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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/WARNING.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/force_field_AMBER/WARNING.TXT
 
1
# -------- WARNING: --------
 
2
 
 
3
This directory contains some examples of all-atom simulations using the GAFF
 
4
force field, prepared using moltemplate.
 
5
 
 
6
This software is experimental, and the force-fields and equilbration protocols
 
7
have not been tested carefully by me.  There is no gaurantee that simulations
 
8
prepared using moltemplate will reproduce the behavior of AmberTools/AMBER.
 
9
 
 
10
# -------- REQUEST FOR HELP: --------
 
11
 
 
12
If you notice a problem with these examples, please report it.
 
13
Peer-review is the only way to improve this software (or any software).
 
14
Other suggestions are also welcome!
 
15
 
 
16
(Contact jewett.aij@gmail.com, 2013-12-01)
 
17
 
 
18
 
 
19
--- Charge ---
 
20
 
 
21
Some force-fields (such as OPLSAA) can assign charge based on atom type.
 
22
But AMBER simulations, charge is usually assigned using AmberTools which
 
23
typically estimates partial charges using quantum chemistry.
 
24
 
 
25
You must assign partial charges to each atom or LAMMPS will crash
 
26
when it discovers your system has no charged particles.
 
27
(To disable this, change the pair_style to lj/cut or something similar.)
 
28
 
 
29
You have to assign charge manually, just as you would for an ordinary molecule.
 
30
 
 
31
(For example, charges are explicitly assigned to each atom in these files:
 
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 waterTIP3P+isobutane/moltemplate_files/isobutane.lt
 
33
 hexadecane/moltemplate_files/ch2group.lt
 
34
 hexadecane/moltemplate_files/ch3group.lt)
 
35
 
 
36
(How you do this is up to you.  In these examples, I obtained
 
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partial charges from the OPLSAA parameter file located here:
 
38
http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm)
 
39
 
 
40
--- Improper angles ---
 
41
 
 
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I am also uncertain whether the improper angle interactions generated by 
 
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moltemplate are equivalent to those generated by AmberTools.  (I think they are,
 
44
but I am worried that I might have listed the atom types in the wrong order.)
 
45
 
 
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--- Bloated lammps input scripts ---
 
47
 
 
48
LAMMPS input scripts prepared using moltemplate contain the entire contents 
 
49
of the GAFF force-field, even when simulating small systems with just a few
 
50
atom types.
 
51
 
 
52
This is harmless, but if you want to get rid of this extra information,
 
53
follow the README instructions in the "optional_cleanup" directories.
 
54