268
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
269
 
        self.assertEqual(set(otu_table.SampleIds),
270
 
                         set(['PC.355','PC.481','PC.636','PC.354','PC.635',
271
 
                              'PC.593','PC.607','PC.356','PC.634']))
272
 
        self.assertTrue('r102' in otu_table.ObservationIds,\
273
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU table.")
274
 
        # at least one reference and one cleanup otu from the first iteration are in the 
275
 
        # otu table - this may very rarely fail by chance
276
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.0.Reference')\
277
 
          for o in otu_table.ObservationIds]).any())
278
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.0.CleanUp.Reference')\
279
 
          for o in otu_table.ObservationIds]).any())
280
 
        
281
 
        # One archael sequence from second iteration formed a new OTU
282
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.1.Reference')\
283
 
                               for o in otu_table.ObservationIds]).any()
284
 
                        ^ #xor 
285
 
                        array([o.startswith('wf.test.otu.1.CleanUp.Reference')\
286
 
                               for o in otu_table.ObservationIds]).any())
287
 
        
288
 
        # No singletons in the final OTU table
289
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
290
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
291
 
        
292
 
        # number of otus in otu table equals sum of seqs in rep_set.fna
293
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),
294
 
                         count_seqs('%s/rep_set.fna' % self.wf_out)[0])
295
 
        
296
 
        # confirm that tax/align/tree files exist
297
 
        tree_fp = '%s/rep_set.tre' % self.wf_out
298
 
        aln_fp = '%s/pynast_aligned_seqs/rep_set_aligned.fasta' % self.wf_out
299
 
        self.assertTrue(exists(tree_fp))
300
 
        self.assertTrue(exists(aln_fp))
301
 
        num_tree_tips = len(LoadTree(tree_fp).tips())
302
 
        num_align_seqs = LoadSeqs(aln_fp).getNumSeqs()
303
 
        self.assertEqual(num_tree_tips,num_align_seqs)
304
 
        self.assertTrue(num_tree_tips > 30)
305
 
        # OTU table minus pynast failures has same number of otus as aligned
306
 
        # sequences
307
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom' % self.wf_out
308
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp))
309
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
310
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),num_align_seqs)
311
 
 
312
 
 
313
 
    def test_iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus_parallel(self):
314
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected in parallel
315
 
        """
316
 
        iterative_pick_subsampled_open_referenence_otus(
317
 
          input_fps=[self.fasting_seqs_fp1,self.fasting_seqs_fp2],
318
 
          refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
319
 
          output_dir=self.wf_out,
320
 
          percent_subsample=0.5,
321
 
          new_ref_set_id='wf.test.otu',
322
 
          command_handler=call_commands_serially,
323
 
          params=parse_qiime_parameters([]),
324
 
          qiime_config=self.qiime_config,
325
 
          step1_otu_map_fp=None,
326
 
          step1_failures_fasta_fp=None,
327
 
          parallel=True,
328
 
          suppress_step4=False,
329
 
          logger=None,
330
 
          status_update_callback=no_status_updates)
331
 
        
332
 
        for i in (0,1):
333
 
            final_otu_map_fp = '%s/%d/final_otu_map.txt' % (self.wf_out,i)
334
 
            final_failure_fp = '%s/%d/final_failures.txt' % (self.wf_out,i)
335
 
            self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
336
 
            # No final failures file should be created
337
 
            self.assertFalse(exists(final_failure_fp),\
338
 
                         "Final failures file shouldn't exist, but it does")
339
 
            
340
 
            otu_table_fp = '%s/%d/otu_table_mc2.biom' % (self.wf_out,i)
341
 
            self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
342
 
            
343
 
            repset_fp = '%s/%d/rep_set.fna' % (self.wf_out,i)
344
 
            self.assertTrue(exists(repset_fp),"Rep set doesn't exist.")
345
 
            
346
 
            new_refseqs_fp = '%s/%d/new_refseqs.fna' % (self.wf_out,i)
347
 
            self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist.")
348
 
            
349
 
        
350
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
351
 
        # otus in the final otu map
352
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
353
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
354
 
        self.assertEqual(set(otu_table.SampleIds),
355
 
                         set(['PC.355','PC.481','PC.636','PC.354','PC.635',
356
 
                              'PC.593','PC.607','PC.356','PC.634']))
357
 
        self.assertTrue('r102' in otu_table.ObservationIds,\
358
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU table.")
359
 
        # at least one reference and one cleanup otu from the first iteration are in the 
360
 
        # otu table - this may very rarely fail by chance
361
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.0.Reference')\
362
 
          for o in otu_table.ObservationIds]).any())
363
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.0.CleanUp.Reference')\
364
 
          for o in otu_table.ObservationIds]).any())
365
 
        
366
 
        # At least one otu from the second iteration exists
367
 
        self.assertTrue(array([o.startswith('wf.test.otu.1.Reference')\
368
 
                               for o in otu_table.ObservationIds]).any()
369
 
                        or 
370
 
                        array([o.startswith('wf.test.otu.1.CleanUp.Reference')\
371
 
                               for o in otu_table.ObservationIds]).any())
372
 
        
373
 
        # No singletons in the final OTU table
374
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
375
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
376
 
        
377
 
        # number of otus in otu table equals sum of seqs in rep_set.fna
378
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),
379
 
                         count_seqs('%s/rep_set.fna' % self.wf_out)[0])
380
 
        
381
 
        # confirm that tax/align/tree files exist
382
 
        tree_fp = '%s/rep_set.tre' % self.wf_out
383
 
        aln_fp = '%s/pynast_aligned_seqs/rep_set_aligned.fasta' % self.wf_out
384
 
        self.assertTrue(exists(tree_fp))
385
 
        self.assertTrue(exists(aln_fp))
386
 
        num_tree_tips = len(LoadTree(tree_fp).tips())
387
 
        num_align_seqs = LoadSeqs(aln_fp).getNumSeqs()
388
 
        self.assertEqual(num_tree_tips,num_align_seqs)
389
 
        self.assertTrue(num_tree_tips > 30)
390
 
        # OTU table minus pynast failures has same number of otus as aligned
391
 
        # sequences
392
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom' % self.wf_out
393
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp))
394
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
395
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),num_align_seqs)
396
 
        
397
 
    def test_pick_subsampled_open_referenence_otus(self):
398
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected
399
 
        """
400
 
        pick_subsampled_open_referenence_otus(input_fp=self.fasting_seqs_fp1, 
401
 
                                  refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
402
 
                                  output_dir=self.wf_out,
403
 
                                  percent_subsample=0.5,
404
 
                                  new_ref_set_id='wf.test.otu',
405
 
                                  command_handler=call_commands_serially,
406
 
                                  params=parse_qiime_parameters([]),
407
 
                                  qiime_config=self.qiime_config,
408
 
                                  step1_otu_map_fp=None,
409
 
                                  step1_failures_fasta_fp=None,
410
 
                                  parallel=False,
411
 
                                  suppress_step4=False,
412
 
                                  logger=None,
413
 
                                  status_update_callback=no_status_updates)
414
 
        final_otu_map_fp = '%s/final_otu_map.txt' % self.wf_out
415
 
        final_failure_fp = '%s/final_failures.txt' % self.wf_out
416
 
        final_repset_fp = '%s/rep_set.fna' % self.wf_out
417
 
        new_refseqs_fp = '%s/new_refseqs.fna' % self.wf_out
418
 
        
419
 
        self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
420
 
        self.assertFalse(exists(final_failure_fp),\
421
 
                         "Final failures file shouldn't exist, but it does")
422
 
        self.assertTrue(exists(final_repset_fp),"Final representative set doesn't exist")
423
 
        self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist")
424
 
        
425
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
426
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
427
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
428
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
429
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
430
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),count_seqs(final_repset_fp)[0])
431
 
        
432
 
        # confirm that the new reference sequences is the same length as the
433
 
        # input reference sequences plus the number of new non-singleton otus
434
 
        self.assertEqual(count_seqs(new_refseqs_fp)[0],
435
 
                         count_seqs(self.pick_ref_otus_refseqs2)[0]+
436
 
                         len([o for o in otu_table.ObservationIds 
437
 
                              if not o.startswith('r')]))
438
 
        
439
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
440
 
        # otus in the final otu map. This is done on the OTU map singletons get filtered
441
 
        # before building the otu table
442
 
        final_otu_map = fields_to_dict(open(final_otu_map_fp))
443
 
        self.assertTrue('r102' in final_otu_map,\
444
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU map.")
445
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.ReferenceOTU5' in final_otu_map,\
446
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.ReferenceOTU5) is not in the final OTU map.")
447
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1' in final_otu_map,\
448
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1) is not in the final OTU map.")
449
 
 
450
 
        # confirm that tax/align/tree files exist
451
 
        tree_fp = '%s/rep_set.tre' % self.wf_out
452
 
        aln_fp = '%s/pynast_aligned_seqs/rep_set_aligned.fasta' % self.wf_out
453
 
        self.assertTrue(exists(tree_fp))
454
 
        self.assertTrue(exists(aln_fp))
455
 
        num_tree_tips = len(LoadTree(tree_fp).tips())
456
 
        num_align_seqs = LoadSeqs(aln_fp).getNumSeqs()
457
 
        self.assertEqual(num_tree_tips,num_align_seqs)
458
 
        self.assertTrue(num_tree_tips > 30)
459
 
        # OTU table minus pynast failures has same number of otus as aligned
460
 
        # sequences
461
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom' % self.wf_out
462
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp))
463
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
464
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),num_align_seqs)
465
 
 
466
 
    def test_pick_subsampled_open_referenence_otus_no_prefilter(self):
467
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected without prefilter
468
 
        """
469
 
        pick_subsampled_open_referenence_otus(input_fp=self.fasting_seqs_fp1, 
470
 
                                  refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
471
 
                                  output_dir=self.wf_out,
472
 
                                  percent_subsample=0.5,
473
 
                                  new_ref_set_id='wf.test.otu',
474
 
                                  command_handler=call_commands_serially,
475
 
                                  params=parse_qiime_parameters([]),
476
 
                                  qiime_config=self.qiime_config,
477
 
                                  prefilter_percent_id=None,
478
 
                                  step1_otu_map_fp=None,
479
 
                                  step1_failures_fasta_fp=None,
480
 
                                  parallel=False,
481
 
                                  suppress_step4=False,
482
 
                                  logger=None,
483
 
                                  status_update_callback=no_status_updates)
484
 
        final_otu_map_fp = '%s/final_otu_map.txt' % self.wf_out
485
 
        final_failure_fp = '%s/final_failures.txt' % self.wf_out
486
 
        final_repset_fp = '%s/rep_set.fna' % self.wf_out
487
 
        new_refseqs_fp = '%s/new_refseqs.fna' % self.wf_out
488
 
        
489
 
        self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
490
 
        self.assertFalse(exists(final_failure_fp),\
491
 
                         "Final failures file shouldn't exist, but it does")
492
 
        self.assertTrue(exists(final_repset_fp),"Final representative set doesn't exist")
493
 
        self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist")
494
 
        
495
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
496
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
497
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
498
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
499
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
500
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),count_seqs(final_repset_fp)[0])
501
 
        
502
 
        # confirm that the new reference sequences is the same length as the
503
 
        # input reference sequences plus the number of new non-singleton otus
504
 
        self.assertEqual(count_seqs(new_refseqs_fp)[0],
505
 
                         count_seqs(self.pick_ref_otus_refseqs2)[0]+
506
 
                         len([o for o in otu_table.ObservationIds 
507
 
                              if not o.startswith('r')]))
508
 
        
509
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
510
 
        # otus in the final otu map. This is done on the OTU map singletons get filtered
511
 
        # before building the otu table
512
 
        final_otu_map = fields_to_dict(open(final_otu_map_fp))
513
 
        self.assertTrue('r102' in final_otu_map,\
514
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU map.")
515
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.ReferenceOTU5' in final_otu_map,\
516
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.ReferenceOTU5) is not in the final OTU map.")
517
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1' in final_otu_map,\
518
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1) is not in the final OTU map.")
519
 
 
520
 
 
521
 
    def test_pick_subsampled_open_referenence_otus_parallel(self):
522
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected
523
 
        """
524
 
        pick_subsampled_open_referenence_otus(input_fp=self.fasting_seqs_fp1, 
525
 
                                  refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
526
 
                                  output_dir=self.wf_out,
527
 
                                  percent_subsample=0.5,
528
 
                                  new_ref_set_id='wf.test.otu',
529
 
                                  command_handler=call_commands_serially,
530
 
                                  params=parse_qiime_parameters([]),
531
 
                                  qiime_config=self.qiime_config,
532
 
                                  step1_otu_map_fp=None,
533
 
                                  step1_failures_fasta_fp=None,
534
 
                                  parallel=True,
535
 
                                  suppress_step4=False,
536
 
                                  logger=None,
537
 
                                  status_update_callback=no_status_updates)
538
 
        final_otu_map_fp = '%s/final_otu_map.txt' % self.wf_out
539
 
        final_failure_fp = '%s/final_failures.txt' % self.wf_out
540
 
        final_repset_fp = '%s/rep_set.fna' % self.wf_out
541
 
        new_refseqs_fp = '%s/new_refseqs.fna' % self.wf_out
542
 
        
543
 
        self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
544
 
        self.assertFalse(exists(final_failure_fp),\
545
 
                         "Final failures file shouldn't exist, but it does")
546
 
        self.assertTrue(exists(final_repset_fp),"Final representative set doesn't exist")
547
 
        self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist")
548
 
        
549
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
550
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
551
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
552
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
553
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
554
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),count_seqs(final_repset_fp)[0])
555
 
        
556
 
        # confirm that the new reference sequences is the same length as the
557
 
        # input reference sequences plus the number of new non-singleton otus
558
 
        self.assertEqual(count_seqs(new_refseqs_fp)[0],
559
 
                         count_seqs(self.pick_ref_otus_refseqs2)[0]+
560
 
                         len([o for o in otu_table.ObservationIds if not o.startswith('r')]))
561
 
        
562
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
563
 
        # otus in the final otu map. This is done on the OTU map singletons get filtered
564
 
        # before building the otu table
565
 
        final_otu_map = fields_to_dict(open(final_otu_map_fp))
566
 
        self.assertTrue('r102' in final_otu_map,\
567
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU map.")
568
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.ReferenceOTU5' in final_otu_map,\
569
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.ReferenceOTU5) is not in the final OTU map.")
570
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1' in final_otu_map,\
571
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1) is not in the final OTU map.")
572
 
 
573
 
        # confirm that tax/align/tree files exist
574
 
        tree_fp = '%s/rep_set.tre' % self.wf_out
575
 
        aln_fp = '%s/pynast_aligned_seqs/rep_set_aligned.fasta' % self.wf_out
576
 
        self.assertTrue(exists(tree_fp))
577
 
        self.assertTrue(exists(aln_fp))
578
 
        num_tree_tips = len(LoadTree(tree_fp).tips())
579
 
        num_align_seqs = LoadSeqs(aln_fp).getNumSeqs()
580
 
        self.assertEqual(num_tree_tips,num_align_seqs)
581
 
        self.assertTrue(num_tree_tips > 30)
582
 
        # OTU table minus pynast failures has same number of otus as aligned
583
 
        # sequences
584
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom' % self.wf_out
585
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp))
586
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
587
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),num_align_seqs)
588
 
 
589
 
 
590
 
    def test_pick_subsampled_open_referenence_otus_suppress_step4(self):
591
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected wo step 4
592
 
        """
593
 
        pick_subsampled_open_referenence_otus(input_fp=self.fasting_seqs_fp1, 
594
 
                                  refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
595
 
                                  output_dir=self.wf_out,
596
 
                                  percent_subsample=0.5,
597
 
                                  new_ref_set_id='wf.test.otu',
598
 
                                  command_handler=call_commands_serially,
599
 
                                  params=parse_qiime_parameters([]),
600
 
                                  qiime_config=self.qiime_config,
601
 
                                  step1_otu_map_fp=None,
602
 
                                  step1_failures_fasta_fp=None,
603
 
                                  parallel=False,
604
 
                                  suppress_step4=True,
605
 
                                  logger=None,
606
 
                                  status_update_callback=no_status_updates)
607
 
        final_otu_map_fp = '%s/final_otu_map.txt' % self.wf_out
608
 
        final_failure_fp = '%s/final_failures.txt' % self.wf_out
609
 
        final_repset_fp = '%s/rep_set.fna' % self.wf_out
610
 
        new_refseqs_fp = '%s/new_refseqs.fna' % self.wf_out
611
 
        
612
 
        self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
613
 
        self.assertTrue(exists(final_failure_fp),"Final failures file doesn't exist")
614
 
        self.assertTrue(exists(final_repset_fp),"Final representative set doesn't exist")
615
 
        self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist")
616
 
        
617
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
618
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
619
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
620
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
621
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
622
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),count_seqs(final_repset_fp)[0])
623
 
        
624
 
        # confirm that the new reference sequences is the same length as the
625
 
        # input reference sequences plus the number of new non-singleton otus
626
 
        self.assertEqual(count_seqs(new_refseqs_fp)[0],
627
 
                         count_seqs(self.pick_ref_otus_refseqs2)[0]+
628
 
                         len([o for o in otu_table.ObservationIds if not o.startswith('r')]))
629
 
        
630
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
631
 
        # otus in the final otu map. This is done on the OTU map singletons get filtered
632
 
        # before building the otu table
633
 
        final_otu_map = fields_to_dict(open(final_otu_map_fp))
634
 
        self.assertTrue('r102' in final_otu_map,\
635
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU map.")
636
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.ReferenceOTU5' in final_otu_map,\
637
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.ReferenceOTU5) is not in the final OTU map.")
638
 
        self.assertFalse('wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1' in final_otu_map,\
639
 
         "Step4 (clean-up) OTUs are present in the final OTU map but shouldn't be.")
640
 
 
641
 
    def test_pick_subsampled_open_referenence_otus_parallel_suppress_step4(self):
642
 
        """pick_subsampled_open_referenence_otus functions as expected in parallel wo step4
643
 
        """
644
 
        pick_subsampled_open_referenence_otus(input_fp=self.fasting_seqs_fp1, 
645
 
                                  refseqs_fp=self.pick_ref_otus_refseqs2,
646
 
                                  output_dir=self.wf_out,
647
 
                                  percent_subsample=0.5,
648
 
                                  new_ref_set_id='wf.test.otu',
649
 
                                  command_handler=call_commands_serially,
650
 
                                  params=parse_qiime_parameters([]),
651
 
                                  qiime_config=self.qiime_config,
652
 
                                  step1_otu_map_fp=None,
653
 
                                  step1_failures_fasta_fp=None,
654
 
                                  parallel=True,
655
 
                                  suppress_step4=True,
656
 
                                  logger=None,
657
 
                                  status_update_callback=no_status_updates)
658
 
        final_otu_map_fp = '%s/final_otu_map.txt' % self.wf_out
659
 
        final_failure_fp = '%s/final_failures.txt' % self.wf_out
660
 
        final_repset_fp = '%s/rep_set.fna' % self.wf_out
661
 
        new_refseqs_fp = '%s/new_refseqs.fna' % self.wf_out
662
 
        
663
 
        self.assertTrue(exists(final_otu_map_fp),"Final OTU map doesn't exist")
664
 
        self.assertTrue(exists(final_failure_fp),"Final failures file doesn't exist")
665
 
        self.assertTrue(exists(final_repset_fp),"Final representative set doesn't exist")
666
 
        self.assertTrue(exists(new_refseqs_fp),"New refseqs file doesn't exist")
667
 
        
668
 
        otu_table_fp = '%s/otu_table_mc2.biom' % self.wf_out
669
 
        self.assertTrue(exists(otu_table_fp),"OTU table doesn't exist.")
670
 
        otu_table = parse_biom_table(open(otu_table_fp,'U'))
671
 
        for row in otu_table.iterObservationData():
672
 
            self.assertTrue(sum(row) >= 2,"Singleton OTU detected in OTU table.")
673
 
        self.assertEqual(len(otu_table.ObservationIds),count_seqs(final_repset_fp)[0])
674
 
        
675
 
        # confirm that the new reference sequences is the same length as the
676
 
        # input reference sequences plus the number of new non-singleton otus
677
 
        self.assertEqual(count_seqs(new_refseqs_fp)[0],
678
 
                         count_seqs(self.pick_ref_otus_refseqs2)[0]+
679
 
                         len([o for o in otu_table.ObservationIds if not o.startswith('r')]))
680
 
        
681
 
        # spot check a few of the otus to confirm that we're getting reference and new
682
 
        # otus in the final otu map. This is done on the OTU map singletons get filtered
683
 
        # before building the otu table
684
 
        final_otu_map = fields_to_dict(open(final_otu_map_fp))
685
 
        self.assertTrue('r102' in final_otu_map,\
686
 
         "Reference OTU (r102) is not in the final OTU map.")
687
 
        self.assertTrue('wf.test.otu.ReferenceOTU5' in final_otu_map,\
688
 
         "Failure OTU (wf.test.otu.ReferenceOTU5) is not in the final OTU map.")
689
 
        self.assertFalse('wf.test.otu.CleanUp.ReferenceOTU1' in final_otu_map,\
690
 
         "Step4 (clean-up) OTUs are present in the final OTU map but shouldn't be.")
691
 
 
692
 
subsample_otus_seqs = """>sample1_1 r0
693
 
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGTTGACTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGATAACCGAAATTCTTTAATAGTGAAACCATGCGGAAATACTATACTATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTTATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCGCCATCAA
694
 
>PC.607_1 r1
695
 
CTGGGCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGGCTTGGTGGTCCGTTACACCGCCAACTACCTAATGCGACGCATGCCCATCCGCTACCGGATCGCTCCTTTGGAATCCCGGGGATGTCCCCGGAACTCGTTATGCGGTATTAGACGGAATTTCTTCCGCTTATCCCCCTGTAGCGGGCAGGTTGCATACGTGTTACTCACCCGTCCGCCACTAGGGCG
696
 
>PC.607_2 hits new otu
697
 
CTGGGCCGTATCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTGCCCCGCCAACTACCTAATCGGACGCGAGCCCATCTTTCAGCGGATTGCTCCTTTGATTATCTCACCATGCGGCAAAATAATGTCATGCGGTATTAGCGTTCGTTTCCAAACGTTATCCCCCTCTGAAAGGCAGGTTGCTCACGCGTT
698
 
>PC.607_1000 85% id to r100
699
 
GCCGTCAGTTCGTGCCGTAAGGTGTTCTGTTAAGTCAGATAACGAACGAGACCCATGCCATTAGTTGCTATCTGTTCCTTCGGGGACAGAGCACTCTAATGGGACCGCTGCTGCTAAAGCAGAGGAAGGTGTGGGCAACGGTAGGTCAGTATGCCCCGAATCTCCCGGGCTACACGCGGACTACAATGGTTGAAACAATGGGCTGCTACGCCGAGAGGCGACCGGTCTGTACGGTAAGGTTACCTATACGCT
700
 
>PC.607_1001 85% id to r100
701
 
GCCGTCAGTTCGTGCCGTAAGGTGTTCTGTTAAGTCAGATAACGAACGAGACCCATGCCATTAGTTGCTATCTGTTCCTTCGGGGACAGAGCACTCTAATGGGACCGCTGCTGCTAAAGCAGAGGAAGGTGTGGGCAACGGTAGGTCAGTATGCCCCGAATCTCCCGGGCTACACGCGGACTACAATGGTTGAAACAATGGGCTGCTACGCCGAGAGGCGACCGGTCTGTACGGTAAGGTTACCTATACGCT
702
 
>PC.607_1002 85% id to r100
703
 
GCCGTCAGTTCGTGCCGTAAGGTGTTCTGTTAAGTCAGATAACGAACGAGACCCATGCCATTAGTTGCTATCTGTTCCTTCGGGGACAGAGCACTCTAATGGGACCGCTGCTGCTAAAGCAGAGGAAGGTGTGGGCAACGGTAGGTCAGTATGCCCCGAATCTCCCGGGCTACACGCGGACTACAATGGTTGAAACAATGGGCTGCTACGCCGAGAGGCGACCGGTCTGTACGGTAAGGTTACCTATACGCT
704
 
>PC.607_1003 85% id to r100
705
 
GCCGTCAGTTCGTGCCGTAAGGTGTTCTGTTAAGTCAGATAACGAACGAGACCCATGCCATTAGTTGCTATCTGTTCCTTCGGGGACAGAGCACTCTAATGGGACCGCTGCTGCTAAAGCAGAGGAAGGTGTGGGCAACGGTAGGTCAGTATGCCCCGAATCTCCCGGGCTACACGCGGACTACAATGGTTGAAACAATGGGCTGCTACGCCGAGAGGCGACCGGTCTGTACGGTAAGGTTACCTATACGCT
706
 
>PC.607_1004 85% id to r100
707
 
GCCGTCAGTTCGTGCCGTAAGGTGTTCTGTTAAGTCAGATAACGAACGAGACCCATGCCATTAGTTGCTATCTGTTCCTTCGGGGACAGAGCACTCTAATGGGACCGCTGCTGCTAAAGCAGAGGAAGGTGTGGGCAACGGTAGGTCAGTATGCCCCGAATCTCCCGGGCTACACGCGGACTACAATGGTTGAAACAATGGGCTGCTACGCCGAGAGGCGACCGGTCTGTACGGTAAGGTTACCTATACGCT
708
 
>sample1_100 random sequence
709
 
AGCGGATGACCGTGAAGCGTATGACGTATCCTAACAGACCCTCATAACAGGGTGAATTTGATACGTCCTCAGTCGCAAATAGCCCAAGGTCTCCTCACTGGCGAATCTGCAAGGCCGTTCCGGGCGGCTCCTTGGTTTAAGCCGCCGGAGGCCCCCACTAATAAGTGTGATAATTTGAACTATAAGCGGACGTGTTGTGCAGCGTTACATCAGAAGTGTTTGATCGGGTAGACGCTCCCGGAAGTCACGG
710
 
>sample1_101 random sequence
711
 
TATGGGCCACAAGGTCACATGGCTCCTGCAATGCTCGAAGATAACGTTGGGAAGCAATTGCCAGAAGTAGCTCAGTGTGGGCATTTCGTTAAGTTGCCCGTGGTTATGCAAGTTGTTAGCTCCAGAATACAGTTAGCGGGGAGAATCTGGAAGTAAACACGTTAGTTGGCCGAAATGGGGCTCTTGAGTTCGCAAACTAAGTAATATCTTAGGAATGGGCGGCTGACATCGAGATTTTATTTTCAGGATA
712
 
>sample1_102 random sequence
713
 
CATCGCTCAGTATCTCCCTTATCCCCAGGCAAGCGAGCATACGGGCCCCGACGTCCTGTTTCAGTTGATGTGTGTTCACTGCCATATGAGGCTTGTCCCACCGGAGCGTGCAAATTACGTTAGCCAAACGGAATCGCGTGACAGGAGGGGCAGATCTCTGGCCCATCGGCCTTATTCAACGGGGTTAAACCTCCTTTCAGCACACCGTCTGAGCTAGGCGCACGACCTATGTAAGCGGATTAGGGGATCG
714
 
>sample1_103 random sequence
715
 
TTGACCTACACGGACTTTACTCGCGCATGTCTGCACCCAAGGGACCAAAGCGTTGTAGCTAGACGCCTCCTCTACCTATTCGAATATTGCTACACCCAAAATCTTCCATTCGTTCGAGGCACATGCGAGTGGCAACTCGGAGGATAGAGGTGCCTTATGAGGGTCATTTTGCTTGCAGCTCTTGCCTGGATGCCACCCAGCCCGGCTATAACATGAAAACTGTACGCCCCCAAAGTGTCAATATATGTGG
716
 
>sample1_104 random sequence
717
 
TAGTAATTGAGTAGGGCACTGGCAAAACCGACTCCACGCCCCGGATCTCATCGCACTATGCACTGGCAATTGCTGGCTGTTTTCGATATGTTTACTTTGGAACTCCTGAGGCAGTCCTGGTACCGAAGTGTCGGACTCCCAAGATGTCTTTACATAGAGTCAGCAAGACGGAGCTACGCTACATGTAACGGGGCCCGCTGTAATCCCTCCCCCAGAATCGTCGGCGCGGCTGATTAACGTCCTCACTCGA
718
 
>sample1_105 random sequence
719
 
ATATAGAACCGCGCGTTCTAAGTGCGTGCACTTAAGTGACGATTCATGGCATGTCCTGAGCTTGCCACCGCGCTTCCAGGCGTAGTCTCAGTAGCTTGACTGTACTTTGCGGGCGCAGAGGTCCCCAGTGCCAAGCCTCAAGTGTTCTGAATTACCCCACCGATCTTTAGCGTAGGTCCCGCACTCGCATATCGTAGAGCGACTCGTAGTAAAAGGGGTAGGCTTTAATAGAACACCTTTAGCAATAGCG
720
 
>sample1_106 random sequence
721
 
CCCGCACCAGATCACGAGTATCCACTCGGTCACACTGCGAGGCAATCTGTGTCAAAGGTCCACTGTAAGTATGAAATGTCCCCGTTCTCGTTAGATCCGGTAGGCATCAGAAGATCACTGGATCTACCCGAACTGTATGTCACGGTCATATAAGCGACTAAATGATCCTGCGGACACGTGCAACGAGCACGGTGATGGATGGGGAATACAGCACCGAATCATGATATCTCTTGGCGTACGTAACATAGTC
722
 
>sample1_107 random sequence
723
 
CTTGGAGCCTATAAGGATAGGAACAGCCCTAATAAGAATGAGTGCCGAACACATTGTGCAGGGCTATTGTTAGTATCGCACCCGGAGGGGAGCCTGAAATGCAAACTGGCCTCGACATCTGGATATCGCACAGACCCCCGCAGTGATTTCACGGTAGACAGTAAAGCGTTAGACACAGCGTCCGGATTCGGACTAAGTTCCCCTCAGTTTAGTTGGATCTTATTCCTATGACGCGACCTCCACTGCTCAG
724
 
>sample1_108 random sequence
725
 
GAGTAGCTATAACTCCGCGCGTTGTCTGAGCAATAAAAAGCAACTTTATTTTCGTAGCACGGGCTATCCGAACCAGCGTAATGGACTCATGGCCTAGCAGATGGGACAAAAGTAGCTCCCTGCGCCCAGCTGTATGGGTAGGACGTACAGGAGGAATTTGATTTTATCCGGCTAACTTCCGAGAAGTCGTCTAGGCGCGTTCCATATAGGATACTCGCGGTTTGCTCACGAGGTACCAACCGTTACCAAG
726
 
>sample1_109 random sequence
727
 
AAGTGTGTTTCCCGTCGCATGGGATTTGGCTAGTCCTGGTTTGTTCGTCCGTGTAGAAGTCATAATTATTTAAAAGCAGCTTTTCCTAAGTGAGTTTTTGTCGTGCTGACACATATCCAGGGAGAGCGCCTGTATGCGTGATAGACTACCAAACAATGTCACCCAATCCATACACAATGGTGCTAGAGACTCAGGACAGGTCGTATGCCATGAGGCCATTCTGCCTTCAGGTCCAGGGATCCCTTATCGG
728
 
>sample1_110 random sequence
729
 
CCTTATTCTTACCTCCCACGGACGCCACAATTAGCCAAGTCACCCGTACCTAATGGTTCCGAAAGGAGAAGCCTGCCTCACGTGGACCCAACCGCCCTGACATACGGAACAAGCTTCAGGTAAGCCGGATGATACATAATGCCCCTAGGATATAGTAGACTTGCGTCGGCAGTAGCTGCCACGTCTCACTTCGTGATAAGAGAGCATCAAATCAATTTCACCGACCGATTTCGCCCGGGACTATGCGGTA
730
 
>sample1_111 random sequence
731
 
CCACACTGAGGCCAGGTCGGTTACACCTTAAATTCTAACGCCTGATAGGTTACTTGGGGTTGCCCTTTGCAGGCGCCTAAAAGATACGATGGAAGACGAGCGTAGGACGGCCGAACACAGGCCTTCGAAACTTAATACCAAATGAGGGACGGAGGGAGCAGCTCTTCGTCGAGTACAGCGCTACGACCGGCATAGAATAACGACTACACTTTTCCAACTGAAAAGATAGCTTAGAGAAGGTTTGCGAGGT
732
 
>sample1_112 random sequence
733
 
CCTTGACGTATCCCAAAGACCACTTGGTGTTGCCCTACACGGGCAAACGGTTGGTTAAATAGCACGCTCCAGTGAAGGGCTTTCGTATGACCGCGCGCGCCGACCTCGTACACGTTATCGGAGCCGTCTAGTTCTGTCCAGGTCCCATCGTCCTGCCGAGTTATGAGATAATGAGTAGTACACGAGGGCACCGATCTGAAGCGTTGCTTATATAATAACGGCGGGTGTTAATGAGTGAACACCTAGAACT
734
 
>sample1_113 random sequence
735
 
TAGTACAGGCCCTATGCCCAACATCACCCGCCAGTGTGCCGCTACTTTGTACTGGATCATTTATTTTCGATCGAGACCGGGTCTAATCGCTGGCGGGATGGTTAGAATTGGATTTGATTTGCCTACATATATGACCAGAGTGCCGTTGAGGAGGAGGATGGACACGCCGGACCTTCTCGAAGTGTTGTTTGCTCGACATACTAGGCGTTCTTGTTGTATGGTTCCCCCTGATAACACCATGGTCGCGATT
736
 
>sample1_114 random sequence
737
 
CCCTAAGATTAACCCTGGGAGGGTTTGAACTAGCGCCGGTCTACTACGGTGAATTCCTAAAGTCGAACTATATAGTATCGGTGACTTGACAGGAGAAGGCCCAGCTAGAGGTAGTGTTTGCTAGAGAGGGGCCGGGAAAACCAGCATAACACAATTAACGACAAGCATATTGATCGTATAGCTTGGAAGGAAATATCCTGGAACCGCATCGTGGTAAAACTCCGGTAGCGAACCGCAGAGAGCTTTTGGG
738
 
>sample1_115 random sequence
739
 
AATTCTTTTTATTTGGAGGCTCTGACCTCTTCGAGGCACCTCTTGAGCGCCTTCAGGTTTGCTAAAAGTTAGTCGTTAGTCCGGAATCCCACCATCAGAGGTAGTAATATCTTTTAGACTACGGCTTCACATAGTGTCGCTCCATTGGTGTGCCTCGGTGGCCACTGAGAACTCGGCCTGCAGGACTCACTGCTTCGGCAATTATAATCGACGTCTGAGCGCTATCAAAGCGGAGCTGACGAAAGTTGGG
740
 
>sample1_116 random sequence
741
 
GGCTCGTGATCCTATAATAGACGTATGCGGTAGGAAGTTGGTCCATAGAAGGTTCACGCGGGTGTGGCCCCGACGTAGGGATATACTTTTTGAGTCAGAGGAAGCGAATGTTCACTCGAGCTTGATCTACGACCATTCTACGTTGTTAGAGTCCTCCAGATCTCTAAATGAGTGCCTGGTCAACGTTTCACTCACTCACTTCTTCCATAAGAATCTGTCCAATCGGAATGGATCAACCCAGACTTGTGCT
742
 
>sample1_117 random sequence
743
 
AGGAGCCCGCTAGTGTGACCGGATAAAACGATTCATAGTCGGATTGGGAATTGCATTTGAGTGTGCCCGAACAAGATAGATAGCTACTTACCCAGTTCCCGCTGACACGAGGGTCCTGTCAGCTAACTCCGTTGGGAAGCCCCAGACATCCCTGTGGTCCCATACACGTATTAGGCTCCAAGTGCACGCCGTCAATGTTATTGATCAGTGATATTCCCCTTTGGGGCACCTGGCCGTTCAGAAGCATCGG
744
 
>sample1_118 random sequence
745
 
AAACGGTACTATGCAAATCAATGACCGGATTGAGCAGGTCAAGCTTAATATCCCCCGCATGAAACGCATACATTACACACACGGAGACATGTCTCCCTCTCAACCAGTCACGTCTGAAAGTTTGTCCCGATTGACCGGCGCCCTAAACCGCGCACATTAGTGAGACCGTCCCCTACCACCCACCGCGACTTAACAGATCTAGGCAGGGCCGAACTGACCTTCCGGGGTGTTTTCTGTAATCGGCAACCGC
746
 
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747
 
CACGTCGAGTCTGATGCGCGGATAGGTTTCAAAGCTTAGGATAATATATAGTCGAACCTTAATGATGGAACTGCCGAGTTTTTAAGACTTGTAGACATAACGGAATTCGCCGGTATGACGGATGACGCGTCTGCTCCAGCTGTAGTATTTTGACATCGAAGCTTCCAGTGTGGACACAGGTGAGTGTACGTAGCCGTGCACCCTTTCGACTTTAGACCCCGATAATTGGGGACCCTGTAAACGAAGCCCC
748
 
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749
 
CTCATGCGCACCTCGCATTTCAACAATACATCGAATAGGCTCCGGTCTAGGTGATCATACTGGGGGGCCAGTCGTCCGGAGTGGGCCAGGGCTTAATAACACTCTGTTGTCTCGACTAGATGTGGCTGGACAGTCGACCAAGACGTACTACACCCATGTTATCGGCCAAAGCTGTACTTTAACTAAAATGACCCCTTAATTCCTGTTCCGACACAGGCTTACACCAGGAGATTGTCTTTCTTGGACGCAA
750
 
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751
 
AACGCGATCTGGGCGTTGCCGTATTTTATCTTGCCGTAAGGTCCTTCACGCCCGCACATGGCATTGGTCGATCGGGGTGAGTATTGACCAAACCTGTCGCTAGATATGGATGTAAGTTTGGGTCGTTCTCAGGCTAGATCGTATACAGGGAGGATAGAGTAGATGGGGCCGAACGCCGAGCTGGCTCGACTATAGGGGCGACGCGTGCGAAGGGGGAAAGCGCGTTAGTACACCCCGCCGATAGGGTGGC
752
 
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753
 
TGTTGGTAATGCGCAAGCAAAGATACAAGCCGAGTAGCCCTTGTTACAAGGGGGACTGGCATTTCGGACTCATCCGAGAAGAGGGGCTGCAGACATTCTACGGGCCAGGGTCTACACGGTCCTTGGTGTATGTGCGCGGCGGAAAGTTGCTAACGACTCCAGTTAGCTGTAGGGTCTGTCTGTCATATGCATAGTCGCGTCTGATTGTGCTCTCATTTTCTAGAGACAAGCGTTTGGTTACTATGCCAGG
754
 
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755
 
ACTCGCGCGATGACTGACCCTGACTGAAAAGAGTCCGATGGTAACCCCATGGCGATCATGGGTAGTACTACGAGTAAGGCCACACGAAAGAGACGCGGTGGCAACCTGCGTCCGCTTTCTGAATGCTAACTTCTTCAGATATTGTCTGAGTTAACTGGTGTGTGTAAAGTTGCCGAGGCTGGGCCCAAACAGCAGCGGGAGAGTTTGTCTACGAAGTTGGGTAGGTGGCACCGTGTGACGCTTACATAGT
756
 
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TTCTAGCTGGCGAGATCCAAACGGACTCATGTAGGCATACGTGGGTCGTAGTATTCCTTTTGTGATGGCAGCGTGGCTCAACACTTGGTGGGCGCCGTAACTCTAGGTCGCCACGGCTTTATTTTATGAACGCCTAGCGATGTGAGTATCTCTGGGACAATGAACGACGTAGTTCCATTGGAATCCCAAAGCAAGTGGTAAGGGGAGCCTTCCGCCTCGACACTCTTACGTATAAAAGTCTTCATGTTCA
758
 
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AGACACCTCACTGTTCGAAAGGGAGACGTGATGTCGCAAAGTTTAATTGAGTGCATCACCAATTGCTATAGCGATGTCTGTTCAGTATGGGGTGATCAGAATCTGTATAGAATTTTCGCTGCTCTCAGATACCTCCTACTCACATTATGAGCTCCTGGACCGCCGATAGACCTTAACAGGGGTCGAGGCATCCAAACGGCCCTTCAGGAGCCACGCCGGAGCATCGTCAGTGCAAGAATTGGTGACGTGC
760
 
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761
 
GTTCCTAGCTAGCCAAGTGGCTTGGTGGGTAGAGGGCCACCCATACCACAATTCACTTATGAAGGCCAGCTATCCAGACGCGTTCCCGTAGTTGTATATTATCGTAGCTTGCTTTCCAAATGCTTATCTAATCAATTAGGGAGTGGGCTTAGGTCACGCATTTAAGTTAATATGGGACAGTGGTCCTTGTAATAGAACGAACGGACCATGGTCAGCTTTGCTTAGCCAACATAAGAACATAAACGCACGC
762
 
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763
 
ATGGACAAATGACCAGCACCACATAGCAAGGGTCGTAGCAGTTTCGGGTGGGCGTGGATAGTCACGGCCAGTCAAAGGTGGGGGCCTTGCATAAATCTTCAGCCGTAGCGCGGGCTGTTGTAAGGTCTTGGCTACAAAAGCGTAAAAGTAAGAAACACATGACAATACCCCGCTGCGATACCTGCCCATCTATTCGAGTAGAGATTCAGCGGATTTCTAAACGGTAGGGAGTCGGAGTTGTAACAGGCAA
764
 
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765
 
CAACTCTCTCTTATGGTTGGGGTGTTCCTTGGCGAAGTCAGCTCTTACGGTCCCGACAGCTAACGGTAACTGGCTGCCTATATGCAAGGCGTACTCCATTACCTTATCCCGAAGCACGCACGCATAAACTTCCGCTTCGTGCTTGGTAAAGAATGACGGCATCTTGGTCACATTTGTGCAACCGGTTCTTTAGTTATCGGTTGCGCGATATATATCTCACTGATTCTAGTGTTAATACTCTGTACCCTAT
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ACCGAGCTAGCTCTAATTTAGAAAGACCGACAACAACACTCGGTGTTTCACAAAAATAAGTCATCAATTAAGAAACGCCGAAATCATCAGAAACAATGCTTGAATAGTTGTGCAGATGTGAAACCCGGGTCCTGGAAAGTGTCATGAGGAATGGTGGTGTGCCGAGGGACTGCTGGTTAATATATGGAGCCTCGCCGTCCTGGCGCTGCGTATCTAGCCAGGCGAGAGGGTCGCCTGGTTCAAAGATATC
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769
 
AGTAATTGACCCACTCGGGCTGACGGAAGAAGGCTTAAATGGCATCCAACCCTGAGACAGGCCCCGTGGTATACTCACCGAGAGTGACGAAATCCGACGATCTGACGTTTAAACGTGCACATGAATCGTGGTAATACGGATTGCGGCAAGGCATACCCACTAAAGCAAAAGGTCGCAACTGGCTATGCCGATACTTTGTGGGTTCGCGGCGAAAGTGAGATATCACACTGTCATGTTTTCAACGTAGGAG
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771
 
TACACTGAGCTGAAGCATTCCATCACTGCGAGTTTGCAGACTTTGATCGGGGCTGTAATACCAATAAAGAACAAGCACAGGCCTAAAAGTTACTCTGCTGTGTATCGGGTCGCGACAGTGGAACTCTTGTTAGGGATACCCCTGGGAGGATCGTTCCGCAGTATGTGCTCGGCTAGGAACTAACTGGTCCATGCTAGGTTGCCAATATTCGCCAAATGGTACGTAGCACCGGACAGCTGTCACACATATC
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TAAAGGTTCGGCGCGGGAGGAGACTCGCCTGGGTTGCAGGTACCATGGTTGCCTCTTTTACAGCTTATCAGATAAGGTGGACAGTGTGTGTGGCACAACGTGACTAGAAGAACATCTGTACTACACAGCCTTCATCCTTTATGAGTGCACCAACAAAGCTCCCCGAACTGCTTGAAGCCATTGACGGTCAGACGACCAATCGAACGAGGTGATTCGAACGTACACCACTCCGACCCCACCTCACCTTACA
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GACACTGCATGGGCGGCCCCATAGCCAGTGTCAAAATTCACGTGTTGATTAAACAAACGTAGGACCATTAAACTACAAATAACCACACCCTAGCAAGTTACAGCTTGACCCTACTCTAATCCGCGGCCATTTGAGAAGTCCAACTCGGTCTCCCAGAGATTCGGAGTGATCTTATACGGATGGCACATAGAAAAGACGGTGATTTGAAGAGTTAATGGCTGAATAGCAACTCCACGAAGTGCGCCTATGT
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AAGCCAGACGGCTCAAATATAAATATAGCCTCTAGCACCTTTCTGCCGGCAGCGACACCGTCACGCCGGGAAGCGGAAACATAATTACTACGAGATCTCGAAGCCAATCCGTTATTCATCCCTGGCGATCGACGCATCTATTCACGGATCGATACAAAGGCTATTGAGAAACCACAGCCGCGAGGACCGCCGACCTCCGTGCTGTCTCAATTACTAATTTAGATCCATGCGCCTATTTCAATGTGGCTAT
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GTAGATCCCATTGGAGCGAGTGGCAGCACAGTCTGCGTTGAAGGCAGGTGTCGGCGACCTGGTCGAAAGGCATGCCGCATCTGCGGCTAGAGGGGGCCAATTCGCTGTTTAGCCCGCAACGAGCTCAGAAATTAGAGTAAATGGTAAGAAGAAAGTTAGCCGAGGCGCATCTTAATGCGCATGGATACGGGCGTACGTGCTCGGTGTGTGGTTATTGGCTCGTATTCCTTTAGCGGGGGGCTAGTACTCA
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781
 
TGTGTCGGAAACATTGTGCCTAAGTCCAAATGACCAACCCCCTCAAGCTCTTTAATTTCATTGACTGCACACGGCGGTCTCTCCGCCAAACCTTTCGAATCGCAATCAGCAAGTTCTGTAGCGCACGATGAGGTAGTATGATCGGACGGGTCCCTGAAAAAGTTAGTTGTCGGCCTTCGTAGTCTTTTCAAAACTTTCCATGGGTGGACTGCATGCGCGAGATCTGGACACCGTAACCCAAATCGCAGCG
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GAAAGGTAGAGTCGGGAGTTGTGATGTCGTGTCGGCCATGAGTTGACATCCAGAGAAACGCTCTACTGCTCCTCGGGCATCGATGTGTTTCACTAGGAATCGATTTGGCGCACAGTATCAACAGCCCACCTGTAAAATTCGAATAGCCTGAAACCGCCCTACCTGTTGGGACGATTTGGCAGATACTCGAGAAAGGGAACTTCGGTTTTTTCCGGGGATTTGTATTCAGCACAGAGATAAACAGCTTGGC
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TACACAGCGGGATCAACAAACCTTCCTGACTCCGTAGCAGCCCAAGGGTGCAGTGTGGTTGGTATAATTTATCCTCACTTCTTCGGCGCCCGGGGATTATCCCCGCCTGGACGACAGGGTTTCAGGGACGCGTAATAACCCTTAGAAACGAGAAGGAGAAGATTCACTACACAGATGGCTCTACCTAAAACAACTAGCACAACTGATCGCCTCTCTTCGTCGAAAGGCGAGAATGAACGAGACTCCCATT
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GGCACCGCGGGCAAATGTCCCCTGCGTAGTCAATACAGCAAAACTCTCATGGCCCTTAGCGAATGAGTACCACATAGAACGCGCTAGTAGGACTTTATACCTCATAAGTAATAACTTCATTCTCACTCTACTCGGTGACCTATCCGGTGCGTTAACCGCTGAGGCGGCGCGTGCAAAGCGGTGGTTAAGGCGACAACGTGCCTGAGAGGTCACAATACAACTTCCAATACTGATGGGGCGTAGTTTAAAG
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ACCGGTAGGTTATGGGTGTAAATCCTTTGCCAAGAAACCTCCGTAGTTTTTTATCGATCTGCCCTGATTACATTGAGTAGTTCCCTTTAGTCCCCAATTCTCCTAGCGATGGGTGCCTATTTGCCCAGAAGGGTCGTGTCTGTCTTCTAGTATGAGTTTAGACATTCGAACGCCAACTCCGGTGGCTGCTTGCCGCCTGCAGCAAGTATATCCAAAGCGCACCCGGAGCTGACTACCAACTTTTGCAGTT
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TTCATGAATTTTTTCCGCCCATTCTAGATTAGCACTATACTGCCCAGGTTTACTCAATCAGATGTACGCAGGCATTAAAATTGCTAGACTCACCTATAGCGTTCTCCTGTAGATGAGTAAGGGGCTTCCGTATCGACTGCAGTAATTCCGTTTCACACATGAAGAAAAGGAGTTTACAGCGAAGGCCTGGTAAGGCGGGGAGGCGCTCATCGTAAAAGTGCGAATGAGCGGTAGGAGAACCAAGGTAAAC
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AAGCTGATTAGATTTATTTGTCGAACCATGCCTCATCCCTTGACGCGCGATCCCCCGGCGATGCCTGTTGTCGGACTCACGTCTTAGTTATCTAAACTAGAAACCCCGCAGCTGGGACCTCAGGGTTCCCCTTTAGACACCCCAGGTGCTCACATGTCAGGAAACTTATTACTAGCCGACTCTTTAGCTGTGGTTTCTACACTGAGGGTGCAAAAAAGCAACCGACAGACTCGGGGGCGAGGATCATGTG
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AGCAGAACGCGCATCCTGAATTTATAAAGCTAAAAACTGCGTTGGGCGGTTGCTCAAATGGTAGACTATGGGGCAGCCCGCTAAACCTAAGCGACGTCCTAAAAGTATTTGGCACATGGTGCGCAAGTTTTAGCTTAAACCTTAGAACCTTAAAGAGACGGTACCTGTCATGCTGCACACCTTACGCCCTAAATGCGGTGCATTCAAGGGCAAGCACTGGGTATTAGGGAGAGATATAACTCGTCAGAGC
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CGTGTGAGCGCTACGGCTATACTCCCGTAACCACACTAGAGAGTGCAGGACCGCCGTATAATTGATTTGTCAGATAGGCTATGCTTGTCGTAGGCAGCTACCACAATAACGGTCGACTGGGGTGAGGAGGTATGTCTTTCAAGCTGCAGTCCTATCGCCGTACGAAAGTCATGATGATTGCAGGTTTAGACCCGACGGAACTCCGGTGCAACTCCAGGCGCCCCTTCTAAGGGCGCGCACTAGTCAAGCA
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TCTGCTGGCTGCCCACTCGCTTGAGCTAAGATGCGAAAAGAATTTAAAGTTATAATTATAAGCAAGTTGGCTAACAGCCATGTCAGCAGGCGCGACGGGCGCCCACCTACTGACTCTTTACAACGTTATTGGTGTAGCTTCCTTTCAAAAAGCGGAGGCTCAACCAGGTGTATGACACCATCGTAACCACACGGACTGAGCCCGGTGGCGACAAACTGCACACGTGAACAACACACGTCATTTCGCAAGT
800
 
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ACGCTCATAGAACTATTATGCTCAGACAATCAAACTTCTCTCAAAGTCGAGCGTAGTATCAGCGCTCTGGATGCTTTTGTAATCGTAGGGCGATGGAAATGAACCTGGATCCAAACCCCAACCTATATTTCGGCCCCACTGACAGGTACTTGTCTGTTGTATCCTTTCCCGCCACGGTGTCCTAAGAGTAGTGGAGTTTTGGTTCAAACATGGCCGATGCGGGGGGGAATCCGCCGTTCAATAATACTAC
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GCCAGATGTCGTCAGCGAGTGAAAGGTTACACTTTGGAGGACCACTAAACACTCCTCGTTTGGTGTACGGAGGCGAGGCAACAAGGCTCTCGGCGCGGGACAATGAATGGGGGCACTAGCGTGCGAGGATATAGCTTTTTGTAGCAGGAAGGCTTTGAATGGTTTGGCAGGGCTACAAACGCTTAGTAGTACAGAGACTCTACTACGTACAACTCTTTCGGGGCGTACGAAGCGCTGGCTAAGTATAACT
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TTCGGCTATACATTTAGCTATAGCTACATCGTCGGGTCGGACTTCGATATTGACGCATTGCCGCCCCTTAATGAACACTACTCGGTGCTGGGAGGGTACTCTAGGTACCCTTCGTGGTAATCCTTTGCTTTTACGCGGTAATTAGTACGCGAAGAGGAATCCTGTGCCCAACCGTGATCCGCAAGGGGCATGCCCGAACCACGTTCTACAAGGAAAGGATGACTCGAAGTGCAGCCTATTTAAACCCTCA
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GGACTATTTGCAAGCCTTAGGACTGTCGCGTCTTAGGTGCTCGATTCGGCATTATTCTTGAAAGCTGCAGCCGAATTTGATGAGAAACAGTCCCCGAGAAACGAACCTCACGCAAGCAACCGGGCGACGTCACCTTGTTGACCCCAAGCCAACTTAGTATGAGGTCCTGAACTCTTTATACGCTACCTGCTCCCATACACTCCTCGGGAGGGGGCAGATGTAGACACGTGTTTTTGCTTCGCCCATATGA
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TATAGCAAATATAGCTACGCGTTGACTAGTCGCCATATAGGGGCGGCGCCATCAATGTGTAGAGTTCGTAAAGCGCGGCCCAGAGTTTGTAGGACCCGGTCCCATGGCCAGCATCCAACGCCGGTAGTCACGCCCTTTCCCGCTTAGCGAGTACAAACGCAGGGAAGCATGCGGAAGCCTGCCATGCAGCACGTTCTGCCCTACTGTGAAGCAAGGTTTAGAAGCGACCAACTGGTCAGCGCACATGAGG
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CCAGCTGTATGCTTGCGACGCATACAATGGACTTGCATGGAAGATTCCTATGACGCCTTATTGTGTCGAGGGGAAGGAGGTCGATTCAGGGCACACACTTTTAGGCATCACCCAGGTCACCTTTAATCGTCTTCTGGCAACAGCGGGCGGATTTTTTGGGCAGCTCAAGCTTGTGGATAAATAATGTGCCAACGTCGAGAAACGAGACTCTACGATTACGAGGGACTAGGAAGCGGATGAAAGATCGGTG
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CGACGGCGAAATGGTCGACGAAAACAAGCGAAGCAGAGGGTTACCGCTTGGGCGACAGGAGCCTGGCAACTATCACAGCAATATTGTTGGTCATTTTAGCGGCAACTGCAACCACACTCCCGTATTAGGGTAAACCAATCCCTGACTTCTTAGCGTCATTTCGTGCAGCATCAGTAACGCGCGAACCGCGGGGACATGCAGCGTAGAAAATTATGGTAGGTACCTACTGCCACCGAGAGTTTACCCGCTG
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TACTTACGTGTTAATAGATCTAAGTAGATGCCAGTAGCGGTGCTAATGCTTCTCCATAGACTCTCTAATCTCCTATGCGGGTATTCCAGACGTGATTTGGACCATCGCTGTTGACCGTCCCTCCTCGGCTGGGGACTTTCATCCGCATGCCGAAGGCGGAAGTGTCTTACCCGACCGTTAATGTGCTCCGACATGCACCTGTGTGGCCGACGACTCTTTGGGTAAGATCGGCGGTCTCGAGGATCTGACG
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TGCAGTTCAAAAGAGAAATTTACCATCTTTTACATGGAAATCCCCTCTGTACTGGTAATCATACAGCGCAATCTCAGTTACCAATATGGTCTCGGTGCCATAGTATTAACATGTAAGCAAATCGGGCTGATCTCCCTTTAGAAACCTAGTCGGCATGGCTCTTATGAGTCGGGGGGAGTTCCGTGAATTTCTAACTACACAGGCTCGCGCCTGAAGAGCAGTCCCCCGACACAACCCGACCCTCATATAA
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CAGGACTAAAAGCGTCAACTGTAAGGTACTCAGATACCAACAGCCACCTAGGCTATGGTTATCTTAGTCGGTTAGAACACACGCGTGGGTACTACGGTGGGGATATACGACATTCAATAGCCCGCCCTTACAGATGGATTCCCGCACTGCGACATCAACCTTACATGACCGGGCTGTACTACAGCCTCTTCATTCCTTATCCAAAAATGTGTGGCAGCATAATGCGGTATCGTCGGCCGCGGCACAGCGA
820
 
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GTACGCATACAACTAAGGGCTCTCGACGACACACCTGTTTCACTCCGGGCCGACAAGTCCCCATAAACGCCTTATCCAGGTTCGTGACTCAATGCTGGCTGTAAAGCATCTGGCTTTTCTGCACTCAATCTGGGTAGTGTCAGGCATGTAGAATCAATATATTAGCATCCGCACCTCTGACCCTGAGTCAACCTCCGCTTGATCGTCGAAGAAAGATGACTTCTGTACAGTGACGAGGACTATTCAAACA
822
 
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TGCTTTTTCTATCCGAGGAGCTTGCGATCCATGGGCATACAATCCATGTGAGTGCCCCAAGTCCTATTTCGTGGTACTCGGAGATGGGCTAACGCAGCGGGGTGTTGCGTCGTCCTAGGGGTTAGCATGACTAATTGCTTCAATGACGTTTGCCATCGTGATTCACACACCGCTGATCTTGGCAGCTTCAGGCCCAAATGAAAAACAGTCTCTCTATCCGCGCTCCGGACTAATATTGCAACTCCGATGC
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ACCACACTGGCTGCCCGGAGGCTTAATCAAGATTCAACCGGCTGACGGCTTTACCAAGACAATCAGGGTGGCGCACGCTCCAGCCGGCCTATCAACTTATCTGAATATTGTCTTCTTATACACCCAAACTCTTTTGTCTTCCTGTTTACGTTGGATGGATTGGCGTTTCGTTGGAAATTCCAGCATCCGGGATGACAACGCACCTTCACATTCCTGATATTCACTGCAAACAAGCGTGCGATAGCGCCTT
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GCTCGACAAGGAGTTCTATTTGAGATCCATGTACACCCAGGAATCACCCCTGTCGAGCAAATCGGTGTGCAGCACACTCTAGCCTCGGCTCGACAGTGACAGAAAGTCACCCGTCTTAATATCAATGTAGTCAAAGCCGCGGAGCGCCGCCAGCCGGCGGCCAAGGCCCCTTGGGTGACGCGGAACACCGAGGGGTTCATGCCGCCCCTTTCGATCTCATTTTTGATACGTACTGTAGGAATCAGAGGTA
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AGAAGCAACACCCGACTAGGCGTTTCTTAACAGGGCGAACCGCGTCTTAAGATCAGAGTACCTTACCTTAACACCTCTGGGCCGGCAGACCCGCTTAGTCGAATCAGTATAGTTGAAAACATTTCTGTTCGGTCGCACCATGTAATGCTTGCGGCTGCCCATTAAGGAGACGTAAATTATGGAGATTCCCGTTAGAATTTTCTTCGATAGTCATATGCCCGGTTCACGTCAAAGCACCCGAGGACCTGTA
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CCCGAGTCACCCTGTGGAGTGTGTAAGTTTAGCCTTTTTCTGCATCTTCCCCTCTCTTACGCGGTAATCTAGGGATTAAGTCAGTTCGTGAATAGTAGCCGCGCAAGTACCTTGGTCTTGATACAAGACCTGTATCACTGGAGTGCAAGCCGCCTAAGAAGAGTAAGGAAACTTCCCCAAAGTGGTACCCATAGAATCTCGCGACATACTACGACAAGCAAATGACCTACCTGCGGGTTATACGTTTACA
832
 
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CGACCCCGGTTAGAACTTCAATCGTTCAACAGGGCTAATCATACCCTTCTAAACAACGGGCCGCAGACTTACTGTCCACCACCGTTGCAGTTTAGGGTAGGCACCGCCCCACGTCCCATCCCACACTTAAACCCATACGCATACTTTCCCTGCGATGGGACGGGTTACACCACCGAGCAGGGAGCTAATGCTTTCGATCTCCACGACCTCAAACCTGAAGGGGCCACTGACTGTGGCAGTGGGAGTATTC
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GATCGTGAGCGGGAACTATCTCAGGTCAAGGCAAAAATCCTCATACTTCCGCATCTATTAAGTCGTCGTTCTGGATCACGGCGGCCTGCTCGCGCTCTACCCTCGCTCATGATTAACCAGAGATTACTTTATCTTAAGGAGTACCAGGTCTAGGTTGAATGAAAAGGTCGTATGCTTAAGAATAAATTCGCTAAGTGGGCGGCCACACTACCAGCTGGTGTCCACCCACTGGTTGGCGGACTCTGGATGA
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GCGTCGCTACTCCGTATGAAAACGGAGTTATTGCGGTTTGTGACTAGACTCCTTTCAGACTAGCATGAAATTCGAGTCTAGTCGGTATCAATCATCACCCATTGATACGGAGCAGTCCACTATTTCACTCTATCTCAAGTATCCAACATGCCGAGTAATACCTAGGAGGTACATATGGCGCTGGGCATTTTCTGTTGGCAGGAAAGACACGGACTGCGACCTGTAACTGAATAAACGTGTAAACTGTAGA
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CTGACGAAAAGATAATGTATCGCGTTAGGAGTTTTTCGTATGTGCGCGCTAGCTGCGAGTCACGGGTGCCTAGATGACGAAAGCATCTCAGAAATTGAGCGTGAGCGGTACAGCGTAATCGCGGTCAAACGTCTACCACCACATCACATTGACATATACGTGAAGAGAGTTATGTTGATAATGATAAGAAATCCCCGGCAGTATCTCGCAAGGTTACAAGAAGTGACTAATACCACTAGGATGAGCCCAG
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AGTGCCTTTATGTAATGAGCCTGAATGTCAGGCTTTGCCCACTACAGGGCATTCACTCTACGCAACGACGCGTGCCTACAAGCAGGCCGAGATTAGCGTATCTTAGTTGACCCCGTCTTCCCTTTACGGTATCGATCGCTTCGGCTTGTTAACTACAGGCCGCTTGATCGAGCTGCAGTGAACGATACGACATCAGTGTGCCTTTTCTCCTGTGTGTTGATTTCGGTCCTGGCTAACGTTTAATCTACAT
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CTATGTATTTACTAAATGCTAGGTATATGACAGAACGAGGAGGTCGAGGCTCGACTCGAGCTGCGATGGCTAGCCATTCTCCAAACCGCGATCGTGAGTACTAAAAGCAAGAAGAGATCGGTCTTAATCGCTCGTGAAACACAATGACTCACAGTCTGTTGCGCCAAGGAATCTTGGATGCAATAGGCTCCGATGCTGTTGAGAATAACAGGCGTTACTAACTACAGCCTATGTGTCCCGGCCCCACTTA
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CATACCGGCCACTAGTGAGTCTCGCAACCCACAAACCGGCGCCGCACGTCTCGGGGCATGTAACGAGACTCTGTCGTTTACTCAACATTTTTGCCATCCGCAGGTCTGACCATGTCGGTGCGAAAAATAGCTCAGTTGAATAAAGACCAGATTTTTAGTTCTCTGCCCAACCTCCGGGACCGGGCTCGTTATGAGTGAGGATGGATGTGACCGTACTGGAACTTAATTCCTGCTGTTAGATACGTCACGT
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GAGAAATTGACGGGTCAGTACGTTATGACAGTCGTAGCTCGAGACTTGACACGACATGTCTTTACATACCTAATAGGACTTTCGAACCACAGAATCAGTCCTAGTGTAAACCGGGTACCACTAATGGCTATGGCCGCCGTCCTAGCGACAAACCCAGTCGGCGGTAGCGCGTGGTTACTGAACCAGCGCTTTGATGGCTAGTCAACCCATGTCCCAGTATAATTCTTTTTGTCTGCCTGGGGGAATACAC
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TAACCGGAGATAGGACTCACCGGTCCTAACTGACCAGGGGCATAACATCAGGTTTAACACACTCATAGGCTTACCCGTGGTGCGTCCGGCAGCAATAGATTCCAGCAAATCCTGTACTACCTGAAAAACTTCATCCGAGGGCCACTTGACACGCCCAACCCCTACGAACTCGCTGGTCTTAACCGCATGCCCACAAGATAATAACATTGATTGACTCATTGCGCTAAAGACCTCGTTTACGCTAAATTCG
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TGGCAAGAGTTACTCACTTCCATTGAGTTCGCTTACTCAGCGGCTAAAATGGATTTCTGACTTCGCCGTTGGGTGCCGTTCAATCATCAATTCTAAGCTTGCAAGCGTCATTCCTTCTAAAGACGGTCTCCTGACCAGATTTATACGAGGGCGAATCTCGTCATCCCGATAACTATCGGGCCTTGAATGAAGATGAGAACGTACGGTCGTAATGCATAATTATCGATTCAAAGAGGACCTGCTGGGGGTG
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853
 
CCGCTCCACGTTGATACGTCCAAATGGGGGCAATGAAGCGTTCCCTGAGTCCACAACACGAACTACAGCTAGAATAAACTTACACTTGATTCGCTTACGAAGCCAAATTCGACTTTACACGCTTCCGCTCGGAATGTTTGCGCATAAACGTCTATAGACAGCGTGTATTAGGTCACTTATAGTATGCCCGAAAATAACTACGTATCTTCCGTTCTTCAACTTTGGGGGACACTCCTGAGGACGTTATGAC
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TACTTCCCTAGAGGTCTGAAACAGGGGCGCAGATTTGTTTCGGGCAACCTGCACCCGGGCCATAATCTTGGGGGACGGTGCATATTTGGAGTGGATGGAGGGGTCGGGGGCAATGCAGTTAAATTGCTGTATCGATAAGACACCCTAGCCTGCGGGTTGGGGTGGAAGGCTAGAAAACCGCTATCTGAAGGGGGATGGTTCTAGCTCTGGGGTCCCAGACTGCATCTGGCAGCGGATCTTTAGATTACGA
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ATGTTAATACCTACATACCTTTTGCCCTCCAAGAACTTCCTCACCTCGAAAGGATCCGTTTCGTCTATAGGAGCAGTGTTCGGTCCGAAAAATGAATTTGTGAGTGACGAGCGAGCCACGACGGGCCACCCCCGCCCATAGATCAGGCAGCTATGTTCCAGAACTCGTTACGAACGCTTACCTCGAAGCTTTACGACCCTGAACCTACCGTAGTGGTTGCTAGATCGCACGGATTATTGACCATTTCCGA
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GTAGTTGCCCAACCCTCATGGAAGCTGAGTCACTCCTCTGCATCTGTCGGCCCGTCTGCGATGATGGCCTATCTACGCTTGAGCCTCGTGGCAGGCACTATTGGAGGTGTGCTCGATTGCACGTAGGAGTTGACTTCATTTTGTCCATGTCGATATAGGAAATGCACCAGTTGATAAGGTGTGTTTCCATTCTACCCGACTATATAAAGTGCGCGTCTGAGGCCCGTAGATCTCACACCCACTTTTCAAT
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CGTTGGTCCCCAAACTGTAATAGACTCCGCGCTGTGTGGCATCATCCGGCAGTAGGTTATTGAGAGCTTGAATGACTACAGTGTAGGAGATCTGTAGCCCATCGTGCTCGACTTTGCTCACTCCCCTATTTACCCGACATGGAAACGACCCCAGCTTTATGACAAGCGCGCTGGGCACGACACGGCCATTAAATACTCTCGGTGTAAGAAATTGTCTAATATCCGATGTGTGCGAGAACTAAATATAGTC
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CCAAATTGTTTCAGCTGGCGATCATGACGAGGATACTAGAAGGCCGCTATGGCCATTTCCTAGCTCGGCATCCGGGTCCCACATGGAGTAGTCGATCACTCTAACTAACATTAGCCACCGTTTGCTCAGCCGTTCCCTGAGGACTCCGAGCAATTTCCGCTGAAGTTGGTGAGGAGCTTCATACTACGGCGAGCTTAATGATTTATGTTACTCCTGGCATCTCGTCCTTTGCTGACTTAGGTCCGTCCGT
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CGAAACCCGCATGGTATTGGTATCTGGCCTATACAATATAGGCTCGATGTGAGGCTTTGGGTTACTGCACAGCCTCTGTTCCTCGTACGGCAACACAGGCTCTTCATACATCCATGTGAGTTGATTCATTCTCCTCCTGTGTTTAACTCATCACTAGAATCTACGGTCACCCATCCCGGCTCTTCGGTTTCTGCGTGTCCTCCATTCTAGCTGGTTGCAGCGTCGCGCAATGACCCAACCCAACTTCATC
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CAACATCACGGCCCTATCCAGGACTAAGGATGCTAATGGCTAGTCCCTTCACGACAGAGGTAGTATGAGATTAGGAACTTGCTCAGCCAGGCGAGCGACCGGGATGGGCTCATCCTGCAGCCTGGAACCTTGACCCTCCTAGTTGATCACATAAATTGGGTCTAGAGTACGAGGCAACACCACTGGCTGGCCCGGCGCGGTTCACTCGGGCTCTATACCGGATATTGATATATTAGTGAGTTCCCGACTG
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TCTGCTTGATTCACCCAGTGGGACAGATAGCCTAAGTGCCTCTGTTGACTTGCGGGGAAGTCCAATGGGTCAAGTTCGAAGTGGCCCGCATTACTACTCCTCTGTTTCTCCGCGCGGACCGTTAGATTCTCGGTTGAACTTGCCACGCGGTTCATCGAAACGCAACATATGATTCCCCGTCATGCGGAGAGGCCATTGCCAGGCCATGTCGTAACCCCTTTCAGTAGAACTTAAAGTTAACAACACGGGG
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TGTATGAATTGGCACGACCGTGGTCAGAGTTGGTACGGCAAAAGAATGGGCGTAAGAAAGCGGGATCATAGTGTCCTTCAGGCTGCCAGGACTAAGCCACCCTCGGGTACCAAACACCAATAGTTAGAATGTCGCAGTTAGTTGGCGCTTAATCTAGCTGGCCCGACTTCGAATATCCTCGGGATTGGGCGAAAGCTTTCCGGGCTGGAGCTCTGCACCATACATGAATACGAGCCGTCACGTTATACTT
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AGCCGTGGAGTATCTGCTACCTGATGAACTTTAATACTGACTTCGATGCCGCAGGTGGCTTAGGGGTACTTGACTATCTGCGATCTAAAGTCCGGAAGCACATGTTGATAGGAGCGCAGCGTCTTTACGGGATCGAAACCTCCTCCACCCCAGAGGATAGTTAGGGGCAGGTGGAATCTCCGTCTAGTCGTAGACCGCACTTAATTTCCTTGTGATCTGGCACACTTTAAATGTGTCTGGGTCATAACCG
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ATAGCCTACTGAGCTCTTCCTGAGGATAGGACTGTGCTACGTTTATGATCTAGGCTCGCCGGAAATTAGTGTGGAAGTTCTAAGGGCCCCGGCAATGCGCCTACCTGGACCCGGCGTCGCACAAGGAGACTACCACCAACGCGTTGAGAGAGAGGCTTCGACACCTACGTTTAGGACGTCTCAGCCAGTCTATGATTTCTGGGGGCCTAGGCATCTGGTGTAGGGACTCTTGCACCTTAAACGTGACCTT
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CATTAGACTTTCCCCGTGTGTGGTTGTATGAGCTGCCGGGAATCGAGACATCCGACCCCTGCGGATTTGGCCATATTGTGCGAGGAATGTACACCATAGGGTCCAACACCCCACCGTAGCCTTAGTCCAGGTTACCAACGATCTCGACCTAGTAGCGATGATCCTCCACGCTTGTTAGCGGACAAGTTCTATGCTAATGAGAGTTGCGGTCCAATACACCTTCCCAGCCCGTCCGCTATATGCGGTCGAA
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TCGCGTTTACTTTTGAACAGGGGGTTAGGGATCGTACTTGTTTTTTTAGTGCCCTCGCCTTGGCCCCTCGTCTTAGGCCCAAACAACTATGCAGCCTCCGCACCGTACGTAGATCATCTAGGTCCACGACGGAAGGGGGAGATACCTCGTAAATCATGGCAACTCACAAGTATACTGGGCGCTTCACAAGCGGGATGAAAGCAATGCGTACTTCGGTTCCGGAGCGCAGTTATCGGGTGCGTCCCGAAGT
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GCCTAGCGTATTTTGACATTCTACCAATCGATCATACAGACGATGCGAGAAGTTAAATTCTAGTTACAAACAGAACTGGAAAGGGAGCGGTGACGAGTCAGTGGCACGTAGAAAGCTCGGTATAGGCGAAGACTTGGGAACGAACCCCTAGCGGGGAAAGGCACTCACAATAGCCCATCAAGAACGAGCCCGTGTCATTGAATAAAAATGTTCACACGAGTAGGAATAGGAATCCTGTTGAATGCAAACC
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TCTGGTGACCACTGTAAATCTCTCGCTCGAGAGCCTTGAAAAGTAATAGATACAGTTCTTCGAACCTCCGGACCCCGAGGCGTGGAGCGTACTCACAATCCTCGATGGTCTGTTAGGACTATCGATCACGACATATCCCATTTACGCGATGGCTCCTCTATGTTGTCCTTTCGCCTCGCGTGAGCCCTATAGAATGATCTGGTGTCAAGGCGAGCACAGATCTCGCAGGCTCTACGACGAGCACACTGTT
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ATGGTTCTAGCAGTTGTCATTCTTACGGTGTCGGATCATGCACGTACGCATGGCGCGGTCAGAAACAGGTGCGGACATTTCCCCGAGCGACAGGATAGAGTGCGAGGCGAACCTGCAAAAATTACAACGTGCACAGCCCTTGCGTACCGTCCATGTTTCGATCCGCTTTTTGTGCTTCAAGTCTGGAGCTAGTCCAGAACGGATCGCGTCCGCCAGACTGCTCACTGGAGTAGGGCTAATTACCTACCGC
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CGCCCTAATATGAGAGCGATCAGACCGAAACTACCTCCGTCAGAGCAGGCTAACAGCAGTTACCACAACCCTCAGCGAGTATCTTTTTGCCTGTTGGTAATGCCTGATATCTAGGTACTAGCAATACTGTTAAACTAAGGTCAAGGTAAGATTGCCGAGACTAATTAGTGCGACTGTTCGACGCGCAGCCTCTAGTATCGGAAGATAGCGTATCATGAGCGGGGGACTGGCATCTGCCCGTCCGGGCAGA
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TACGGCTTACTCCGAGGCTCCAACGTATGGCGTGGTTACATAGGCCATTGGTTGACGCCTACCAGGACAGCTCCGCGGTCCAGGAAGGGACCCTAGACACTGCCCAGGGGATCAATCCCGGATGTTATGCCGATATGCCCAGAATACCGCGGCGGGAAGAGGCAAGTGAAGTTTTGGCCGCTGGGGTAACGTCCAGGCTACGTTCAGCGGTCTCGGCTTTATACAGCAACTCTTCGTTCGCAACGTTCCA
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TACGGCTTACTCCGAGGCTCCAACGTATGGCGTGGTTACATAGGCCATTGGTTGACGCCTACCAGGACAGCTCCGCGGTCCAGGAAGGGACCCTAGACACTGCCCAGGGGATCAATCCCGGATGTTATGCCGATATGCCCAGAATACCGCGGCGGGAAGAGGCAAGTGAAGTTTTGGCCGCTGGGGTAACGTCCAGGCTACGTTCAGCGGTCTCGGCTTTATACAGCAACTCTTCGTTCGCAACGTTCCA
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TACGGCTTACTCCGAGGCTCCAACGTATGGCGTGGTTACATAGGCCATTGGTTGACGCCTACCAGGACAGCTCCGCGGTCCAGGAAGGGACCCTAGACACTGCCCAGGGGATCAATCCCGGATGTTATGCCGATATGCCCAGAATACCGCGGCGGGAAGAGGCAAGTGAAGTTTTGGCCGCTGGGGTAACGTCCAGGCTACGTTCAGCGGTCTCGGCTTTATACAGCAACTCTTCGTTCGCAACGTTCCA
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CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCGCCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACCAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCCCGTACCACCGGAGTTTTTCACACTGCTTCATGCGAAGCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCAGTATACGGCAGGTTCTCCACGCGTTACTCACCCG
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CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTCGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGCCCATCTCATAGCGGATTACTCCTTTAATTGCTACTTCATGCGAAGCTACAATCTTATGCGGTATTAATCTCCCTTTCGGAAGGCTATTCCCCTCTATGAGGTCAGGTTG
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CTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTAGACATCGTCGCCACGGTGGGCCGTTACCCCGCCGTCAAGCTAATGTCACGCGAGCCTATCCTCATCCGACGGATCTTTAGATGGAACCAGATGCCTGATTCCATCGCCATGGGGCATTAGACGCCGTTTCCAGCGATTATTCCCCTGATGAGGGCAAGTTGCTCACGCG
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TTGGTCCGTGTCTCAGTACCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGTCGGTTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTGCCTAATGGAACGCATGCCTATCTATCAGCGATGAATCTTTAGCAAATATCCCCATGCGGGGCCCCTGCTTCATGCGGTATTAGTCCGACTTTCGCCGGGTTATCCCCTCCTGATAGGTAAGTTGCATACGCGTTACTTCACCCGTCGCGG
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TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGGTTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTGCCTAATGCGCCGCATGCCCATCCTCCACCGGTAATCCTTTCCTCCCCCGGGGATGCCCCCAAGGGATATACGCGGGATTAGCCTCCCTTTCGGAAGGTTGTCCCCCTGTGGAGGGCAGGTTGCATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCAGTCGCCGGCAGAGAG
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>PC.593_22 FLP3FBN01APRWO orig_bc=AGCAGCACTTGT new_bc=AGCAGCACTTGT bc_diffs=0
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TTGGGCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGCCTCGGTGGGCCGTTACCCCGCCGACTAGCTAATGCGCCGCATGGCCATCCGCAGCCGATAAATCTTTAAACATCGGGAGATGCCTCCCAACGTTCTTACGCGGTATTAGACGGAATTTCTTCCGCTTATCCCCCTGCTGCGGGCAGGTTCCATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGG
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>PC.634_23 FLP3FBN01C645E orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
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CTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAACCTAATGGAACGCATCCCATCGATGACCGAAGTTCTTTAATAGTTCTACCATGCGGAAGAACTATGCCATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTCATCGGCAGGTTGGATACGCGTTACTCACCCGTGCGCCAGTCG
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>PC.634_24 FLP3FBN01A2K0Q orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
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TTGGTCCGTGTCTCAGTACCAATGTGGGGGGTTAACCTCTCAGTCCCCCTATGTATCGTGGTCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACTAACTAATACAACGCATGCCCATCCATTACCACCGGAGTTTTCAACCCAAGAAGATGCCTCCCTGGATGTTATGGGGTATTAGTACCGATTTCTCAGTGTTATCCCCCTGTAATGGGTAGGTTGCATACGCGTTACGCACCCGTGCGCCGGTCGCCAT
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>PC.634_25 FLP3FBN01DJY30 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
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TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCGCCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCTCATACCACCGGAGTTTTTGCCGCTGCACCATGCGGTGCTGTGGCCTTATGCGGTATTAGCAGCCATTTCTGGCTGTTATCCCCCTGTATGAGGCAGGTTGCCCACG
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>PC.355_26 FLP3FBN01EB63O orig_bc=AACTCGTCGATG new_bc=AACTCGTCGATG bc_diffs=0
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TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTACCTAATCAGACGCGGGTCCATCCTGTACCACCGGAGTTTTTCACACCGGACCATGCGGTCCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTAACTGTTGTCCCCCTGTACAGGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACT
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1752
 
>r12 PC.635_570
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CTGGGCCGTATCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCTACCAACTAGCTAATCAGACGCGAGGCCATCTCTCAGCGATAAATCTTTGATATATCTGCCATGCGACAAACATATATTATGCGGTATTAGCAGTCGTTTCCAACTGTTGTCCCCCTCTGAAAGGCAGGTTCCT
1754
 
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1756
 
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1758
 
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1760
 
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1762
 
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1764
 
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1774
 
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1776
 
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>r131 PC.354_987
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1780
 
>r132 PC.354_984
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1784
 
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1785
 
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1786
 
>r135 PC.634_213
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1788
 
>r136 PC.354_462
1789
 
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1790
 
>r137 PC.607_529
1791
 
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1792
 
>r138 PC.354_1097
1793
 
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1794
 
>r139 PC.354_1091
1795
 
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTTGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACCAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCCCGCACCACCGGAGTTTTTCACACCGCTTCATGCGAAGCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTCCCCCAGTGCGGGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCG
1796
 
>r14 PC.607_541
1797
 
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTAGGTGAGCCTTTACCTCACCTACTAGCTAATACAACGCAGGTCCATCTGGTAGTGATGCAGTTGCATCTTTCAAACTTCAATCATGCAATCAAAGATATTATGCGGTATTAGCTATCGTTTCCAATAGTTATCCCCCGCTACCAGGCAGG
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>r140 PC.607_274
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1800
 
>r141 PC.481_1069
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>r142 PC.607_278
1803
 
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1804
 
>r143 PC.356_828
1805
 
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1806
 
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1807
 
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>r145 PC.635_320
1809
 
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1810
 
>r146 PC.607_50
1811
 
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1812
 
>r147 PC.636_558
1813
 
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1814
 
>r148 PC.355_122
1815
 
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCTCCAACCAGCTAATCAGACGCGGGTCCATCCTGTACCACCGGAGTTTTTCACACTGTACCATGCGGTACTGTGCGCTTATGCGGTTTTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCTGTACAGGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAAG
1816
 
>r149 PC.635_931
1817
 
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTGCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAAGCTAATCAGACGCGGAACCATCGTATACCACCGGAGTTTTTCACACTTTATCATGCGATCTCGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTAACTGTTATCCCCCTGTATGAGGCAGGTTACCCACGCGTT
1818
 
>r15 PC.356_1131
1819
 
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCCCATACCACCGGAGTTTTTCACACAATCCCATGCGGGATTGGGCGCTTATGCGGTTTTAGCACCTGTTTCCAGGTGTTATCCCCCGGTATGGGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAGGTT
1820
 
>r150 PC.481_1018
1821
 
CTGGGCCGTATCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCTACCAACTACCTAATCAGACGCGGGCCCATCTTACACCACCGGAGTTTTTACCTCAGAACCATGCGGTTCCGCGGTCTTATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTAGCTGTTATCCCCCTGTGTAAGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCG
1822
 
>r151 PC.636_1032
1823
 
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1824
 
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1826
 
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1828
 
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1830
 
>r155 PC.607_1036
1831
 
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1832
 
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1834
 
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1836
 
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1837
 
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1840
 
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1841
 
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1842
 
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1844
 
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1852
 
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1853
 
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1856
 
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1857
 
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1860
 
>r169 PC.481_338
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1864
 
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1865
 
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1866
 
>r171 PC.635_119
1867
 
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACCAGCTAATCAGACGCGGGTCCATCCCGTACCACCGGAGTTTTCAAGAAAGAAACATGCGTCCCCTTCTGTTATGCGGTATTAGCACCTGTTTCCAGGTGTTATCCCCCGGTACGGGGCAGGTTCCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAACTCATACAT
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>r172 PC.593_1268
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1870
 
>r173 PC.593_1305
1871
 
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1872
 
>r174 PC.636_604
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1874
 
>r175 PC.634_133
1875
 
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1876
 
>r176 PC.634_134
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1878
 
>r177 PC.593_450
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1880
 
>r178 PC.634_139
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1882
 
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1884
 
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1886
 
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1890
 
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1892
 
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1893
 
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1894
 
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1896
 
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1898
 
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1900
 
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1901
 
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1902
 
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1903
 
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1904
 
>r189 PC.356_863
1905
 
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1906
 
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1907
 
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1908
 
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1909
 
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1910
 
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1912
 
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1914
 
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1915
 
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1916
 
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1917
 
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1920
 
>r196 PC.356_435
1921
 
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1922
 
>r197 PC.635_566
1923
 
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1924
 
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1925
 
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1926
 
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1927
 
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1929
 
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1930
 
>r20 PC.607_530
1931
 
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1932
 
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1933
 
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1934
 
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1935
 
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1936
 
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1938
 
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1941
 
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1944
 
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1945
 
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1946
 
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1947
 
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1948
 
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1949
 
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1950
 
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1951
 
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1952
 
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1953
 
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1954
 
>r31 PC.481_71
1955
 
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1956
 
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1957
 
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1961
 
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1968
 
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1969
 
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1970
 
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1971
 
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1972
 
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1973
 
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1974
 
>r40 PC.607_752
1975
 
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1976
 
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1977
 
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1978
 
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1979
 
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1980
 
>r43 PC.354_518
1981
 
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1982
 
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1983
 
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTAGCTAATCAGACGCGAGGCCATCTTCCAGCGATAAATCTTTGACATTCAAACCATGCGATTCAAATGTGTCATGCGGTATTAGCAGTCGTTTCCAACTGTTGTCCCCCTCTGGAAGGCAGGTTCCTCACGCG
1984
 
>r45 PC.593_1053
1985
 
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCAACCTCTCAGTCCGGCTACCGATCGTCGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCACCAACTACCTAATCGGACGCGAGCCCATCTTTCAGCGGATTGCTCCTTTGATTATCCTACCATGCGATAAGATAATGTCATGCGGTATTAGCGTTCGTTTCCAAACGTTATCCCCCTCTGAAAGGCAGGTTGCTCACGCGTTACT
1986
 
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1987
 
CTGGGCCGTATCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCATTACCCTACCAACTAGCTAATCAGACGCGAGTCCATCTCAGAGCGATAAATCTTTGGCAATCAGTACCATGCGATACAATTGCATTATGCGGTATTAGCACAGCTTTCGTTGTGTTATTCCCCACTCCAAGGCAGGTT
1988
 
>r47 PC.354_334
1989
 
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCTTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTGGCTAATCAGACGCGGATCCATCGTATACCACCGGAGTTTTTCACACTGTTCCATGCGGAACCGTGCGCTTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCTGTATACGGCAGGTTATCCACGCGTTACTCACCCGTCCG
1990
 
>r48 PC.354_729
1991
 
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGCCGGCTGCTGATCGTCGCTTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTGGCTAATCAGACGCGGGCCCATCCTGTACCACCGGAGTTTTCAAAGGATTACCATGCGGTATTCCCTATTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCGGTACAGGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTAAG
1992
 
>r49 PC.636_402
1993
 
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1994
 
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1995
 
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1996
 
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1997
 
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1998
 
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2000
 
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2001
 
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2002
 
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2004
 
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2008
 
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>r97 PC.354_773
2099
 
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCTTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTGGCTAATCAGACGCGGGTCCATCTTATACCACCGGAGTTTTTCACACACTACCATGCGGTACTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCAGTGCAAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCG
2100
 
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CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGCCCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTCTACCCCGCCAACAAGCTAATCAGACGCGGGTCCATCGTATACCACCGGAGTTTTTCACACCAGACCATGCGATCCTGTGCGCTTATGCGGTTTTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCTGTACAGGCCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCG
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