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Viewing changes to qiime_test_data/split_libraries/split_libraries_output_revprimer/split_library_log.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
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Lines of Context:
qiime_test_data/split_libraries/split_libraries_output_revprimer/split_library_log.txt
 
1
Number raw input seqs   4
 
2
 
 
3
Length outside bounds of 200 and 1000   0
 
4
Num ambiguous bases exceeds limit of 6  0
 
5
Missing Qual Score      0
 
6
Mean qual score below minimum of 25     0
 
7
Max homopolymer run exceeds limit of 6  0
 
8
Num mismatches in primer exceeds limit of 0: 0
 
9
 
 
10
Number of sequences with identifiable barcode but without identifiable reverse primer: 1
 
11
 
 
12
-z truncate_only option enabled; sequences without a discernible reverse primer as well as sequences with a valid barcode not found in the mapping file may still be written.
 
13
 
 
14
Sequence length details for all sequences passing quality filters:
 
15
Raw len min/max/avg     244.0/276.0/255.5
 
16
Wrote len min/max/avg   178.0/243.0/197.0
 
17
 
 
18
Barcodes corrected/not  0/0
 
19
Uncorrected barcodes will not be written to the output fasta file.
 
20
Corrected barcodes will be written with the appropriate barcode category.
 
21
Corrected but unassigned sequences will not be written unless --retain_unassigned_reads is enabled.
 
22
 
 
23
Total valid barcodes that are not in mapping file       0
 
24
Sequences associated with valid barcodes that are not in the mapping file will not be written.
 
25
 
 
26
Barcodes in mapping file
 
27
Num Samples     3
 
28
Sample ct min/max/mean: 1 / 2 / 1.33
 
29
Sample  Sequence Count  Barcode
 
30
PC.634  2       ACAGAGTCGGCT
 
31
PC.354  1       AGCACGAGCCTA
 
32
PC.481  1       ACCAGCGACTAG
 
33
PC.593  0       AGCAGCACTTGT
 
34
PC.636  0       ACGGTGAGTGTC
 
35
PC.635  0       ACCGCAGAGTCA
 
36
PC.356  0       ACAGACCACTCA
 
37
PC.607  0       AACTGTGCGTAC
 
38
PC.355  0       AACTCGTCGATG
 
39
 
 
40
Total number seqs written       4
 
 
b'\\ No newline at end of file'