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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene+benzene_PACKMOL/README_setup.sh
1
 
# -------- REQUIREMENTS: ---------
2
 
#  You must define your MOLTEMPLATE_PATH environment variable
3
 
#  and set it to the "common" subdirectory of your moltemplate distribution.
4
 
#  (See the "Installation" section in the moltemplate manual.)
5
 
 
6
 
# Create the coordinates of the atoms using PACKMOL
7
 
cd packmol_files
8
 
 
9
 
  packmol < mix_ethylene+benzene.inp
10
 
  mv -f system.xyz ../moltemplate_files/
11
 
 
12
 
cd ..
13
 
 
14
 
 
15
 
 
16
 
# Create LAMMPS input files this way:
17
 
cd moltemplate_files
18
 
 
19
 
  # Create the "oplsaa.lt" file which moltemplate will need
20
 
 
21
 
  cd oplsaa_lt_generator/
22
 
  ./oplsaa_moltemplate.py  oplsaa_subset.prm
23
 
  mv -f oplsaa.lt ..
24
 
  cd ..
25
 
 
26
 
  # run moltemplate
27
 
 
28
 
  moltemplate.sh -xyz system.xyz system.lt
29
 
 
30
 
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
31
 
  # Move them to the directory where you plan to run LAMMPS (in this case "../")
32
 
  mv -f system.data system.in* ../
33
 
 
34
 
  # Optional:
35
 
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
36
 
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
37
 
  rm -rf output_ttree/
38
 
 
39
 
  # Optional:
40
 
  # Delete the "oplsaa.lt" file:
41
 
  rm -f oplsaa.lt
42
 
 
43
 
 
44
 
cd ../