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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/run.in.npt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/run.in.npt
1
 
# PREREQUISITES:
2
 
#
3
 
#     You must use moltemplate.sh to create 3 files:
4
 
#        system.data  system.in.init  system.in.settings
5
 
#     (Follow the instructions in README_setup.sh, or run it using ./README_sh.)
6
 
 
7
 
# ------------------------------- Initialization Section --------------------
8
 
 
9
 
include         "system.in.init"
10
 
 
11
 
# ------------------------------- Atom Definition Section -------------------
12
 
 
13
 
read_data       "system.data"
14
 
 
15
 
# OPLSAA atom charges are stored in a separate file.
16
 
# Load that file now:
17
 
 
18
 
include         "system.in.charges"
19
 
 
20
 
# ------------------------------- Settings Section --------------------------
21
 
 
22
 
include         "system.in.settings"
23
 
 
24
 
# ------------------------------- Run Section -------------------------------
25
 
 
26
 
 
27
 
# -- minimization protocol --
28
 
 
29
 
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100000 400000
30
 
 
31
 
# -- simulation protocol --
32
 
 
33
 
timestep        1.0
34
 
 
35
 
print "---------------------------------------------------------------------------"
36
 
print "First, use Langevin dynamics to randomize the initial shape of the molecules"
37
 
print "(This is not really necessary, but it seems to speed up equilibration.)"
38
 
print "---------------------------------------------------------------------------"
39
 
 
40
 
fix fxlan all langevin  300.0 300.0  120  123456  # temp: 300 K
41
 
fix fxnph all nph  iso 50.0 50.0 1000.0   # pressure: 50 barr
42
 
run 2000
43
 
unfix fxlan
44
 
unfix fxnph
45
 
 
46
 
print "---------------------------------------------------------------------------"
47
 
print "--- Now continue the simulation using a Nose-Hoover Thermostat/Barostat ---"
48
 
print "---------------------------------------------------------------------------"
49
 
dump            1 all custom 1000 traj_npt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
50
 
# temperature: 300 K, pressure: 50 barr
51
 
fix             fxnpt all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 50.0 50.0 1000.0 drag 1.0
52
 
thermo          100
53
 
#thermo_modify  flush yes
54
 
 
55
 
run             100000
56
 
 
57
 
write_data   system_after_npt.data