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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene/moltemplate_files/oplsaa_lt_generator/README.TXT

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/OPLSAA_force_field_examples/ethylene/moltemplate_files/oplsaa_lt_generator/README.TXT
1
 
This directory contains instructions for creating a a moltemplate file
2
 
("oplsaa.lt") containing force-field definitions relevant to the 
3
 
"ethylene" example.  (However, these instructions should work 
4
 
for other molecules too.)
5
 
 
6
 
First, check and see if there is an "oplsaa_subset.prm" file present.
7
 
If not, then download this file:
8
 
 
9
 
http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm
10
 
   This file is also available here:
11
 
http://dasher.wustl.edu/ffe/distribution/params/oplsaa.prm
12
 
 
13
 
and save this file as "oplsaa_subset.prm".  Then you must EDIT THIS FILE
14
 
so that it only contains atom types you plan to have in your simulation
15
 
(see below for details).  Then run the opls_moltemplate.py script this way:
16
 
 
17
 
 
18
 
python oplsaa_moltemplate.py  oplsaa_subset.prm
19
 
 
20
 
 
21
 
This will create a file named "oplsaa.lt"
22
 
Look over the newly created "oplsaa.lt" file.
23
 
Then move this file to wherever you plan to run moltemplate.  For example:
24
 
 
25
 
mv -f oplsaa.lt ..
26
 
 
27
 
----- DETAILS: Editing the "oplsaa_subset.prm" file -------
28
 
 
29
 
Again, before you run "oplsaa_moltemplate.py", you must edit the "oplsaa.prm"
30
 
file (or "oplsaa_subset.prm file) and eliminate atom types which do not 
31
 
correspond to any of the atoms in your simulation.  This means you must
32
 
look for lines near the beginning of this file which begin with the word "atom"
33
 
and refer to atom types which appear in the simulation you plan to run.  All
34
 
other lines (beginning with the word "atom") must be deleted or commented out.
35
 
(Leave the rest of the file alone.)
36
 
 
37
 
For example:
38
 
If you were working with ethylene, you would delete every line
39
 
beginning with the word "atom", except for these two lines:
40
 
 
41
 
 
42
 
atom         88   47    CM    "Alkene H2-C="                 6    12.011    3
43
 
atom         89   46    HC    "Alkene H-C="                  1     1.008    1
44
 
 
45
 
 
46
 
Then you are ready to run oplsaa_moltemplate.py on this file.
47
 
 
48
 
(You can try to delete more irrelevant information, but be careful.
49
 
 It is not necessary, and it is easy to make mistakes.)
50
 
 
51
 
 
52
 
----- Using the "oplsaa.lt" file -----
53
 
 
54
 
Once you have created the "oplsaa.lt" file, you can create files (like 
55
 
ethylene.lt) which define molecules that refer to these atom types.
56
 
Here is an excerpt from "ethyelene.lt":
57
 
 
58
 
Ethylene inherits OPLSAA {
59
 
  write('Data Atoms') { 
60
 
    list of atoms goes here ...
61
 
  }
62
 
  write('Data Bond List') { 
63
 
    list of bonds goes here ...
64
 
  }
65
 
}
66
 
 
67
 
And then run moltemplate.
68
 
 
69
 
 
70
 
-----------  CHARGE: -----------
71
 
 
72
 
By default, the OPLSAA force-field assigns atom charge according to atom type.
73
 
When you run moltemplate, it will create a file named "system.in.charges",
74
 
containing commands like:
75
 
 
76
 
set type 2 charge -0.42
77
 
set type 3 charge 0.21
78
 
 
79
 
(This assumes your main moltemplate file is named "system.lt".  If it was
80
 
named something else, eg "polymer.lt", then the file created by moltemplate
81
 
will be named "polymer.in.charges".)
82
 
 
83
 
Include these commands somewhere in your LAMMPS input script 
84
 
(or use the LAMMPS "include" command to load the commands in system.in.charges)
85
 
 
86
 
Note that the atom numbers (eg "2", "3") in this file will not match the 
87
 
OPLS atom numbers.  (Check the output_ttree/ttree_assignments.txt file,
88
 
created by moltemplate, to see a table of "@atom" type numbers translated 
89
 
from OPLSAA into LAMMPS.)
90
 
 
91
 
----------- CREDIT -----------
92
 
 
93
 
If you use these tools and you publish a paper using OPLSAA, please also cite 
94
 
the TINKER program.  (Because these examples use the "oplsaa.prm" file which
95
 
is distributed with TINKER.)  I think these are the relevant citations:
96
 
 
97
 
1) Ponder, J. W., & Richards, F. M. (1987). "An efficient newton‐like method for molecular mechanics energy minimization of large molecules. Journal of Computational Chemistry", 8(7), 1016-1024.
98
 
 
99
 
2) Ponder, J. W, (2004) "TINKER: Software tools for molecular design", http://dasher.wustl.edu/tinker/
100
 
 
101
 
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102
 
 
103
 
Jason Lambert and Andrew Jewett
104
 
April, 2014
105
 
 
106
 
Please email bugs to jewett.aij@gmail.com and jlamber9@gmail.com