← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/html/TOPPView_analysis.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/html/TOPPView_analysis.html
 
1
<HTML>
 
2
<HEAD>
 
3
<TITLE>Data analysis</TITLE>
 
4
<LINK HREF="doxygen.css" REL="stylesheet" TYPE="text/css">
 
5
<LINK HREF="style_ini.css" REL="stylesheet" TYPE="text/css">
 
6
</HEAD>
 
7
<BODY BGCOLOR="#FFFFFF">
 
8
<A href="index.html">Home</A> &nbsp;&middot;
 
9
<A href="classes.html">Classes</A> &nbsp;&middot;
 
10
<A href="annotated.html">Annotated Classes</A> &nbsp;&middot;
 
11
<A href="modules.html">Modules</A> &nbsp;&middot;
 
12
<A href="functions_func.html">Members</A> &nbsp;&middot;
 
13
<A href="namespaces.html">Namespaces</A> &nbsp;&middot;
 
14
<A href="pages.html">Related Pages</A>
 
15
<HR style="height:1px; border:none; border-top:1px solid #c0c0c0;">
 
16
<!-- Generated by Doxygen 1.8.5 -->
 
17
</div><!-- top -->
 
18
<div class="header">
 
19
  <div class="headertitle">
 
20
<div class="title">Data analysis </div>  </div>
 
21
</div><!--header-->
 
22
<div class="contents">
 
23
<div class="textblock"><p>TOPPView also offers limited data analysis capabilities for single layers, which will be illustrated in the following sections. The functionality presented here can be found in the <em>Tools</em> menu:</p>
 
24
<div class="image">
 
25
<img src="TOPPView_tools_menu.png" alt="TOPPView_tools_menu.png"/>
 
26
</div>
 
27
 <h1><a class="anchor" id="TOPPView_tools"></a>
 
28
TOPP tools</h1>
 
29
<p>Single TOPP tools can be applied to the data of the currently selected layer or to the visible data of the current layer. The following example image shows the TOPP tool dialog:</p>
 
30
<div class="image">
 
31
<img src="TOPPView_tools.png" alt="TOPPView_tools.png"/>
 
32
</div>
 
33
 <p>To apply a TOPP tool, do the following:</p>
 
34
<ul>
 
35
<li>Select a TOPP tool and if necessary a type.</li>
 
36
<li>Specify the command line option of the tool, that takes the input file name.</li>
 
37
<li>Specify the command line option of the tool, that takes the output file name.</li>
 
38
<li>Set the algorithm parameters manually or load them from an INI file.</li>
 
39
</ul>
 
40
<h1><a class="anchor" id="TOPPView_metadata"></a>
 
41
Metadata</h1>
 
42
<p>One can access the meta data the layer is annotated with. This data comprises e.g. contact person, instrument description and sample description.</p>
 
43
<div class="image">
 
44
<img src="MetaDataBrowser.png" alt="MetaDataBrowser.png"/>
 
45
</div>
 
46
 <dl class="section note"><dt>Note</dt><dd>Identification data, e.g. from a Mascot run, can be annotated to the spectra or features, too. After annotation, this data is listed in the meta data as well.</dd></dl>
 
47
<h1><a class="anchor" id="TOPPView_statistics"></a>
 
48
Statistics</h1>
 
49
<p>Statistics about peak/feature intensities and peak meta information can be displayed. For intensities, it is possible to display an additional histogram view.</p>
 
50
<div class="image">
 
51
<img src="TOPPView_statistics.png" alt="TOPPView_statistics.png"/>
 
52
</div>
 
53
  </div></div><!-- contents -->
 
54
<HR style="height:1px; border:none; border-top:1px solid #c0c0c0;">
 
55
<TABLE width="100%" border="0">
 
56
<TR>
 
57
<TD><font color="#c0c0c0">OpenMS / TOPP release 1.11.1</font></TD>
 
58
<TD align="right"><font color="#c0c0c0">Documentation generated on Thu Nov 14 2013 11:19:25 using doxygen 1.8.5</font></TD>
 
59
</TR>
 
60
</TABLE>
 
61
</BODY>
 
62
</HTML>