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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/run.in.npt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/run.in.npt
1
 
# run.in.npt
2
 
#
3
 
# --  Usage  --
4
 
#
5
 
# lmp_linux -i run.in.npt
6
 
# (assuming lmp_linux is the name of your lammps binary)
7
 
#
8
 
# --  Prerequisite Input Files:  --
9
 
#   systen.data, system.in.init, system.in.settings, system.in.sw
10
 
#
11
 
# You can generate these files with this command:
12
 
#   moltemplate.sh -a "@atom:/WatMW/mW 1" system.lt
13
 
# ---------------------------------
14
 
 
15
 
# ----- Init Section -----
16
 
 
17
 
 
18
 
include system.in.init
19
 
 
20
 
 
21
 
# ----- Atom Definition Section -----
22
 
 
23
 
 
24
 
read_data system.data
25
 
 
26
 
 
27
 
# ----- Settings Section -----
28
 
 
29
 
 
30
 
include system.in.settings
31
 
 
32
 
 
33
 
# ----- Run Section -----
34
 
 
35
 
 
36
 
 
37
 
# -- minimization protocol --
38
 
 
39
 
# Note: The minimization step is not necessary in this example.  However
40
 
#       in general, it's always a good idea to minimize the system beforehand.
41
 
 
42
 
minimize 1.0e-5 1.0e-7 100000 400000
43
 
 
44
 
 
45
 
# -- simulation protocol --
46
 
 
47
 
 
48
 
timestep        2.0  # <- This can be increased to 5.0 or 10.0 for bulk water
49
 
dump            1 all custom 500 traj_npt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
50
 
fix             fxnpt all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0 drag 1.0
51
 
 
52
 
 
53
 
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
54
 
thermo          500  # time interval for printing out "thermo" data
55
 
 
56
 
run             200000
57
 
 
58
 
write_data   system_after_npt.data
59
 
 
60
 
# (The "write_restart" and "read_restart" commands were buggy in 2012, 
61
 
#  but they should work also.)