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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_OPLSAA/ethylene+benzene/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_OPLSAA/ethylene+benzene/README_setup.sh
 
1
# -------- REQUIREMENTS: ---------
 
2
#  You must define your MOLTEMPLATE_PATH environment variable
 
3
#  and set it to the "common" subdirectory of your moltemplate distribution.
 
4
#  (See the "Installation" section in the moltemplate manual.)
 
5
 
 
6
 
 
7
# Create LAMMPS input files this way:
 
8
cd moltemplate_files
 
9
 
 
10
  # Create the "oplsaa.lt" file which moltemplate will need
 
11
 
 
12
  cd oplsaa_lt_generator/
 
13
  ./oplsaa_moltemplate.py  oplsaa_subset.prm
 
14
  mv -f oplsaa.lt ..
 
15
  cd ..
 
16
 
 
17
  # run moltemplate
 
18
 
 
19
  moltemplate.sh system.lt
 
20
 
 
21
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
 
22
  # Move them to the directory where you plan to run LAMMPS (in this case "../")
 
23
  mv -f system.data system.in* ../
 
24
 
 
25
  # Optional:
 
26
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
 
27
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
 
28
  rm -rf output_ttree/
 
29
 
 
30
  # Optional:
 
31
  # Delete the "oplsaa.lt" file:
 
32
  rm -f oplsaa.lt
 
33
 
 
34
cd ../