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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/nanotube+water/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/nanotube+water/run.in.nvt
1
 
# PREREQUISITES:
2
 
#
3
 
#     You must use moltemplate.sh to create 3 files:
4
 
#        system.data  system.in.init  system.in.settings
5
 
#     (Follow the instructions in README_setup.sh, or run it using ./README_sh.)
6
 
#     (You do not need to run LAMMPS to equilibrate the system before
7
 
#      using this file.)
8
 
 
9
 
# ----------------------------- Initialization Section --------------------
10
 
 
11
 
include system.in.init
12
 
 
13
 
 
14
 
# ----------------------------- Atom Definition Section -------------------
15
 
 
16
 
read_data system.data
17
 
 
18
 
 
19
 
# ----------------------------- Settings Section --------------------------
20
 
 
21
 
include system.in.settings
22
 
 
23
 
 
24
 
# ----------------------------- Run Section -------------------------------
25
 
 
26
 
 
27
 
 
28
 
# Optional: Improve efficiency by omitting the calcuation of interactions 
29
 
# between immobile atoms. (Note: This is not optional under NPT conditions.)
30
 
neigh_modify exclude group Cgraphene Cgraphene
31
 
 
32
 
# Only the Cgraphene atoms are immobile.
33
 
group mobile subtract all Cgraphene
34
 
 
35
 
 
36
 
 
37
 
# -- minimization protocol --
38
 
 
39
 
# Unfortunately you can not use the LAMMPS "minimize" command on this system
40
 
# because there is no way to immobilize the carbon graphene & nanotube atoms
41
 
# during minimization.  Instead, we can use langevin dynamics with a large 
42
 
# damping parameter and a small timestep.
43
 
 
44
 
print "--------- beginning minimization (using fix langevin) ---------"
45
 
 
46
 
timestep        0.1
47
 
fix fxlan mobile langevin 1.0 1.0 100.0 48279
48
 
fix fxnve mobile nve   # <-- needed by fix langevin (see lammps documentation)
49
 
thermo          100
50
 
run 2500
51
 
 
52
 
unfix fxlan
53
 
unfix fxnve
54
 
 
55
 
# -- simulation protocol --
56
 
 
57
 
print "--------- beginning simulation (using fix nvt) ---------"
58
 
 
59
 
timestep        1.0
60
 
dump            1 all custom 500 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
61
 
 
62
 
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair #ebond eangle edihed
63
 
thermo          500  # time interval for printing out "thermo" data
64
 
 
65
 
 
66
 
# Integrate the equations of motion:
67
 
fix fxMoveStuff mobile nvt temp 300.0 300.0 100.0
68
 
 
69
 
# The next two lines recalculate the temperature 
70
 
# using only the mobile degrees of freedom:
71
 
 
72
 
compute tempMobile mobile temp
73
 
fix_modify fxMoveStuff temp tempMobile
74
 
 
75
 
restart         5000000   restart_nvt
76
 
run             10000000
77
 
 
78
 
write_data  system_after_nvt.data
79