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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_misc/translocation/moltemplate_files/system.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_misc/translocation/moltemplate_files/system.lt
1
 
 
2
 
# LAMMPS supports a large number of force-field styles. We must select
3
 
# which ones we need. This information belongs in the "In Init" section (and
4
 
# (you can specify it anywhere in your LT files, multiple times if you like).
5
 
# If different molecules use different force-field styles, you can use hybrid
6
 
# styles.  (In this example the molecules share the same pair_style.)
7
 
 
8
 
write_once("In Init") {
9
 
  units           real
10
 
  atom_style      full
11
 
  bond_style      harmonic
12
 
  angle_style     harmonic
13
 
  dihedral_style  opls
14
 
  pair_style      lj/cut 9.0
15
 
  # If you have charged molecules immersed in a salty implicit
16
 
  # solvent, you might try something like this this instead:
17
 
  #    pair_style      lj/cut/coul/debye 0.1 9.0
18
 
  pair_modify     mix arithmetic
19
 
  dielectric      80.0
20
 
  special_bonds   lj 0.0 0.0 0.0
21
 
}
22
 
 
23
 
 
24
 
write_once("Data Boundary") {
25
 
  0.0 36.0 xlo xhi
26
 
  0.0 36.0 ylo yhi
27
 
  0.0 36.0 zlo zhi
28
 
}
29
 
 
30
 
 
31
 
import "solvent.lt"
32
 
 
33
 
import "walls.lt"
34
 
 
35
 
import "polymer.lt"
36
 
 
37
 
polymer = new Polymer
38
 
polymer.rot(-90.0, 0,0,1)    # rotate it -90 degrees around the Y axis
39
 
polymer.move(19.5,22.5,16.5) # move it near the openning of the hole
40
 
 
41
 
 
42
 
 
43
 
####################### Notes: #########################
44
 
#
45
 
# In this example we deleted solvent and wall molecule objects.
46
 
# You can also delete a monomer inside the polymer.  To do that use:
47
 
#   delete polymer/monomers[6]
48
 
# You can also delete individual atoms, bonds, angles, dihedrals, & impropers
49
 
# from existing molecules.  For example to delete an atom in the middle 
50
 
# of the polymer try this.  (Bonds and other interactions will also be removed.)
51
 
#   delete polymer/monomers[6]/CA
52
 
# To delete a bond, try this
53
 
#   delete polymer/bb6
54
 
# Note: This will not delete the angular interactions. Delete them manually
55
 
# Note: In both cases the two molecule fragments will keep the same mol counter.