← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/convert_LAMMPS_to_LT_examples/cnad-cnt/README_visualize.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/convert_LAMMPS_to_LT_examples/cnad-cnt/README_visualize.txt
1
 
 
2
 
 ------- To view the trajectory in VMD --------
3
 
 
4
 
 
5
 
1) Build a PSF file for use in viewing with VMD.
6
 
 
7
 
This step works with VMD 1.9 and topotools 1.2.  
8
 
(Older versions, like VMD 1.8.6, don't support this.)
9
 
 
10
 
 
11
 
a) Start VMD
12
 
b) Menu  Extensions->Tk Console
13
 
c) Enter:
14
 
 
15
 
(I assume that the the DATA file is called "system.data")
16
 
 
17
 
   topo readlammpsdata system.data full
18
 
   animate write psf system.psf
19
 
 
20
 
 
21
 
Later, to Load a trajectory in VMD:
22
 
  Start VMD
23
 
  Select menu: File->New Molecule
24
 
 -Browse to select the PSF file you created above, and load it.
25
 
  (Don't close the window yet.)
26
 
 -Browse to select the trajectory file.
27
 
  If necessary, for "file type" select: "LAMMPS Trajectory"
28
 
  Load it
29
 
 
30
 
-----  Wrap the coordinates to the unit cell
31
 
 
32
 
a) Start VMD
33
 
b) Load the trajectory in VMD (see above)
34
 
c) Menu  Extensions->Tk Console
35
 
d) Enter:
36
 
 
37
 
    DISCLAIMER: I'M NOT SURE THESE COMMANDS ARE CORRECT.
38
 
                LOOKUP "pbctools" FOR DETAILS.
39
 
 
40
 
    pbc wrap -compound res -all
41
 
    pbc box
42
 
 
43
 
3) Optional: If you like, change the atom types in the PSF file so 
44
 
   that VMD recognizes the atom types, use something like:
45
 
 
46
 
sed -e 's/   1    1      /   C    C      /g' < system.psf > temp1.psf
47
 
sed -e 's/   2    2      /   H    H      /g' < temp1.psf  > temp2.psf
48
 
sed -e 's/   3    3      /   P    P      /g' < temp2.psf  > system.psf
49
 
 
50
 
(If you do this, it might effect step 2 above.)