← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/qiime/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/scripts/make_fastq.rst

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-06-17 18:28:26 UTC
  • mfrom: (9.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130617182826-376az5ad080a0sfe
Tags: 1.7.0+dfsg-1
Upload preparations done for BioLinux to Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/scripts/make_fastq.rst
2
2
 
3
3
.. index:: make_fastq.py
4
4
 
5
 
*make_fastq.py* -- Make fastq file for ERA submission from paired fasta and qual files
 
5
*make_fastq.py* -- Make FASTQ file for ERA submission from paired FASTA and QUAL files
6
6
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
7
7
 
8
8
**Description:**
9
9
 
10
 
The ERA currently requires a separate fastq file for each library, split by library id. This code takes the output from `split_libraries.py <./split_libraries.html>`_ and the corresponding qual files, pulls the qual info by id, and writes everything either to one file or to per-library files.
11
 
 
12
 
The fastq format for each record is as follows:
13
 
 
14
 
- @seq_id [and optional description]
15
 
- seq as bases + [optionally with repeat of seq_id and repeat line]
16
 
- qual scores as string of chr(33+qual)
17
 
 
 
10
The ERA currently requires a separate FASTQ file for each library, split by library id. This code takes the output from `split_libraries.py <./split_libraries.html>`_ and the corresponding QUAL files and produces ERA-compatible FASTQ files.
18
11
 
19
12
 
20
13
**Usage:** :file:`make_fastq.py [options]`
29
22
        -f, `-`-input_fasta_fp
30
23
                Path to the input fasta file
31
24
        -q, `-`-qual
32
 
                Names of qual files, comma-delimited
 
25
                Names of QUAL files, comma-delimited
33
26
        
34
27
        **[OPTIONAL]**
35
28
                
41
34
 
42
35
**Output:**
43
36
 
44
 
This script creates separate fastq files for each library.
 
37
Matches QUAL info to FASTA entries by id, and writes FASTQ output to one file or to per-library files.
 
38
 
 
39
The FASTQ format for each record is as follows:
 
40
 
 
41
@seq_id [and optional description]
 
42
seq as bases
 
43
+ [and optionally with repeat of seq_id and repeat line]
 
44
qual scores as string of chr(33+qual)
 
45
 
45
46
 
46
47
 
47
48
**Example:**
48
49
 
49
 
Take input fasta file input_fasta_filepath and qual file input_qual_filepath: make separate file for each library (with the -s option: assumes that the fasta file is the output of `split_libraries.py <./split_libraries.html>`_ or similar script):
 
50
Take input FASTA file input_fasta_filepath and QUAL file input_qual_filepath: make separate file for each library (with the -s option: assumes that the FASTA file is the output of `split_libraries.py <./split_libraries.html>`_ or similar script):
50
51
 
51
52
::
52
53
 
53
 
        make_fasta.py -f input_fasta_filepath -q input_qual_filepath -s
 
54
        make_fastq.py -f $PWD/seqs.fna -q $PWD/Fasting_Example.qual -s
54
55
 
55
56