← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/MARTINI_examples/DPPC_bilayer_preformed/moltemplate_files/lipid.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/MARTINI_examples/DPPC_bilayer_preformed/moltemplate_files/lipid.lt
 
1
DPPC {
 
2
 
 
3
  write_once("In Init") {
 
4
    units           real
 
5
    atom_style      full
 
6
    bond_style      hybrid harmonic
 
7
    angle_style     hybrid cosine/squared 
 
8
    dihedral_style  none
 
9
    improper_style  none
 
10
    #pair_style      hybrid lj/charmm/coul/charmm  9 12 0.000001 12  
 
11
    pair_style      hybrid lj/gromacs/coul/gromacs  9 12 0.000001 12  
 
12
    special_bonds   lj/coul 0 1 1
 
13
    dielectric      15
 
14
    neigh_modify    every 10
 
15
  }
 
16
 
 
17
  write("Data Atoms") {
 
18
    $atom:1  $mol:. @atom:Q0  1.0   2.67583  4.37417  19.25
 
19
    $atom:2  $mol:. @atom:Qa -1.0  -0.73417  1.85417  20.00
 
20
    $atom:3  $mol:. @atom:Na  0.0  -0.91417  0.15417  16.72
 
21
    $atom:4  $mol:. @atom:Na  0.0   0.23583 -3.23583  16.96
 
22
    $atom:5  $mol:. @atom:C1  0.0  -1.26417  2.19417  12.94
 
23
    $atom:6  $mol:. @atom:C1  0.0   1.49583  1.71417  9.46
 
24
    $atom:7  $mol:. @atom:C1  0.0   2.82583  2.79417  5.04
 
25
    $atom:8  $mol:. @atom:C1  0.0   5.77583  6.29417  3.62
 
26
    $atom:9  $mol:. @atom:C1  0.0  -0.89417 -3.84583  12.6
 
27
    $atom:10 $mol:. @atom:C1  0.0   0.11583 -3.19583  7.75
 
28
    $atom:11 $mol:. @atom:C1  0.0  -2.90417 -3.64583  3.99
 
29
    $atom:12 $mol:. @atom:C1  0.0  -6.41417 -5.45583  1.81
 
30
  }
 
31
  write("Data Bonds") {
 
32
    $bond:b1    @bond:Bo   $atom:1  $atom:2
 
33
    $bond:b2    @bond:Bo   $atom:2  $atom:3
 
34
    $bond:b3    @bond:Short $atom:3  $atom:4
 
35
    $bond:b4    @bond:Bo   $atom:3  $atom:5
 
36
    $bond:b5    @bond:Bo   $atom:5  $atom:6
 
37
    $bond:b6    @bond:Bo   $atom:6  $atom:7
 
38
    $bond:b7    @bond:Bo   $atom:7  $atom:8
 
39
    $bond:b8    @bond:Bo   $atom:4  $atom:9
 
40
    $bond:b9    @bond:Bo   $atom:9  $atom:10
 
41
    $bond:b10   @bond:Bo   $atom:10 $atom:11
 
42
    $bond:b11   @bond:Bo   $atom:11 $atom:12
 
43
  }
 
44
  write("Data Angles") {
 
45
    $angle:a1   @angle:An1  $atom:1   $atom:2   $atom:3
 
46
    $angle:a2   @angle:An2  $atom:2   $atom:3   $atom:5
 
47
    $angle:a3   @angle:An2  $atom:2   $atom:3   $atom:4
 
48
    $angle:a4   @angle:An2  $atom:4   $atom:3   $atom:5
 
49
    $angle:a5   @angle:An1  $atom:3   $atom:4   $atom:9
 
50
    $angle:a6   @angle:An1  $atom:3   $atom:5   $atom:6
 
51
    $angle:a7   @angle:An1  $atom:5   $atom:6   $atom:7
 
52
    $angle:a8   @angle:An1  $atom:6   $atom:7   $atom:8
 
53
    $angle:a9   @angle:An1  $atom:4   $atom:9   $atom:10
 
54
    $angle:a10  @angle:An1  $atom:9   $atom:10  $atom:11
 
55
    $angle:a11  @angle:An1  $atom:10  $atom:11  $atom:12
 
56
  }
 
57
  write_once("Data Masses") {
 
58
    @atom:Q0  72.0
 
59
    @atom:Qa  72.0
 
60
    @atom:Na  72.0
 
61
    @atom:C1  72.0
 
62
  }
 
63
  write_once("In Settings") {
 
64
    pair_coeff @atom:Q0 @atom:Q0 lj/gromacs/coul/gromacs  0.8365200764818 4.7
 
65
    pair_coeff @atom:Q0 @atom:Qa lj/gromacs/coul/gromacs  1.0755258126195 4.7
 
66
    pair_coeff @atom:Q0 @atom:Na lj/gromacs/coul/gromacs  0.9560229445507 4.7
 
67
    pair_coeff @atom:Q0 @atom:C1 lj/gromacs/coul/gromacs  0.4780114722753 6.2
 
68
    pair_coeff @atom:Qa @atom:Qa lj/gromacs/coul/gromacs  1.1950286806883 4.7
 
69
    pair_coeff @atom:Qa @atom:Na lj/gromacs/coul/gromacs  0.9560229445507 4.7
 
70
    pair_coeff @atom:Qa @atom:C1 lj/gromacs/coul/gromacs  0.4780114722753 6.2
 
71
    pair_coeff @atom:Na @atom:Na lj/gromacs/coul/gromacs  0.9560229445507 4.7
 
72
    pair_coeff @atom:Na @atom:C1 lj/gromacs/coul/gromacs  0.6453154875717 4.7
 
73
    pair_coeff @atom:C1 @atom:C1 lj/gromacs/coul/gromacs  0.8365200764818 4.7
 
74
    bond_coeff @bond:Bo           harmonic              1.4937858508604 4.7 
 
75
    bond_coeff @bond:Short        harmonic              1.4937858508604 3.7
 
76
    angle_coeff  @angle:An1       cosine/squared        2.9875717017208 180 
 
77
    angle_coeff  @angle:An2       cosine/squared        2.9875717017208 120 
 
78
  }
 
79
} #DPPC