← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_misc/translocation/moltemplate_files/polymer.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_misc/translocation/moltemplate_files/polymer.lt
1
 
import "monomer.lt"
2
 
 
3
 
Polymer {
4
 
 
5
 
  # Make a chain of monomers
6
 
  monomers = new Monomer [12].rot(180, 1,0,0).move(2.0, 0, 0)
7
 
 
8
 
 
9
 
  # Now, link the monomers together this way:
10
 
  write("Data Bonds") {
11
 
    $bond:bb1 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[0]/CA $atom:monomers[1]/CA
12
 
    $bond:bb2 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[1]/CA $atom:monomers[2]/CA
13
 
    $bond:bb3 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[2]/CA $atom:monomers[3]/CA
14
 
    $bond:bb4 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[3]/CA $atom:monomers[4]/CA
15
 
    $bond:bb5 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[4]/CA $atom:monomers[5]/CA
16
 
    $bond:bb6 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[5]/CA $atom:monomers[6]/CA
17
 
    $bond:bb7 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[6]/CA $atom:monomers[7]/CA
18
 
    $bond:bb8 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[7]/CA $atom:monomers[8]/CA
19
 
    $bond:bb9 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[8]/CA $atom:monomers[9]/CA
20
 
    $bond:bb10 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[9]/CA $atom:monomers[10]/CA
21
 
    $bond:bb11 @bond:Monomer/bb $atom:monomers[10]/CA $atom:monomers[11]/CA
22
 
  }
23
 
 
24
 
  create_var { $mol }  # Create a molecule ID number for this polymer
25
 
 
26
 
  # This causes monomer[0], monomer[1], ... to share the same molecule counter
27
 
  # because in the 2bead.lt file, the "..." in "$mol:..." preferentially looks
28
 
  # for a counter of that type in a parent molecule or earlier ancestor.
29
 
 
30
 
} # Polymer
31
 
 
32
 
 
33
 
 
34
 
# Angle, dihedral and improper interactions will be generated
35
 
# automatically according to the instructions in "monomer.lt"