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Viewing changes to include/OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/OPENSWATHALGO/DATAACCESS/MockObjects.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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Lines of Context:
include/OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/OPENSWATHALGO/DATAACCESS/MockObjects.h
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
//
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS.
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS;
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
29
//
 
30
// --------------------------------------------------------------------------
 
31
// $Maintainer: Hannes Roest $
 
32
// $Authors: Hannes Roest $
 
33
// --------------------------------------------------------------------------
 
34
 
 
35
#ifndef OPENMS_ANALYSIS_OPENSWATH_OPENSWATHALGO_DATAACCESS_MOCKOBJECTS_H
 
36
#define OPENMS_ANALYSIS_OPENSWATH_OPENSWATHALGO_DATAACCESS_MOCKOBJECTS_H
 
37
 
 
38
#include <vector>
 
39
#include <map>
 
40
 
 
41
#include <boost/shared_ptr.hpp>
 
42
 
 
43
#include <OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/OPENSWATHALGO/DATAACCESS/DataStructures.h>
 
44
#include <OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/OPENSWATHALGO/DATAACCESS/ITransition.h>
 
45
 
 
46
namespace OpenSwath
 
47
{
 
48
 
 
49
  /**
 
50
    @brief Mock object implementing IFeature
 
51
  */
 
52
  class OPENSWATHALGO_DLLAPI MockFeature :
 
53
    public OpenSwath::IFeature
 
54
  {
 
55
public:
 
56
 
 
57
    MockFeature();
 
58
 
 
59
    ~MockFeature();
 
60
 
 
61
    void getRT(std::vector<double>& rt);
 
62
 
 
63
    void getIntensity(std::vector<double>& intens);
 
64
 
 
65
    float getIntensity();
 
66
 
 
67
    double getRT();
 
68
 
 
69
    std::vector<double> m_rt_vec;
 
70
    std::vector<double> m_intensity_vec;
 
71
    float m_intensity;
 
72
    double m_rt;
 
73
  };
 
74
 
 
75
  /**
 
76
    @brief Mock object implementing IMRMFeature
 
77
  */
 
78
  class OPENSWATHALGO_DLLAPI MockMRMFeature :
 
79
    public OpenSwath::IMRMFeature
 
80
  {
 
81
public:
 
82
 
 
83
    MockMRMFeature();
 
84
 
 
85
    ~MockMRMFeature();
 
86
 
 
87
    boost::shared_ptr<OpenSwath::IFeature> getFeature(std::string nativeID);
 
88
 
 
89
    float getIntensity();
 
90
 
 
91
    double getRT();
 
92
 
 
93
    std::map<std::string, boost::shared_ptr<MockFeature> > m_features;
 
94
    float m_intensity;
 
95
    double m_rt;
 
96
  };
 
97
 
 
98
  /**
 
99
    @brief Mock object implementing ITransitionGroup
 
100
  */
 
101
  class OPENSWATHALGO_DLLAPI MockTransitionGroup :
 
102
    public OpenSwath::ITransitionGroup
 
103
  {
 
104
public:
 
105
 
 
106
    MockTransitionGroup();
 
107
 
 
108
    ~MockTransitionGroup();
 
109
 
 
110
    std::size_t size();
 
111
 
 
112
    std::vector<std::string> getNativeIDs();
 
113
 
 
114
    void getLibraryIntensities(std::vector<double>& intensities);
 
115
 
 
116
    std::size_t m_size;
 
117
    std::vector<std::string> m_native_ids;
 
118
    std::vector<double> m_library_intensities;
 
119
  };
 
120
 
 
121
 
 
122
  /**
 
123
    @brief Mock object implementing ISignalToNoise
 
124
  */
 
125
  class OPENSWATHALGO_DLLAPI MockSignalToNoise :
 
126
    public OpenSwath::ISignalToNoise
 
127
  {
 
128
public:
 
129
    MockSignalToNoise();
 
130
 
 
131
    double getValueAtRT(double /* RT */);
 
132
 
 
133
    double m_sn_value;
 
134
  };
 
135
 
 
136
} //end namespace OpenMS
 
137
 
 
138
#endif // OPENMS_ANALYSIS_OPENSWATH_OPENSWATHALGO_DATAACCESS_MOCKOBJECTS_H