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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/3bodyWater+hydrocarbons_MW+TraPPE/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/3bodyWater+hydrocarbons_MW+TraPPE/README.TXT
 
1
# -------- REQUIREMENTS: ---------
 
2
# 1) This example requires the "MANYBODY" package.
 
3
#    As of 2012-9, it is included by default, but this may change in the future.
 
4
#    If lammps complains of a missing pair style enter "make yes-MANYBODY"
 
5
#    into the shell before compiling lammps.  For details see:
 
6
#   http://lammps.sandia.gov/doc/Section_start.html#start_3
 
7
This is a relatively complex example containing two different types of
 
8
molecules, and a hybrid of Lennard-Jones and 3-body SW "pair" styles.
 
9
 
 
10
The cyclododecane molecule uses the 
 
11
TraPPE force field for hydrocarbon chains.  
 
12
The parameters for the TraPPE force field are
 
13
in a file named "trappe1998.lt" which should be
 
14
located in the MOLTEMPLATE_PATH.
 
15
(See moltemplate installation instructions.)
 
16
 
 
17
The water solvent is implemented using the 3-body single-particle 
 
18
coarse-grained "mW" water model:
 
19
Molinero, V. and Moore, E.B., J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4008-4016
 
20
 
 
21
More detailed instructions on how to build LAMMPS input files and 
 
22
run a short simulation are provided in other README files.
 
23
 
 
24
step 1)
 
25
README_setup.sh
 
26
 
 
27
step 2)
 
28
README_run.sh