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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/unfrustrated+chaperonin/moltemplate_files/system.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/unfrustrated+chaperonin/moltemplate_files/system.lt
 
1
write_once("Data Boundary") {
 
2
  0.0  20.0  xlo xhi
 
3
  0.0  20.0  ylo yhi
 
4
  0.0  20.0  zlo zhi
 
5
}
 
6
 
 
7
 
 
8
import "chaperonin.lt"
 
9
import "1beadUnfrustrated_variants.lt"
 
10
 
 
11
 
 
12
chaperinin = new Chaperonin     # (hollow chaperonin, encloses protein)
 
13
protein    = new 1beadUnfolded  # (unfolded conformation, unfrustrated protein)
 
14
 
 
15
 
 
16
 
 
17
# Now define interactions between the "c" atom in the 
 
18
# chaperone and the "B", "L", "N" atoms in the protein:
 
19
 
 
20
write_once("In Settings") {
 
21
  pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadUnfrustrated/B  table  table_chaperonin_h=0.dat CH_H0
 
22
  pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadUnfrustrated/L  table  table_chaperonin_h=0.dat CH_H0
 
23
  pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadUnfrustrated/N  table  table_chaperonin_h=0.dat CH_H0
 
24
  # Note: In this example, the chaperone is playing the role of a repulsive wall
 
25
  # (confinement). To use a sticky chaperonin, replace the first line with this:
 
26
  # pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadUnfrustrated/B  table  table_chaperonin_h=0.475.dat CH_H0.475
 
27
}
 
28
 
 
29
 
 
30
 
 
31
# LAMMPS has many available force field styles (and atom styles). 
 
32
# Here, we pick the ones which work well for this molecular model:
 
33
 
 
34
write_once("In Init") {
 
35
  # --- Default options for the "1BeadUnfrustrated" protein model ---
 
36
  # ---            (These can be overridden later.)             ---
 
37
  units           lj
 
38
  atom_style      full
 
39
  bond_style      hybrid harmonic
 
40
  angle_style     hybrid harmonic
 
41
  dihedral_style  hybrid charmm
 
42
  pair_style      hybrid lj/charmm/coul/charmm/inter es4k4l maxmax 3.5 4.0 table spline 1181
 
43
  pair_modify     mix arithmetic
 
44
  special_bonds   lj 0.0 0.0 1.0   #(turn on "1-4" interactions)
 
45
}