← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to qiime_test_data/split_libraries/Split_Library_Run2_Output/split_library_log.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
qiime_test_data/split_libraries/Split_Library_Run2_Output/split_library_log.txt
 
1
Number raw input seqs   4
 
2
 
 
3
Length outside bounds of 200 and 1000   0
 
4
Num ambiguous bases exceeds limit of 6  0
 
5
Missing Qual Score      0
 
6
Mean qual score below minimum of 25     0
 
7
Max homopolymer run exceeds limit of 6  0
 
8
Num mismatches in primer exceeds limit of 0: 0
 
9
 
 
10
Sequence length details for all sequences passing quality filters:
 
11
Raw len min/max/avg     244.0/276.0/255.5
 
12
Wrote len min/max/avg   211.0/243.0/222.5
 
13
 
 
14
Barcodes corrected/not  0/0
 
15
Uncorrected barcodes will not be written to the output fasta file.
 
16
Corrected barcodes will be written with the appropriate barcode category.
 
17
Corrected but unassigned sequences will not be written unless --retain_unassigned_reads is enabled.
 
18
 
 
19
Total valid barcodes that are not in mapping file       0
 
20
Sequences associated with valid barcodes that are not in the mapping file will not be written.
 
21
 
 
22
Barcodes in mapping file
 
23
Num Samples     3
 
24
Sample ct min/max/mean: 1 / 2 / 1.33
 
25
Sample  Sequence Count  Barcode
 
26
PC.634  2       ACAGAGTCGGCT
 
27
PC.354  1       AGCACGAGCCTA
 
28
PC.481  1       ACCAGCGACTAG
 
29
PC.593  0       AGCAGCACTTGT
 
30
PC.636  0       ACGGTGAGTGTC
 
31
PC.635  0       ACCGCAGAGTCA
 
32
PC.356  0       ACAGACCACTCA
 
33
PC.607  0       AACTGTGCGTAC
 
34
PC.355  0       AACTCGTCGATG
 
35
 
 
36
Total number seqs written       4
 
 
b'\\ No newline at end of file'