← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/i-pi/examples/lammps/README

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/i-pi/examples/lammps/README
 
1
 -- Examples of i-PI working with LAMMPS --
 
2
 
 
3
 -- Example with Tersoff graphene potential --
 
4
 
 
5
   Uses the Tersoff parameters of Lindsay and Broido PRB 81, 205441 (2010)
 
6
   to run a short simulation of graphene with the LAMMPS MD code.
 
7
 
 
8
 -- Example with the q-TIP4P-F water potential --
 
9
 
 
10
 * This gives an example of water with the q-TIP4P-F potential
 
11
   of Scott Habershon, Thomas E. Markland and David E. Manolopoulos,
 
12
   J. Chem. Phys., 131, 024501, (2009).
 
13
 
 
14
 * State point: (N, V, T) = (216 water molecules, 43737 a_0**3, 298 K)
 
15
 
 
16
 * This demonstrates the convergence of the kinetic and potential energy
 
17
   using the ring polymer contraction (RPC) method of Thomas E. Markland and
 
18
   David E. Manolopoulos, J. Chem. Phys. 129, 024105, (2008), and
 
19
   the PIGLET method of Michele Ceriotti and 
 
20
   David Manolopoulos, Phys. Rev. Lett., 109, 100604, (2012).
 
21
 
 
22
 
 
23
** Run the examples automatically:
 
24
 
 
25
 * First, it is necessary to patch and compile LAMMPS, and create a make.in
 
26
   file containing the path to the executable and i-pi, e.g.
 
27
 
 
28
LAMMPS:=~/bin/lmp_serial
 
29
IPI:=~/bin/i-pi
 
30
 
 
31
 * The runs can be done automatically using the Makefile provided. The make 
 
32
   targets are self-explanatory. To run the RPC example, for instance, just type:
 
33
 
 
34
$ make h2o-rpc
 
35
 
 
36
 * To clean up output files:
 
37
 
 
38
$ make clean
 
39
 
 
40
 
 
41
** Run the examples manually:
 
42
 
 
43
 * Go back to the example directory and run
 
44
 
 
45
$ python path/i-pi input.xml
 
46
 
 
47
   the wrapper will start and sit waiting on the UDS /tmp/ipi.
 
48
 
 
49
 * Open a separate terminal and run the LAMMPS driver code using:
 
50
 
 
51
$ path/lammps/src/lmp_serial < in.water
 
52
 
 
53
   For the RPC run, instead use:
 
54
 
 
55
$ path/lammps/src/lmp_serial < in.water_longrange
 
56
$ path/lammps/src/lmp_serial < in.water_shortrange
 
57
 
 
58
   You can run multiple instances of the code; it is so fast that parallel 
 
59
   scaling won't be appreciable.
 
60
 
 
61
 * If your system does not support Unix domain sockets, just set in input.xml
 
62
   <socket mode="unix"> <port> port_no </port>
 
63
 
 
64
   To make the client socket connect, the in.water file should 
 
65
   be changed so that it has the line:
 
66
 
 
67
   fix 1 all driver hostname port_no
 
68
 
 
69
   where hostname is the address the socket is binding to; either graphene, piglet_2,
 
70
   piglet_4, piglet_8, rpc_long, rpc_short or no_rpc depending on the run.