← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/nanotube+water/moltemplate_files/graphene_walls.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_explicit/nanotube+water/moltemplate_files/graphene_walls.lt
 
1
 
 
2
import "graphene.lt"
 
3
 
 
4
# -------------- graphene sheet -----------------
 
5
 
 
6
# Notes:
 
7
#    Hexagonal lattice with:
 
8
# d = length of each hexagonal side  = 1.42 Angstroms
 
9
# L = length of each hexagon = 2*d   = 2.84 Angstroms
 
10
# W =  width of each hexagon = 2*d*sqrt(3)/2 = 2.4595121467478 Angstroms
 
11
# w =  width of hexagon rows = 1.5*d = 2.13 Angstroms
 
12
 
 
13
Wall {
 
14
  unitcells = new Graphene [14].move(1.2297560733739, 2.13, 0)
 
15
                           [13].move(2.4595121467478,   0,  0)
 
16
 
 
17
  unitcells[*][*].move(-24.595121467478, -14.91, 0.000)
 
18
 
 
19
  # Now cut a hole in the graphene sheet roughly where the nanotube is located
 
20
  delete unitcells[5][7-8]   # delete 2 unit cells (2 atoms each, 4 atoms total)
 
21
  delete unitcells[6][6-8]   # delete 3 unit cells (2 atoms each, 6 atoms total)
 
22
  delete unitcells[7][5-8]   # delete 4 unit cells (2 atoms each, 8 atoms total)
 
23
  delete unitcells[8][5-7]   # delete 3 unit cells (2 atoms each, 6 atoms total)
 
24
  delete unitcells[9][5-6]   # delete 2 unit cells (2 atoms each, 4 atoms total)
 
25
  # Optional fine tuning: delete a few additional atoms around the edges
 
26
  delete unitcells[5][6]/C2   # delete a single atom
 
27
  delete unitcells[6][5]/C2   # delete a single atom
 
28
  delete unitcells[6][9]/C1   # delete a single atom
 
29
  delete unitcells[8][4]/C2   # delete a single atom
 
30
  delete unitcells[8][8]/C1   # delete a single atom
 
31
  delete unitcells[9][7]/C1   # delete a single atom
 
32
}
 
33
 
 
34
# Make two copies of the wall, and place them on either end of the nanotube
 
35
 
 
36
wall1 = new Wall.move(0, 0, 32.0)
 
37
wall2 = new Wall.move(0, 0, 58.26)
 
38
 
 
39
 
 
40
# WARNING:  A reader has emailed me to point out that:
 
41
#         THIS IS NOT A REALISTIC MODEL OF A GRAPHENE-NANOTUBE JUNCTION.
 
42
#           A real junction would be curved and deformed near the boundary,
 
43
#           (not 90 degrees) and it would not be built entirely from hexagons.
 
44
#           (This is not a problem in this example because the carbon atoms
 
45
#           are immobilized.)  If you want to simulate the behavior of
 
46
#           real graphene or nanotube junctions, you must be more careful.
 
47
#          To solve this problem:
 
48
#           Moltemplate allows you to move, customize or delete individual
 
49
#           atoms near the boundary.  You can move atoms by overwriting their 
 
50
#           coordinates using additional write("Data Atoms") statements (after
 
51
#           the walls and tube are created).  You can also change their charge.
 
52
#          Alternately, you could start with the structure provided here, and 
 
53
#           relax/minimize the coordinates of the carbon atoms using LAMMPS
 
54
#           before using it in other simulations.
 
55
#          Or you could do both (customization & minimization).