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  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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doc/Section_packages.html
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</P>
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<DIV ALIGN=center><TABLE  BORDER=1 >
46
46
<TR ALIGN="center"><TD >Package</TD><TD > Description</TD><TD > Author(s)</TD><TD > Doc page</TD><TD > Example</TD><TD > Library</TD></TR>
47
 
<TR ALIGN="center"><TD >ASPHERE</TD><TD > aspherical particles</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_14">Section_howto</A></TD><TD > ellipse</TD><TD > -</TD></TR>
 
47
<TR ALIGN="center"><TD >ASPHERE</TD><TD > aspherical particles</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_14">Section_howto 6.14</A></TD><TD > ellipse</TD><TD > -</TD></TR>
48
48
<TR ALIGN="center"><TD >BODY</TD><TD > body-style particles</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "body.html">body</A></TD><TD > body</TD><TD > -</TD></TR>
49
49
<TR ALIGN="center"><TD >CLASS2</TD><TD > class 2 force fields</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "pair_class2.html">pair_style lj/class2</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
50
50
<TR ALIGN="center"><TD >COLLOID</TD><TD > colloidal particles</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "atom_style.html">atom_style colloid</A></TD><TD > colloid</TD><TD > -</TD></TR>
 
51
<TR ALIGN="center"><TD >CORESHELL</TD><TD > adiabatic core/shell model</TD><TD > Hendrik Heenen (Technical U of Munich)</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_25">Section_howto 6.25</A></TD><TD > coreshell</TD><TD > -</TD></TR>
51
52
<TR ALIGN="center"><TD >DIPOLE</TD><TD > point dipole particles</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "pair_dipole.html">pair_style dipole/cut</A></TD><TD > dipole</TD><TD > -</TD></TR>
52
53
<TR ALIGN="center"><TD >FLD</TD><TD > Fast Lubrication Dynamics</TD><TD > Kumar & Bybee & Higdon (1)</TD><TD > <A HREF = "pair_lubricateU.html">pair_style lubricateU</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
53
 
<TR ALIGN="center"><TD >GPU</TD><TD > GPU-enabled potentials</TD><TD > Mike Brown (ORNL)</TD><TD > <A HREF = "Section_accelerate.html#acc_6">Section accelerate</A></TD><TD > gpu</TD><TD > lib/gpu</TD></TR>
54
 
<TR ALIGN="center"><TD >GRANULAR</TD><TD > granular systems</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_6">Section_howto</A></TD><TD > pour</TD><TD > -</TD></TR>
 
54
<TR ALIGN="center"><TD >GPU</TD><TD > GPU-enabled styles</TD><TD > Mike Brown (ORNL)</TD><TD > <A HREF = "accelerate_gpu.html">Section accelerate</A></TD><TD > gpu</TD><TD > lib/gpu</TD></TR>
 
55
<TR ALIGN="center"><TD >GRANULAR</TD><TD > granular systems</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_6">Section_howto 6.6</A></TD><TD > pour</TD><TD > -</TD></TR>
55
56
<TR ALIGN="center"><TD >KIM</TD><TD > openKIM potentials</TD><TD > Smirichinski & Elliot & Tadmor (3)</TD><TD > <A HREF = "pair_kim.html">pair_style kim</A></TD><TD > kim</TD><TD > KIM</TD></TR>
 
57
<TR ALIGN="center"><TD >KOKKOS</TD><TD > Kokkos-enabled styles</TD><TD > Trott & Edwards (4)</TD><TD > <A HREF = "accelerate_kokkos.html">Section_accelerate</A></TD><TD > kokkos</TD><TD > lib/kokkos</TD></TR>
56
58
<TR ALIGN="center"><TD >KSPACE</TD><TD > long-range Coulombic solvers</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "kspace_style.html">kspace_style</A></TD><TD > peptide</TD><TD > -</TD></TR>
57
59
<TR ALIGN="center"><TD >MANYBODY</TD><TD > many-body potentials</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "pair_tersoff.html">pair_style tersoff</A></TD><TD > shear</TD><TD > -</TD></TR>
58
60
<TR ALIGN="center"><TD >MEAM</TD><TD > modified EAM potential</TD><TD > Greg Wagner (Sandia)</TD><TD > <A HREF = "pair_meam.html">pair_style meam</A></TD><TD > meam</TD><TD > lib/meam</TD></TR>
59
61
<TR ALIGN="center"><TD >MC</TD><TD > Monte Carlo options</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "fix_gcmc.html">fix gcmc</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
60
 
<TR ALIGN="center"><TD >MOLECULE</TD><TD > molecular system force fields</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_3">Section_howto</A></TD><TD > peptide</TD><TD > -</TD></TR>
61
 
<TR ALIGN="center"><TD >OPT</TD><TD > optimized pair potentials</TD><TD > Fischer & Richie & Natoli (2)</TD><TD > <A HREF = "Section_accelerate.html#acc_4">Section accelerate</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
 
62
<TR ALIGN="center"><TD >MOLECULE</TD><TD > molecular system force fields</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_3">Section_howto 6.3</A></TD><TD > peptide</TD><TD > -</TD></TR>
 
63
<TR ALIGN="center"><TD >OPT</TD><TD > optimized pair styles</TD><TD > Fischer & Richie & Natoli (2)</TD><TD > <A HREF = "accelerate_opt.html">Section accelerate</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
62
64
<TR ALIGN="center"><TD >PERI</TD><TD > Peridynamics models</TD><TD > Mike Parks (Sandia)</TD><TD > <A HREF = "pair_peri.html">pair_style peri</A></TD><TD > peri</TD><TD > -</TD></TR>
63
65
<TR ALIGN="center"><TD >POEMS</TD><TD > coupled rigid body motion</TD><TD > Rudra Mukherjee (JPL)</TD><TD > <A HREF = "fix_poems.html">fix poems</A></TD><TD > rigid</TD><TD > lib/poems</TD></TR>
64
66
<TR ALIGN="center"><TD >REAX</TD><TD > ReaxFF potential</TD><TD > Aidan Thompson (Sandia)</TD><TD > <A HREF = "pair_reax.html">pair_style reax</A></TD><TD > reax</TD><TD >  lib/reax</TD></TR>
65
 
<TR ALIGN="center"><TD >REPLICA</TD><TD > multi-replica methods</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_5">Section_howto</A></TD><TD > tad</TD><TD > -</TD></TR>
 
67
<TR ALIGN="center"><TD >REPLICA</TD><TD > multi-replica methods</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "Section_howto.html#howto_5">Section_howto 6.5</A></TD><TD > tad</TD><TD > -</TD></TR>
66
68
<TR ALIGN="center"><TD >RIGID</TD><TD > rigid bodies</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "fix_rigid.html">fix rigid</A></TD><TD > rigid</TD><TD > -</TD></TR>
67
69
<TR ALIGN="center"><TD >SHOCK</TD><TD > shock loading methods</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "fix_msst.html">fix msst</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
 
70
<TR ALIGN="center"><TD >SNAP</TD><TD > quantum-fit potential</TD><TD > Aidan Thompson (Sandia)</TD><TD > <A HREF = "pair_snap.html">pair snap</A></TD><TD > snap</TD><TD > -</TD></TR>
68
71
<TR ALIGN="center"><TD >SRD</TD><TD > stochastic rotation dynamics</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "fix_srd.html">fix srd</A></TD><TD > srd</TD><TD > -</TD></TR>
69
72
<TR ALIGN="center"><TD >VORONOI</TD><TD > Voronoi tesselations</TD><TD > Daniel Schwen (LANL)</TD><TD > <A HREF = "compute_voronoi_atom.html">compute voronoi/atom</A></TD><TD > -</TD><TD > Voro++</TD></TR>
70
73
<TR ALIGN="center"><TD >XTC</TD><TD > dumps in XTC format</TD><TD > -</TD><TD > <A HREF = "dump.html">dump</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
84
87
<P>(3) The KIM package was created by Valeriu Smirichinski, Ryan Elliott,
85
88
and Ellad Tadmor (U Minn).
86
89
</P>
 
90
<P>(4) The KOKKOS package was created primarily by Christian Trott
 
91
(Sandia).  It uses the Kokkos library which was developed by Carter
 
92
Edwards, Christian, and collaborators at Sandia.
 
93
</P>
87
94
<P>The "Doc page" column links to either a portion of the
88
95
<A HREF = "Section_howto.html">Section_howto</A> of the manual, or an input script
89
96
command implemented as part of the package.
117
124
<TR ALIGN="center"><TD >USER-AWPMD</TD><TD > wave-packet MD</TD><TD > Ilya Valuev (JIHT)</TD><TD > <A HREF = "pair_awpmd.html">pair_style awpmd/cut</A></TD><TD > USER/awpmd</TD><TD > -</TD><TD > lib/awpmd</TD></TR>
118
125
<TR ALIGN="center"><TD >USER-CG-CMM</TD><TD > coarse-graining model</TD><TD > Axel Kohlmeyer (Temple U)</TD><TD > <A HREF = "pair_sdk.html">pair_style lj/sdk</A></TD><TD > USER/cg-cmm</TD><TD > <A HREF = "http://lammps.sandia.gov/pictures.html#cg">cg</A></TD><TD > -</TD></TR>
119
126
<TR ALIGN="center"><TD >USER-COLVARS</TD><TD > collective variables</TD><TD > Fiorin & Henin & Kohlmeyer (3)</TD><TD > <A HREF = "fix_colvars.html">fix colvars</A></TD><TD > USER/colvars</TD><TD > <A HREF = "colvars">colvars</A></TD><TD > lib/colvars</TD></TR>
120
 
<TR ALIGN="center"><TD >USER-CUDA</TD><TD > NVIDIA GPU styles</TD><TD > Christian Trott (U Tech Ilmenau)</TD><TD > <A HREF = "Section_accelerate.html#acc_7">Section accelerate</A></TD><TD > USER/cuda</TD><TD > -</TD><TD > lib/cuda</TD></TR>
 
127
<TR ALIGN="center"><TD >USER-CUDA</TD><TD > NVIDIA GPU styles</TD><TD > Christian Trott (U Tech Ilmenau)</TD><TD > <A HREF = "accelerate_cuda.html">Section accelerate</A></TD><TD > USER/cuda</TD><TD > -</TD><TD > lib/cuda</TD></TR>
121
128
<TR ALIGN="center"><TD >USER-EFF</TD><TD > electron force field</TD><TD > Andres Jaramillo-Botero (Caltech)</TD><TD > <A HREF = "pair_eff.html">pair_style eff/cut</A></TD><TD > USER/eff</TD><TD > <A HREF = "http://lammps.sandia.gov/movies.html#eff">eff</A></TD><TD > -</TD></TR>
122
129
<TR ALIGN="center"><TD >USER-FEP</TD><TD > free energy perturbation</TD><TD > Agilio Padua (U Blaise Pascal Clermont-Ferrand)</TD><TD > <A HREF = "fix_adapt.html">fix adapt/fep</A></TD><TD > USER/fep</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
 
130
<TR ALIGN="center"><TD >USER-INTEL</TD><TD > Vectorized CPU and Intel(R) coprocessor styles</TD><TD > W. Michael Brown (Intel)</TD><TD > <A HREF = "accelerate_intel.html">Section accelerate</A></TD><TD > examples/intel</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
123
131
<TR ALIGN="center"><TD >USER-LB</TD><TD > Lattice Boltzmann fluid</TD><TD > Colin Denniston (U Western Ontario)</TD><TD > <A HREF = "fix_lb_fluid.html">fix lb/fluid</A></TD><TD > USER/lb</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
124
132
<TR ALIGN="center"><TD >USER-MISC</TD><TD > single-file contributions</TD><TD > USER-MISC/README</TD><TD > USER-MISC/README</TD><TD > -</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
125
133
<TR ALIGN="center"><TD >USER-MOLFILE</TD><TD > <A HREF = "http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd">VMD</A> molfile plug-ins</TD><TD > Axel Kohlmeyer (Temple U)</TD><TD > <A HREF = "dump_molfile.html">dump molfile</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD><TD > VMD-MOLFILE</TD></TR>
126
 
<TR ALIGN="center"><TD >USER-OMP</TD><TD > OpenMP threaded styles</TD><TD > Axel Kohlmeyer (Temple U)</TD><TD > <A HREF = "Section_accelerate.html#acc_5">Section accelerate</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
 
134
<TR ALIGN="center"><TD >USER-OMP</TD><TD > OpenMP threaded styles</TD><TD > Axel Kohlmeyer (Temple U)</TD><TD > <A HREF = "accelerate_omp.html">Section accelerate</A></TD><TD > -</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
127
135
<TR ALIGN="center"><TD >USER-PHONON</TD><TD > phonon dynamical matrix</TD><TD > Ling-Ti Kong (Shanghai Jiao Tong U)</TD><TD > <A HREF = "fix_phonon.html">fix phonon</A></TD><TD > USER/phonon</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
128
 
<TR ALIGN="center"><TD >USER-QMMM</TD><TD > QM/MM coupling</TD><TD > Axel Kohlmeyer (Temple U)</TD><TD > <A HREF = "fix_qmmm.html">fix qmmm</A></TD><TD > lib/qmmm/example1</TD><TD > -</TD><TD > lib/qmmm</TD></TR>
 
136
<TR ALIGN="center"><TD >USER-QMMM</TD><TD > QM/MM coupling</TD><TD > Axel Kohlmeyer (Temple U)</TD><TD > <A HREF = "fix_qmmm.html">fix qmmm</A></TD><TD > USER/qmmm</TD><TD > -</TD><TD > lib/qmmm</TD></TR>
 
137
<TR ALIGN="center"><TD >USER-QUIP</TD><TD > QM/MM coupling</TD><TD > Albert Bartok-Partay (U Cambridge)</TD><TD > <A HREF = "fix_quip.html">fix quip</A></TD><TD > USER/quip</TD><TD > -</TD><TD > lib/quip</TD></TR>
129
138
<TR ALIGN="center"><TD >USER-REAXC</TD><TD > C version of ReaxFF</TD><TD > Metin Aktulga (LBNL)</TD><TD > <A HREF = "pair_reax_c.html">pair_style reaxc</A></TD><TD > reax</TD><TD > -</TD><TD > -</TD></TR>
130
139
<TR ALIGN="center"><TD >USER-SPH</TD><TD > smoothed particle hydrodynamics</TD><TD > Georg Ganzenmuller (EMI)</TD><TD > <A HREF = "USER/sph/SPH_LAMMPS_userguide.pdf">userguide.pdf</A></TD><TD > USER/sph</TD><TD > <A HREF = "http://lammps.sandia.gov/movies.html#sph">sph</A></TD><TD > -</TD></TR>
131
140
<TR ALIGN="center"><TD >
378
387
<LI><A HREF = "compute_fep.html">compute fep</A>
379
388
<LI><A HREF = "pair_lj_soft.html">soft pair styles</A> 
380
389
</UL>
381
 
<P>The person who created this package is Agilio Padua at Université
 
390
<P>The person who created this package is Agilio Padua at Universite
382
391
Blaise Pascal Clermont-Ferrand (agilio.padua at univ-bpclermont.fr)
383
392
Contact him directly if you have questions.
384
393
</P>
385
394
<HR>
386
395
 
 
396
<H4>USER-INTEL package 
 
397
</H4>
 
398
<P>This package provides options for performing neighbor list and
 
399
non-bonded force calculations in single, mixed, or double precision
 
400
and also a capability for accelerating calculations with an
 
401
Intel(R) Xeon Phi(TM) coprocessor.
 
402
</P>
 
403
<P>See this section of the manual to get started:
 
404
</P>
 
405
<P><A HREF = "Section_accelerate.html#acc_9">Section_accelerate</A>
 
406
</P>
 
407
<P>The person who created this package is W. Michael Brown at Intel
 
408
(michael.w.brown at intel.com).  Contact him directly if you have questions.
 
409
</P>
 
410
<HR>
 
411
 
387
412
<H4>USER-LB package 
388
413
</H4>
389
414
<P>This package contains a LAMMPS implementation of a background