← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_misc/2bead_heteropolymer/moltemplate_files/peptide.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_misc/2bead_heteropolymer/moltemplate_files/peptide.lt
1
 
import "2bead.lt"
2
 
 
3
 
Peptide {
4
 
 
5
 
  # A polymer of alternating "H" and "P" beads:
6
 
 
7
 
  res1 = new 2bead/P
8
 
  res2 = new 2bead/P.rot(180.0, 1,0,0).move(3.2,0,0)
9
 
  res3 = new 2bead/H.rot(  0.0, 1,0,0).move(6.4,0,0)
10
 
  res4 = new 2bead/H.rot(180.0, 1,0,0).move(9.6,0,0)
11
 
  res5 = new 2bead/H.rot(  0.0, 1,0,0).move(12.8,0,0)
12
 
  res6 = new 2bead/H.rot(180.0, 1,0,0).move(16.0,0,0)
13
 
  res7 = new 2bead/P.rot(  0.0, 1,0,0).move(19.2,0,0)
14
 
  res8 = new 2bead/P.rot(180.0, 1,0,0).move(22.4,0,0)
15
 
  res9 = new 2bead/P.rot(  0.0, 1,0,0).move(25.6,0,0)
16
 
  res10 = new 2bead/H.rot(180.0, 1,0,0).move(28.8,0,0)
17
 
  res11 = new 2bead/H.rot( 0.0, 1,0,0).move(32.0,0,0)
18
 
  res12 = new 2bead/H.rot(180.0, 1,0,0).move(35.2,0,0)
19
 
  res13 = new 2bead/P.rot(  0.0, 1,0,0).move(38.4,0,0)
20
 
  res14 = new 2bead/P.rot(180.0, 1,0,0).move(41.6,0,0)
21
 
 
22
 
  # Now, link the residues together this way:
23
 
  write("Data Bond List") {
24
 
    $bond:backbone1  $atom:res1/CA  $atom:res2/CA
25
 
    $bond:backbone2  $atom:res2/CA  $atom:res3/CA
26
 
    $bond:backbone3  $atom:res3/CA  $atom:res4/CA
27
 
    $bond:backbone4  $atom:res4/CA  $atom:res5/CA
28
 
    $bond:backbone5  $atom:res5/CA  $atom:res6/CA
29
 
    $bond:backbone6  $atom:res6/CA  $atom:res7/CA
30
 
    $bond:backbone7  $atom:res7/CA  $atom:res8/CA
31
 
    $bond:backbone8  $atom:res8/CA  $atom:res9/CA
32
 
    $bond:backbone9  $atom:res9/CA  $atom:res10/CA
33
 
    $bond:backbone10  $atom:res10/CA  $atom:res11/CA
34
 
    $bond:backbone11  $atom:res11/CA  $atom:res12/CA
35
 
    $bond:backbone12  $atom:res12/CA  $atom:res13/CA
36
 
    $bond:backbone13  $atom:res13/CA  $atom:res14/CA
37
 
  }
38
 
 
39
 
  create_var { $mol }    # <--create a molecule ID number for this peptide
40
 
 
41
 
  # This causes res1,res2,res3,...,res14 to share the same molecule counter
42
 
  # because in the 2bead.lt file, the "..." in "$mol:..." preferentially looks
43
 
  # for a counter of that type in a parent molecule or earlier ancestor.
44
 
 
45
 
} # Peptide
46
 
 
47
 
 
48
 
 
49
 
# Angle, dihedral and improper interactions will be generated
50
 
# according to the instructions in "2bead_force_field.lt"