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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/run.in.nvt
1
 
# PREREQUISITES:
2
 
#
3
 
#   1) You must use moltemplate.sh to create 3 files:
4
 
#        system.data  system.in.init  system.in.settings
5
 
#     (Follow the instructions in README_setup.sh, or run it using ./README_sh.)
6
 
#   2) You must equilibrate the system beforehand using "run.in.npt".
7
 
#      This will create the file "system_after_npt.data" which this file reads.
8
 
#      (Note: I have not verified that this equilibration protocol works well.)
9
 
 
10
 
# run.in.nvt
11
 
#
12
 
# --  Usage  --
13
 
#
14
 
# lmp_g++ -i run.in.nvt
15
 
# (assuming lmp_g++ is the name of your lammps binary)
16
 
#
17
 
# --  Prerequisite Input Files:  --
18
 
#   systen.data, system.in.init, system.in.settings, system.in.sw
19
 
#   system_after_npt.data
20
 
#
21
 
# You can generate these files using this procedure
22
 
#
23
 
#   moltemplate.sh -a "@atom:/WatMW/mW 1" system.lt
24
 
#
25
 
#   lmp_linux -i run.in.npt
26
 
 
27
 
# ---------------------------------
28
 
 
29
 
 
30
 
# -- init section --
31
 
 
32
 
 
33
 
include system.in.init
34
 
 
35
 
 
36
 
 
37
 
# -- atom definition section --
38
 
 
39
 
 
40
 
# Read the coordinates generated by an earlier NPT simulation
41
 
 
42
 
read_data       system_after_npt.data
43
 
 
44
 
# (The "write_restart" and "read_restart" commands were buggy in 2012, 
45
 
#  but they should work also.  I prefer "write_data" and "read_data".)
46
 
 
47
 
 
48
 
# -- settings section --
49
 
 
50
 
 
51
 
include system.in.settings
52
 
 
53
 
 
54
 
# -- run section --
55
 
 
56
 
 
57
 
timestep        2.0
58
 
dump            1 all custom 1000 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
59
 
dump            2 TraPPE custom 1000 traj_alkane_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
60
 
fix             fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 500.0 tchain 1
61
 
 
62
 
# The following commands are useful if you want to calculate the distribution 
63
 
# of alkane-chain radius-of-gyration at a given temperature & pressure.
64
 
#compute cRg TraPPE gyration
65
 
#variable vRg equal c_cRg
66
 
#compute cPE all pe
67
 
#variable vPE equal c_cPE
68
 
#fix FprintPE all print 1000 "${vPE}" file U.dat 
69
 
#fix FprintRg all print 1000 "${vRg}" file Rg.dat 
70
 
 
71
 
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
72
 
thermo          1000  # time interval for printing out "thermo" data
73
 
#thermo_modify  flush yes
74
 
 
75
 
restart         100000  restart_nvt
76
 
 
77
 
run             1000000
78
 
 
79
 
write_data  system_after_nvt.data
80
 
 
81