← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/qeq/log.qeq.reaxc.8Sep14.linux.4

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/qeq/log.qeq.reaxc.8Sep14.linux.4
 
1
LAMMPS (5 Sep 2014)
 
2
# This example demonstrates the use of various fix qeq variants with pair reax/c
 
3
# You can comment in/out various versions below
 
4
#
 
5
# 1) Fix qeq/shielded generates the same results compared to fix qeq/reax when
 
6
#    used with pair_style reax/c, provided that the QEq parameters are the same.
 
7
#
 
8
# 2) Fix qeq/point and fix qeq/dynamic generate comparable results provided that
 
9
#    the QEq parameters are the same.  These two styles can also be used with
 
10
#    pair_style reax/c.
 
11
 
 
12
units           real
 
13
atom_style      charge
 
14
 
 
15
read_data       data.CHO
 
16
  orthogonal box = (0 0 0) to (25 25 25)
 
17
  1 by 2 by 2 MPI processor grid
 
18
  reading atoms ...
 
19
  105 atoms
 
20
 
 
21
pair_style      reax/c NULL checkqeq no
 
22
pair_coeff      * * ffield.reax.cho H C O
 
23
 
 
24
neighbor        1 bin
 
25
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
 
26
 
 
27
group           type1 type 1
 
28
60 atoms in group type1
 
29
compute         charge1 type1 property/atom q
 
30
compute         q1 type1 reduce ave c_charge1
 
31
group           type2 type 2
 
32
25 atoms in group type2
 
33
compute         charge2 type2 property/atom q
 
34
compute         q2 type2 reduce ave c_charge2
 
35
group           type3 type 3
 
36
20 atoms in group type3
 
37
compute         charge3 type3 property/atom q
 
38
compute         q3 type3 reduce ave c_charge3
 
39
variable        qtot equal count(type1)*c_q1+count(type2)*c_q2+count(type3)*c_q3
 
40
 
 
41
thermo_style    custom step pe c_q1 c_q2 c_q3 v_qtot
 
42
thermo          1
 
43
 
 
44
velocity        all create 300.0 1281937
 
45
fix             1 all nve
 
46
 
 
47
fix             2 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq.reax
 
48
#fix             2 all qeq/shielded 1 10.0 1e-6 400 param.qeq1
 
49
#fix             2 all qeq/point 1 10.0 1e-6 400 param.qeq1
 
50
#fix             2 all qeq/dynamic 1 10.0 1e-3 100 param.qeq1
 
51
 
 
52
timestep        0.25
 
53
 
 
54
run             10
 
55
Memory usage per processor = 11.1055 Mbytes
 
56
Step PotEng q1 q2 q3 qtot 
 
57
       0   -10226.557  0.095633887  -0.15658751 -0.091167271 -1.110223e-15 
 
58
       1   -10225.583  0.095556773  -0.15641189  -0.09115546 -4.4408921e-16 
 
59
       2   -10222.838  0.095491109  -0.15626315 -0.091144385 -1.3322676e-15 
 
60
       3   -10218.529  0.095435154  -0.15613758 -0.091133492 -4.4408921e-16 
 
61
       4   -10212.978  0.095388557  -0.15603363 -0.091123632 -1.7763568e-15 
 
62
       5   -10206.591  0.095347386  -0.15594266 -0.091113837 1.110223e-15 
 
63
       6   -10199.824  0.095311782   -0.1558644  -0.09110485 -1.110223e-15 
 
64
       7   -10193.143  0.095275616  -0.15578453 -0.091096188 -4.4408921e-16 
 
65
       8   -10186.982   0.09524102  -0.15570787 -0.091088227 -1.3322676e-15 
 
66
       9   -10181.712  0.095199505  -0.15561531  -0.09107938 4.4408921e-16 
 
67
      10   -10177.608  0.095156459  -0.15551826 -0.091071551 3.9968029e-15 
 
68
Loop time of 0.0162442 on 4 procs for 10 steps with 105 atoms
 
69
 
 
70
Pair  time (%) = 0.0100933 (62.1349)
 
71
Neigh time (%) = 0 (0)
 
72
Comm  time (%) = 0.00139159 (8.56667)
 
73
Outpt time (%) = 0.000339925 (2.09259)
 
74
Other time (%) = 0.00441939 (27.2059)
 
75
 
 
76
Nlocal:    26.25 ave 35 max 15 min
 
77
Histogram: 1 0 0 1 0 0 0 0 0 2
 
78
Nghost:    300 ave 357 max 239 min
 
79
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
80
Neighs:    1025.25 ave 1468 max 405 min
 
81
Histogram: 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2
 
82
 
 
83
Total # of neighbors = 4101
 
84
Ave neighs/atom = 39.0571
 
85
Neighbor list builds = 0
 
86
Dangerous builds = 0
 
87
 
 
88
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
 
89