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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_misc/2bead_heteropolymer/moltemplate_files/2bead_forcefield.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_misc/2bead_heteropolymer/moltemplate_files/2bead_forcefield.lt
1
 
 
2
 
# We define non-bonded and bonded (angular) interactions between atoms
3
 
# belonging to "2bead" molecules.
4
 
# We define the settings for angles or dihedrals which might be present 
5
 
# later when we connect multiple "2bead/H" and "2bead/P" molecules together to 
6
 
# build a polymer.
7
 
 
8
 
 
9
 
2bead {
10
 
 
11
 
 
12
 
  # LAMMPS supports a large number of force-field styles.  We must select
13
 
  # which ones we need.  This information belongs in the "In Init" section.
14
 
  # (Hybrid styles used for portability. These choices can be overridden later.)
15
 
 
16
 
  write_once("In Init") {
17
 
    # -- Default styles for "2bead" --
18
 
    # (Hybrid force fields were not necessary but are used for portability.)
19
 
    bond_style      hybrid harmonic
20
 
    angle_style     hybrid harmonic
21
 
    dihedral_style  hybrid charmm
22
 
    pair_style      hybrid lj/cut 11.0
23
 
 
24
 
    # If charges are needed, (assuming biopolymers), try one of:
25
 
    #dielectric      80.0
26
 
    #pair_style      hybrid lj/cut/coul/debye 0.1 11.0
27
 
    # or (for short distances, below a couple nm)
28
 
    #pair_style      hybrid lj/charmm/coul/charmm/implicit 9.0 11.0
29
 
 
30
 
    pair_modify     mix arithmetic
31
 
    special_bonds   lj 0.0 0.0 0.0
32
 
  }
33
 
 
34
 
 
35
 
  # OPTIONAL: Enclose these angle settings within the 2bead {...} environment.
36
 
  #           We do this for the same reason we enclosed "H" and "P" in "2bead".
37
 
  #           This does not overwrite the definition of 2bead.  Here we are only
38
 
  #         augmenting "2bead" to include the following force field information.
39
 
 
40
 
  # 2-body (non-bonded) interactions:
41
 
  #
42
 
  #   Uij(r) = 4*eps_ij * ( (sig_ij/r)^12 - (sig_ij/r)^6 )
43
 
  #
44
 
  # Hydrophobic side-chains are attractive (large epsilon parameter).
45
 
  # Polar side-chains and backbone atoms are not attractive (small epsilon).
46
 
  #
47
 
  #              i       j           pairstylename   eps sig
48
 
  #
49
 
  write_once("In Settings") {
50
 
    pair_coeff @atom:CA  @atom:CA    lj/cut         0.10 2.0
51
 
    pair_coeff @atom:H/R @atom:H/R   lj/cut         2.50 3.6
52
 
    pair_coeff @atom:P/R @atom:P/R   lj/cut         0.10 3.6
53
 
  }
54
 
 
55
 
  # (Interactions between different atom types use "arithmetic" mixing rules.)
56
 
 
57
 
  write_once("Data Bonds By Type") {
58
 
    @bond:backbone   @atom:CA @atom:CA
59
 
    @bond:sidechain  @atom:CA @atom:*/R
60
 
  }
61
 
 
62
 
  # 2-body (bonded) interactions:
63
 
  #
64
 
  #   Ubond(r) = (k/2)*(r-0)^2
65
 
  #
66
 
  #   The corresponding command is:
67
 
  #
68
 
  #   bond_coeff     bondType    bondstylename   k     r0
69
 
  #
70
 
 
71
 
  write_once("In Settings") {
72
 
    bond_coeff     @bond:sidechain  harmonic    30.0   3.4
73
 
    bond_coeff     @bond:backbone   harmonic    30.0   3.7
74
 
  }
75
 
 
76
 
 
77
 
  #  Rules for determining 3 and 4-body bonded interactions by type
78
 
 
79
 
  # angle-type      atomType1 atomType2 atomType3
80
 
 
81
 
  write_once("Data Angles By Type") {
82
 
    @angle:backbone  @atom:CA @atom:CA  @atom:CA
83
 
    @angle:sidechain @atom:CA @atom:CA  @atom:*/R
84
 
  }
85
 
 
86
 
  # dihedral-type AtomType1 AtomType2 AtomType3 AtomType4
87
 
 
88
 
  write_once("Data Dihedrals By Type") {
89
 
    @dihedral:CCCC @atom:CA  @atom:CA @atom:CA @atom:CA 
90
 
    @dihedral:RCCR @atom:*/R @atom:CA @atom:CA @atom:*/R
91
 
  }
92
 
 
93
 
  # 3-body interactions in this example are listed by atomType and bondType
94
 
  # The atomIDs involved are determined automatically.  The forumula used is:
95
 
  #
96
 
  # Uangle(theta) = (k/2)*(theta-theta0)^2   
97
 
  #     (k in kcal/mol/rad^2, theta0 in degrees)
98
 
  #
99
 
  # The corresponding command is:
100
 
  #
101
 
  #   angle_coeff  angleType  anglestylename   k   theta0
102
 
 
103
 
  write_once("In Settings") {
104
 
    angle_coeff @angle:backbone   harmonic   30.00  114
105
 
    angle_coeff @angle:sidechain  harmonic   30.00  123
106
 
  }
107
 
 
108
 
 
109
 
  # 4-body interactions in this example are listed by atomType and bondType
110
 
  # The atomIDs involved are determined automatically.  The forumula used is:
111
 
  #
112
 
  # Udihedral(phi) = K * (1 + cos(n*phi - d))
113
 
  #
114
 
  #     The d parameter is in degrees, K is in kcal/mol/rad^2.
115
 
  #
116
 
  # The corresponding command is 
117
 
  # dihedral_coeff dihedralType dihedralstylename  K  n   d  w
118
 
  #     "w" is the weight for 1-4 pair interactions, which we set to 0.0
119
 
 
120
 
  write_once("In Settings") {
121
 
    dihedral_coeff @dihedral:CCCC    charmm      -0.5 1 -180 0.0
122
 
    dihedral_coeff @dihedral:RCCR    charmm      -1.5 1 -180 0.0
123
 
  } # write_once("In Settings") 
124
 
 
125
 
}
126