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Viewing changes to doc/tutorials/fungal_its_analysis.rst

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
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Lines of Context:
doc/tutorials/fungal_its_analysis.rst
 
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.. _fungal_its_tutorial:
 
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Fungal ITS analysis tutorial (an IPython Notebook): open-reference OTU picking
 
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This tutorial is provided as an IPython Notebook. See the `Fungal ITS analysis tutorial IPython Notebook <http://nbviewer.ipython.org/urls/raw.github.com/qiime/qiime/master/examples/ipynb/Fungal-ITS-analysis.ipynb>`_, and follow the steps either in your own IPython Notebook, or just using QIIME from the command line.
 
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.. warning::
 
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        The links in the above notebook won't work as they represent the output of one specific run of the notebook. You can download the notebook ``.ipynb`` file to run it on your own notebook server from the page linked above (see ``Download notebook`` link on the top-right of that page).
 
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For more information on using QIIME with IPython, see `our recent paper here <http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/full/ismej2012123a.html>`_. You can find more information on the `IPython Notebook here <http://ipython.org/ipython-doc/stable/interactive/htmlnotebook.html>`_, and the `nbviewer tool (which we use to display the notebook) here <http://nbviewer.ipython.org/>`_.