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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/benzene/optional_cleanup/README_remove_irrelevant_info.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/benzene/optional_cleanup/README_remove_irrelevant_info.sh
 
1
  # MOST USERS CAN IGNORE THIS FILE
 
2
  #
 
3
  # Unfortunately, as of 2014-4-19, the system.data and system.in.settings file
 
4
  # which are created by moltemplate.sh contain a lot of irrelevant information,
 
5
  # such as definition of parameters for atom types not present in the current
 
6
  # system.  This extra information takes up about 1 MB.
 
7
  #
 
8
  # This appears to be harmless.
 
9
  # (Loading this extra information does not seem to slow down LAMMPS.)
 
10
  #
 
11
  # --------- OPTIONAL STEPS FOR STRIPPING OUT JUNK ---------
 
12
  #
 
13
  # However if you want to eliminate this junk from these files
 
14
  # For now, we can strip this out using ltemplify.py to build a new .lt file.
 
15
  #
 
16
  # I suggest you do this in a temporary_directory
 
17
 
 
18
  mkdir new_lt_file
 
19
  cd new_lt_file/
 
20
 
 
21
  # now run ltemplify.py
 
22
 
 
23
  ltemplify.py ../system.in.init ../system.in.settings ../system.data > system.lt
 
24
  rm -rf ../system.data ../system.in*  # these old lammps files no longer needed
 
25
 
 
26
  # This creates a new .LT file named "system.lt" in the local directory.
 
27
 
 
28
  # The ltemplify.py script also does not copy the boundary dimensions.
 
29
  # We must do this manually.
 
30
  # If you did NOT throw away the "Data Boundary" file usually located in
 
31
  # "moltemplate_files/output_ttree/Data Boundary"
 
32
  # then you can copy that information from this file into system.lt
 
33
 
 
34
  echo "write_once(\"Data Boundary\") {" >> system.lt
 
35
  cat "../moltemplate_files/output_ttree/Data Boundary" >> system.lt
 
36
  echo "}" >> system.lt
 
37
  echo "" >> system.lt
 
38
  # Now, run moltemplate on this new .LT file.
 
39
  moltemplate.sh system.lt
 
40
  # This will create: "system.data" "system.in.init" "system.in.settings."
 
41
 
 
42
  # That's it.  The new "system.data" and system.in.* files should
 
43
  # be ready to run in LAMMPS.
 
44
 
 
45
  # Now copy the system.data and system.in.* files to the place where
 
46
  # you plan to run moltemplate
 
47
  mv -f system.data system.in.* ../
 
48
  cd ../
 
49
 
 
50
  # Now delete all of the temporary files we generated
 
51
  rm -rf new_lt_file/
 
52