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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/ethylene+benzene/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/ethylene+benzene/README_setup.sh
 
1
# -------- REQUIREMENTS: ---------
 
2
#  You must define your MOLTEMPLATE_PATH environment variable
 
3
#  and set it to the "common" subdirectory of your moltemplate distribution.
 
4
#  (See the "Installation" section in the moltemplate manual.)
 
5
 
 
6
# Create LAMMPS input files this way:
 
7
 
 
8
cd moltemplate_files
 
9
 
 
10
  # run moltemplate
 
11
 
 
12
  moltemplate.sh system.lt
 
13
 
 
14
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
 
15
  # These files are the input files directly read by LAMMPS.  Move them to 
 
16
  # the parent directory (or wherever you plan to run the simulation).
 
17
  mv -f system.data system.in* ../
 
18
 
 
19
  # Optional:
 
20
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
 
21
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away
 
22
  #rm -rf output_ttree/
 
23
 
 
24
cd ../
 
25
 
 
26
 
 
27
 
 
28
 
 
29
 
 
30
# Optional:
 
31
# Note: The system.data and system.in.settings files contain extra information
 
32
# for atoms defined in GAFF which you are not using in this simulation.  This
 
33
# is harmless, but if you to delete this information from your 
 
34
# system.in.settings and system.in.data files, follow the instructions in
 
35
# this script: "optional_cleanup/README_remove_irrelevant_info.sh"
 
36