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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/README_run.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/README_run.sh
1
 
# --- Running LAMMPS ---
2
 
#  -- Prerequisites: --
3
 
# The 2 files "run.in.npt", and "run.in.nvt" are LAMMPS 
4
 
# input scripts which link to the input scripts and data files
5
 
# you hopefully have created earlier with moltemplate.sh:
6
 
#   system.in.init, system.in.settings, system.data, system.in.sw
7
 
# If not, carry out the instructions in "README_setup.sh".
8
 
#
9
 
#  -- Instructions: --
10
 
# If "lmp_linux" is the name of the command you use to invoke lammps,
11
 
# then you would run lammps on these files this way:
12
 
 
13
 
 
14
 
lmp_linux -i run.in.npt  # minimization and simulation at constant pressure
15
 
lmp_linux -i run.in.nvt  # minimization and simulation at constant volume
16
 
 
17
 
#(Note: The constant volume simulation lacks pressure equilibration. These are
18
 
#       completely separate simulations. The results of the constant pressure
19
 
#       simulation are ignored when beginning the simulation at constant volume.
20
 
#       This can be fixed.  Read "run.in.nvt" for equilibration instructions.)
21
 
 
22
 
 
23
 
 
24
 
 
25
 
 
26
 
 
27
 
 
28
 
# If you have compiled the MPI version of lammps, you can run lammps in parallel
29
 
#mpirun -np 4 lmp_linux -i run.in.npt
30
 
#mpirun -np 4 lmp_linux -i run.in.nvt
31
 
# (assuming you have 4 processors available)