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  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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doc/Section_packages.txt
39
39
The current list of standard packages is as follows:
40
40
 
41
41
Package, Description, Author(s), Doc page, Example, Library
42
 
ASPHERE, aspherical particles, -, "Section_howto"_Section_howto.html#howto_14, ellipse, -
 
42
ASPHERE, aspherical particles, -, "Section_howto 6.14"_Section_howto.html#howto_14, ellipse, -
43
43
BODY, body-style particles, -, "body"_body.html, body, -
44
44
CLASS2, class 2 force fields, -, "pair_style lj/class2"_pair_class2.html, -, -
45
45
COLLOID, colloidal particles, -, "atom_style colloid"_atom_style.html, colloid, -
 
46
CORESHELL, adiabatic core/shell model, Hendrik Heenen (Technical U of Munich), "Section_howto 6.25"_Section_howto.html#howto_25, coreshell, -
46
47
DIPOLE, point dipole particles, -, "pair_style dipole/cut"_pair_dipole.html, dipole, -
47
48
FLD, Fast Lubrication Dynamics, Kumar & Bybee & Higdon (1), "pair_style lubricateU"_pair_lubricateU.html, -, -
48
 
GPU, GPU-enabled potentials, Mike Brown (ORNL), "Section accelerate"_Section_accelerate.html#acc_6, gpu, lib/gpu
49
 
GRANULAR, granular systems, -, "Section_howto"_Section_howto.html#howto_6, pour, -
 
49
GPU, GPU-enabled styles, Mike Brown (ORNL), "Section accelerate"_accelerate_gpu.html, gpu, lib/gpu
 
50
GRANULAR, granular systems, -, "Section_howto 6.6"_Section_howto.html#howto_6, pour, -
50
51
KIM, openKIM potentials, Smirichinski & Elliot & Tadmor (3), "pair_style kim"_pair_kim.html, kim, KIM
 
52
KOKKOS, Kokkos-enabled styles, Trott & Edwards (4), "Section_accelerate"_accelerate_kokkos.html, kokkos, lib/kokkos
51
53
KSPACE, long-range Coulombic solvers, -, "kspace_style"_kspace_style.html, peptide, -
52
54
MANYBODY, many-body potentials, -, "pair_style tersoff"_pair_tersoff.html, shear, -
53
55
MEAM, modified EAM potential, Greg Wagner (Sandia), "pair_style meam"_pair_meam.html, meam, lib/meam
54
56
MC, Monte Carlo options, -, "fix gcmc"_fix_gcmc.html, -, -
55
 
MOLECULE, molecular system force fields, -, "Section_howto"_Section_howto.html#howto_3, peptide, -
56
 
OPT, optimized pair potentials, Fischer & Richie & Natoli (2), "Section accelerate"_Section_accelerate.html#acc_4, -, -
 
57
MOLECULE, molecular system force fields, -, "Section_howto 6.3"_Section_howto.html#howto_3, peptide, -
 
58
OPT, optimized pair styles, Fischer & Richie & Natoli (2), "Section accelerate"_accelerate_opt.html, -, -
57
59
PERI, Peridynamics models, Mike Parks (Sandia), "pair_style peri"_pair_peri.html, peri, -
58
60
POEMS, coupled rigid body motion, Rudra Mukherjee (JPL), "fix poems"_fix_poems.html, rigid, lib/poems
59
61
REAX, ReaxFF potential, Aidan Thompson (Sandia), "pair_style reax"_pair_reax.html, reax,  lib/reax
60
 
REPLICA, multi-replica methods, -, "Section_howto"_Section_howto.html#howto_5, tad, -
 
62
REPLICA, multi-replica methods, -, "Section_howto 6.5"_Section_howto.html#howto_5, tad, -
61
63
RIGID, rigid bodies, -, "fix rigid"_fix_rigid.html, rigid, -
62
64
SHOCK, shock loading methods, -, "fix msst"_fix_msst.html, -, -
 
65
SNAP, quantum-fit potential, Aidan Thompson (Sandia), "pair snap"_pair_snap.html, snap, -
63
66
SRD, stochastic rotation dynamics, -, "fix srd"_fix_srd.html, srd, -
64
67
VORONOI, Voronoi tesselations, Daniel Schwen (LANL), "compute voronoi/atom"_compute_voronoi_atom.html, -, Voro++
65
68
XTC, dumps in XTC format, -, "dump"_dump.html, -, -
78
81
(3) The KIM package was created by Valeriu Smirichinski, Ryan Elliott,
79
82
and Ellad Tadmor (U Minn).
80
83
 
 
84
(4) The KOKKOS package was created primarily by Christian Trott
 
85
(Sandia).  It uses the Kokkos library which was developed by Carter
 
86
Edwards, Christian, and collaborators at Sandia.
 
87
 
81
88
The "Doc page" column links to either a portion of the
82
89
"Section_howto"_Section_howto.html of the manual, or an input script
83
90
command implemented as part of the package.
109
116
USER-AWPMD, wave-packet MD, Ilya Valuev (JIHT), "pair_style awpmd/cut"_pair_awpmd.html, USER/awpmd, -, lib/awpmd
110
117
USER-CG-CMM, coarse-graining model, Axel Kohlmeyer (Temple U), "pair_style lj/sdk"_pair_sdk.html, USER/cg-cmm, "cg"_cg, -
111
118
USER-COLVARS, collective variables, Fiorin & Henin & Kohlmeyer (3), "fix colvars"_fix_colvars.html, USER/colvars, "colvars"_colvars, lib/colvars
112
 
USER-CUDA, NVIDIA GPU styles, Christian Trott (U Tech Ilmenau), "Section accelerate"_Section_accelerate.html#acc_7, USER/cuda, -, lib/cuda
 
119
USER-CUDA, NVIDIA GPU styles, Christian Trott (U Tech Ilmenau), "Section accelerate"_accelerate_cuda.html, USER/cuda, -, lib/cuda
113
120
USER-EFF, electron force field, Andres Jaramillo-Botero (Caltech), "pair_style eff/cut"_pair_eff.html, USER/eff, "eff"_eff, -
114
121
USER-FEP, free energy perturbation, Agilio Padua (U Blaise Pascal Clermont-Ferrand), "fix adapt/fep"_fix_adapt.html, USER/fep, -, -
 
122
USER-INTEL, Vectorized CPU and Intel(R) coprocessor styles, W. Michael Brown (Intel), "Section accelerate"_accelerate_intel.html, examples/intel, -, -
115
123
USER-LB, Lattice Boltzmann fluid, Colin Denniston (U Western Ontario), "fix lb/fluid"_fix_lb_fluid.html, USER/lb, -, -
116
124
USER-MISC, single-file contributions, USER-MISC/README, USER-MISC/README, -, -, -
117
125
USER-MOLFILE, "VMD"_VMD molfile plug-ins, Axel Kohlmeyer (Temple U), "dump molfile"_dump_molfile.html, -, -, VMD-MOLFILE
118
 
USER-OMP, OpenMP threaded styles, Axel Kohlmeyer (Temple U), "Section accelerate"_Section_accelerate.html#acc_5, -, -, -
 
126
USER-OMP, OpenMP threaded styles, Axel Kohlmeyer (Temple U), "Section accelerate"_accelerate_omp.html, -, -, -
119
127
USER-PHONON, phonon dynamical matrix, Ling-Ti Kong (Shanghai Jiao Tong U), "fix phonon"_fix_phonon.html, USER/phonon, -, -
120
 
USER-QMMM, QM/MM coupling, Axel Kohlmeyer (Temple U), "fix qmmm"_fix_qmmm.html, lib/qmmm/example1, -, lib/qmmm
 
128
USER-QMMM, QM/MM coupling, Axel Kohlmeyer (Temple U), "fix qmmm"_fix_qmmm.html, USER/qmmm, -, lib/qmmm
 
129
USER-QUIP, QM/MM coupling, Albert Bartok-Partay (U Cambridge), "fix quip"_fix_quip.html, USER/quip, -, lib/quip
121
130
USER-REAXC, C version of ReaxFF, Metin Aktulga (LBNL), "pair_style reaxc"_pair_reax_c.html, reax, -, -
122
131
USER-SPH, smoothed particle hydrodynamics, Georg Ganzenmuller (EMI), "userguide.pdf"_USER/sph/SPH_LAMMPS_userguide.pdf, USER/sph, "sph"_sph, -
123
132
:tb(ea=c)
365
374
"compute fep"_compute_fep.html
366
375
"soft pair styles"_pair_lj_soft.html :ul
367
376
 
368
 
The person who created this package is Agilio Padua at Université
 
377
The person who created this package is Agilio Padua at Universite
369
378
Blaise Pascal Clermont-Ferrand (agilio.padua at univ-bpclermont.fr)
370
379
Contact him directly if you have questions.
371
380
 
372
381
:line
373
382
 
 
383
USER-INTEL package :h4
 
384
 
 
385
This package provides options for performing neighbor list and
 
386
non-bonded force calculations in single, mixed, or double precision
 
387
and also a capability for accelerating calculations with an
 
388
Intel(R) Xeon Phi(TM) coprocessor.
 
389
 
 
390
See this section of the manual to get started:
 
391
 
 
392
"Section_accelerate"_Section_accelerate.html#acc_9
 
393
 
 
394
The person who created this package is W. Michael Brown at Intel
 
395
(michael.w.brown at intel.com).  Contact him directly if you have questions.
 
396
 
 
397
:line
 
398
 
374
399
USER-LB package :h4
375
400
 
376
401
This package contains a LAMMPS implementation of a background