← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/hexadecane/moltemplate_files/ch3group.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/hexadecane/moltemplate_files/ch3group.lt
1
 
 
2
 
import "alkanes.lt"   # <-- Defines the atoms and force-field used for Alkanes
3
 
 
4
 
 
5
 
CH3 inherits Alkanes {
6
 
 
7
 
  # atom-id  mol-id atom-type   charge      x            y               z
8
 
 
9
 
  write("Data Atoms") {
10
 
    $atom:C  $mol:... @atom:c3 -0.180   0.000000     0.000000          0.000000
11
 
    $atom:H1 $mol:... @atom:h1  0.060   0.000000   0.6310438442242609 0.8924307629540046
12
 
    $atom:H2 $mol:... @atom:h1  0.060   0.000000   0.6310438442242609 -0.8924307629540046
13
 
    $atom:H3 $mol:... @atom:h1  0.060  -0.8924307629540046 -0.6310438442242609 0.000000
14
 
  }
15
 
 
16
 
  #  Note: The "..." in "$mol:..." tells moltemplate that this molecule may
17
 
  #        be a part of a larger molecule, and (if so) to use the larger
18
 
  #        parent object's molecule id number as it's own.
19
 
  #        The CH3 group is part of the Hexadecane molecule.
20
 
 
21
 
  # Now specify which pairs of atoms are bonded:
22
 
  # bond-id   bond-type   atom-id1  atom-id2
23
 
 
24
 
  write('Data Bonds') {
25
 
    $bond:b1 @bond:CH  $atom:C $atom:H1
26
 
    $bond:b2 @bond:CH  $atom:C $atom:H2
27
 
    $bond:b3 @bond:CH  $atom:C $atom:H3
28
 
  }
29
 
 
30
 
} # CH3
31
 
 
32
 
 
33
 
 
34
 
# Atom charges for this example were taken from the OPLSAA force field file:
35
 
# http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm
36
 
 
37
 
######### (scratchwork calculations for the atomic coordinates) #########
38
 
# Lcc = 1.5350 # length of the C-C bond (Sp3)
39
 
# Lch = 1.0930 # length of the C-H bond
40
 
# theta=2*atan(sqrt(2)) # ~= 109.5 degrees = tetrahedronal angle (C-C-C angle)
41
 
# DeltaXc = Lcc*sin(theta/2)  # = 1.2533222517240594
42
 
# DeltaYc = Lcc*cos(theta/2)  # = 0.8862326632060754
43
 
#                             # 0.5*DeltaYc = 0.4431163316030377
44
 
# DeltaZh = Lch*sin(theta/2)  # = 0.8924307629540046
45
 
# DeltaYh = Lch*cos(theta/2)  # = 0.6310438442242609
46