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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/hexadecane/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/hexadecane/README_setup.sh
1
 
# -------- REQUIREMENTS: ---------
2
 
#  You must define your MOLTEMPLATE_PATH environment variable
3
 
#  and set it to the "common" subdirectory of your moltemplate distribution.
4
 
#  (See the "Installation" section in the moltemplate manual.)
5
 
 
6
 
 
7
 
# Create LAMMPS input files this way:
8
 
cd moltemplate_files
9
 
 
10
 
  # run moltemplate
11
 
 
12
 
  moltemplate.sh system.lt
13
 
 
14
 
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
15
 
  # These files are the input files directly read by LAMMPS.  Move them to 
16
 
  # the parent directory (or wherever you plan to run the simulation).
17
 
  mv -f system.data system.in* ../
18
 
 
19
 
  # Optional:
20
 
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
21
 
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
22
 
  rm -rf output_ttree/
23
 
 
24
 
 
25
 
cd ../