← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/html/TOPP_SequestAdapter.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/html/TOPP_SequestAdapter.html
 
1
<HTML>
 
2
<HEAD>
 
3
<TITLE>SequestAdapter</TITLE>
 
4
<LINK HREF="doxygen.css" REL="stylesheet" TYPE="text/css">
 
5
<LINK HREF="style_ini.css" REL="stylesheet" TYPE="text/css">
 
6
</HEAD>
 
7
<BODY BGCOLOR="#FFFFFF">
 
8
<A href="index.html">Home</A> &nbsp;&middot;
 
9
<A href="classes.html">Classes</A> &nbsp;&middot;
 
10
<A href="annotated.html">Annotated Classes</A> &nbsp;&middot;
 
11
<A href="modules.html">Modules</A> &nbsp;&middot;
 
12
<A href="functions_func.html">Members</A> &nbsp;&middot;
 
13
<A href="namespaces.html">Namespaces</A> &nbsp;&middot;
 
14
<A href="pages.html">Related Pages</A>
 
15
<HR style="height:1px; border:none; border-top:1px solid #c0c0c0;">
 
16
<!-- Generated by Doxygen 1.8.5 -->
 
17
</div><!-- top -->
 
18
<div class="header">
 
19
  <div class="headertitle">
 
20
<div class="title">SequestAdapter </div>  </div>
 
21
</div><!--header-->
 
22
<div class="contents">
 
23
<div class="textblock"><p>Identifies peptides in MS/MS spectra via Sequest.</p>
 
24
<dl class="experimental"><dt><b><a class="el" href="experimental.html#_experimental000022">Experimental classes:</a></b></dt><dd>This tool has not been tested thoroughly and might behave not as expected!</dd></dl>
 
25
<p>This wrapper application serves for getting peptide peptide_identifications for MS/MS spectra. The wrapper can be executed in three different modes: </p>
 
26
<ol>
 
27
<li>
 
28
<p class="startli">The whole process of ProteinIdentification via Sequest is executed. Inputfile is one (or more) mz file containing the MS/MS spectra (Supported spectrum file formats are .mzXML, .mzData) for which the identifications are to be found and one database in FASTA format containing the possible proteins. The results are written as an idXML output file. This mode is selected by default. Note: You need a user with network access on the computer hosting sequest. </p>
 
29
<p class="endli"></p>
 
30
</li>
 
31
<li>
 
32
<p class="startli">Only the first part of the ProteinIdentification process is performed. This means that a Sequest input file is generated and dta files are created from the mz file. Calling a Sequest process should look like the following:</p>
 
33
<div class="fragment"><div class="line">sequest -P\&lt;inputfilename\&gt; \&lt;path to dta files\&gt;*.dta  </div>
 
34
</div><!-- fragment --><p>Consult your Sequest reference manual for further details.</p>
 
35
<p>This mode is selected by the <b>-sequest_in</b> option in the command line. </p>
 
36
<p class="endli"></p>
 
37
</li>
 
38
<li>
 
39
<p class="startli">Only the second part of the ProteinIdentification process is performed. This means that the output of sequest is translated into idXML.</p>
 
40
<p class="endli">This mode is selected by the <b>-sequest_out</b> option in the command line.  </p>
 
41
</li>
 
42
</ol>
 
43
<dl class="todo"><dt><b><a class="el" href="todo.html#_todo000036">Todo:</a></b></dt><dd>Check for missing precursors (Andreas)</dd></dl>
 
44
<p><b>The command line parameters of this tool are:</b> </p>
 
45
<pre class="fragment"></pre><p> <b>INI file documentation of this tool:</b>  </div></div><!-- contents -->
 
46
<HR style="height:1px; border:none; border-top:1px solid #c0c0c0;">
 
47
<TABLE width="100%" border="0">
 
48
<TR>
 
49
<TD><font color="#c0c0c0">OpenMS / TOPP release 1.11.1</font></TD>
 
50
<TD align="right"><font color="#c0c0c0">Documentation generated on Thu Nov 14 2013 11:19:24 using doxygen 1.8.5</font></TD>
 
51
</TR>
 
52
</TABLE>
 
53
</BODY>
 
54
</HTML>