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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/membrane_BranniganPRE2005/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/membrane_BranniganPRE2005/run.in.nvt
 
1
# ------------------------------- Initialization Section --------------------
 
2
 
 
3
include         system.in.init
 
4
 
 
5
# ------------------------------- Atom Definition Section -------------------
 
6
 
 
7
 
 
8
# Normally, I would minimize the system and equilibrate the system at constant
 
9
# pressure and temperature beforehand.  If you run lammps with "run.in.npt",
 
10
# it will generate a data file "system_after_npt.data" with reasonable
 
11
# coordinates at that temperature and pressure.  Then we could load it now:
 
12
#
 
13
#read_data    system_after_npt.data
 
14
 
 
15
read_data       system.data
 
16
 
 
17
# ------------------------------- Settings Section --------------------------
 
18
 
 
19
include         system.in.settings
 
20
 
 
21
# ------------------------------- Run Section -------------------------------
 
22
 
 
23
 
 
24
timestep      6.0  # The time-step in Watson et. al 2011 was 0.002*3ps = 6fs
 
25
dump          1 all custom 5000 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
 
26
 
 
27
 
 
28
thermo_style  custom step temp pe etotal vol epair ebond eangle
 
29
thermo        1000  # time interval for printing out "thermo" data
 
30
 
 
31
 
 
32
fix fxlan all langevin 300.0 300.0 120 48279
 
33
fix fxnve all nve
 
34
 
 
35
# Note: The energy scale "epsilon" = 2.75kJ/mole = 330.7485200981 Kelvin*kB.
 
36
#       So a temperature of 300.0 Kelvin corresponds to 0.907033536873*epsilon.
 
37
# Note: The langevin damping parameter "120" corresponds to 
 
38
#       the 0.12ps damping time used in Watson et. al JCP 2011.
 
39
 
 
40
#restart       1000000
 
41
 
 
42
run           1000000
 
43
 
 
44
write_data system_after_nvt.data
 
45