← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/special_bonds.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/special_bonds.html
171
171
of 1.0).  If the <I>dihedral</I> keyword is specified as <I>no</I> which is the
172
172
default, then the 2,5 interaction will also be weighted by 0.5.
173
173
</P>
174
 
<P>The <I>extra</I> keyword is used when additional bonds will be created
 
174
<P>The <I>extra</I> keyword can be used when additional bonds will be created
175
175
during a simulation run, e.g. by the <A HREF = "fix_bond_create.html">fix
176
176
bond/create</A> command.  It can also be used if
177
177
molecules will be added to the system, e.g. via the <A HREF = "fix_deposit.html">fix
178
178
deposit</A>, or <A HREF = "fix_pour.html">fix pour</A> commands, which
179
179
will have atoms with more special neighbors than any atom in the
180
 
current system has.  A list of 1-2,1-3,1-4 neighbors for each atom is
181
 
calculated and stored by LAMMPS.  If new bonds are created (or
182
 
molecules added with atoms with more special neighbors), the list
183
 
needs to grow.  Using the <I>extra</I> keyword leaves empty space in the
184
 
list for N additional bonds to be added.  If you do not do this, you
185
 
may get an error when bonds (or molecules) are added.
 
180
current system has.  
 
181
</P>
 
182
<P>IMPORTANT NOTE: LAMMPS stores and maintains a data structure with a
 
183
list of the 1st, 2nd, and 3rd neighbors of each atom (within the bond
 
184
topology of the system).  If new bonds are created (or molecules added
 
185
containing atoms with more special neighbors), the size of this list
 
186
needs to grow.  Note that adding a single bond always adds a new 1st
 
187
neighbor but may also induce *many* new 2nd and 3rd neighbors,
 
188
depending on the molecular topology of your syste.  Using the <I>extra</I>
 
189
keyword leaves empty space in the list for this N additional 1st, 2nd,
 
190
or 3rd neighbors to be added.  If you do not do this, you may get an
 
191
error when bonds (or molecules) are added.
186
192
</P>
187
193
<P>IMPORTANT NOTE: If you reuse this command in an input script, you
188
194
should set all the options you need each time.  This command cannot be