← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/create_box.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/create_box.txt
60
60
are the amount of displacement applied to faces of an originally
61
61
orthogonal box to transform it into the parallelipiped.
62
62
 
63
 
A {prism} region used with the create_box command must have tilt
64
 
factors (xy,xz,yz) that do not skew the box more than half the
65
 
distance of the parallel box length.  For example, if xlo = 2 and xhi
66
 
= 12, then the x box length is 10 and the xy tilt factor must be
 
63
By default, a {prism} region used with the create_box command must
 
64
have tilt factors (xy,xz,yz) that do not skew the box more than half
 
65
the distance of the parallel box length.  For example, if xlo = 2 and
 
66
xhi = 12, then the x box length is 10 and the xy tilt factor must be
67
67
between -5 and 5.  Similarly, both xz and yz must be between
68
68
-(xhi-xlo)/2 and +(yhi-ylo)/2.  Note that this is not a limitation,
69
69
since if the maximum tilt factor is 5 (as in this example), then
70
70
configurations with tilt = ..., -15, -5, 5, 15, 25, ... are all
71
 
geometrically equivalent.
 
71
geometrically equivalent.  If you wish to define a box with tilt
 
72
factors that exceed these limits, you can use the "box tilt"_box.html
 
73
command, with a setting of {large}; a setting of {small} is the
 
74
default.
72
75
 
73
76
See "Section_howto 12"_Section_howto.html#howto_12 of the doc pages
74
77
for a geometric description of triclinic boxes, as defined by LAMMPS,
75
78
and how to transform these parameters to and from other commonly used
76
79
triclinic representations.
77
80
 
78
 
When a prism region is used, the simulation domain must be periodic in
79
 
any dimensions with a non-zero tilt factor, as defined by the
80
 
"boundary"_boundary.html command.  I.e. if the xy tilt factor is
81
 
non-zero, then both the x and y dimensions must be periodic.
82
 
Similarly, x and z must be periodic if xz is non-zero and y and z must
83
 
be periodic if yz is non-zero.  Also note that if your simulation will
84
 
tilt the box, e.g. via the "fix deform"_fix_deform.html command, the
85
 
simulation box must be defined as triclinic, even if the tilt factors
86
 
are initially 0.0.
 
81
When a prism region is used, the simulation domain should normally be
 
82
periodic in the dimension that the tilt is applied to, which is given
 
83
by the second dimension of the tilt factor (e.g. y for xy tilt).  This
 
84
is so that pairs of atoms interacting across that boundary will have
 
85
one of them shifted by the tilt factor.  Periodicity is set by the
 
86
"boundary"_boundary.html command.  For example, if the xy tilt factor
 
87
is non-zero, then the y dimension should be periodic.  Similarly, the
 
88
z dimension should be periodic if xz or yz is non-zero.  LAMMPS does
 
89
not require this periodicity, but you may lose atoms if this is not
 
90
the case.
 
91
 
 
92
Also note that if your simulation will tilt the box, e.g. via the "fix
 
93
deform"_fix_deform.html command, the simulation box must be setup to
 
94
be triclinic, even if the tilt factors are initially 0.0.  You can
 
95
also change an orthogonal box to a triclinic box or vice versa by
 
96
using the "change box"_change_box.html command with its {ortho} and
 
97
{triclinic} options.
87
98
 
88
99
IMPORTANT NOTE: If the system is non-periodic (in a dimension), then
89
100
you should not make the lo/hi box dimensions (as defined in your