← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_OPLSAA/ethylene+benzene_PACKMOL/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_OPLSAA/ethylene+benzene_PACKMOL/README.TXT
 
1
 
 
2
This is an example of how to use the OPLSAA force-field in LAMMPS
 
3
(using moltemplate.sh and Jason Lambert's oplsaa_moltemplate.py conversion tool)
 
4
 
 
5
This example also shows how to use moltemplate in combination with PACKMOL.
 
6
(PACKMOL is a useful program for generating atomic coordinates. In this example,
 
7
 moltemplate.sh is only used to create the topology, force-field and charges,
 
8
 and PACKMOL generates the coordinates, which moltemplate reads (in "step 1").
 
9
 Moltemplate can also be used for generating atomic coordinates, especially
 
10
 for mixing many small molecules together, as we do in this example.  However 
 
11
 I wanted to demonstrate how to combine PACKMOL with moltemplate.sh.
 
12
 In some other scenarios, such as protein solvation, PACKMOL does a much
 
13
 better job than moltemplate.)
 
14
 
 
15
As of 2014-12-19, this code has not been tested for accuracy.
 
16
(See the WARNING.TXT file.)
 
17
 
 
18
step 1)
 
19
To build the files which LAMMPS needs, follow the instructions in:
 
20
README_setup.sh
 
21
 
 
22
step 2)
 
23
To run LAMMPS with these files, follow these instructions:
 
24
README_run.sh